柳生一劍於東瀛所向披靡，他遠渡中原覓對手，結果武當掌門蒼璧也敗於其劍下。蒼璧臨終前傳位給師弟蒼松，並留下錦囊予華山掌門楚莽，希望利用魔教第一高手燕北飛對付一劍，來挽回中原武林的面子，蒼松無奈依計行事。

蒼松等四大掌門往雪嶺找燕北飛，只有蒼松順利通過有毒霧的吊橋，北飛對他另眼相看。飛妻楚心如原來是楚莽的女兒，當年心如為與北飛一起與父反目，北飛遂攜妻兒隱居避世。柳生一劍尋至雪嶺，北飛為了家人拒與他一戰。

楚莽利用女兒逼使燕北飛與柳生一劍決鬥，北飛為了楚心如只好答應，但他要楚莽將來為他與心如補辦婚禮。北飛為了妻兒燃起戰意，一劍則為追求劍道而絕情，其妻甘願死於其劍下。一劍再無牽掛，他與北飛的激戰終於展開。

燕北飛成功擊敗柳生一劍，一劍自盡，淹没海中。楚莽為北飛夫婦補辦婚禮，實則佈下殺局，蒼松遵師兄遺命無奈出手，但故意留情。北飛知其苦衷，託他照顧其子燕孤鴻。楚莽乘亂刺殺女兒，北飛怒殺他後隨楚心如共赴黃泉。

蒼松欲帶燕孤鴻回武當，但孤鴻視他為殺父仇人，並趁機逃去。蒼松退出武當，恢復原名秦百川，他尋回女兒莫愁後，於江南崛起，建立勢力。孤鴻漂泊無依，後來遇上少女辛曉月及其同伴，大家互相扶持，於困苦中長大成人。

燕孤鴻等人因殺了人而避進風流坊，辛曉月求老闆收留，不惜犧牲色相及被虐打，孤鴻等人得悉後合力殺掉老闆，曉月成為風流坊主人，孤鴻等則成為殺手。孤鴻於行動中被莫愁目睹其樣貌，他奉命殺掉莫愁，莫愁竟一心求死。

莫愁死前欲見兒子初陽一面，燕孤鴻讓她骨肉重逢，三人相處仿如一家人。辛曉月妒忌莫愁，欲加害其母子，幸被孤鴻阻止。孤鴻愛上莫愁，莫愁卻似有顧慮，假裝負情離他而去。曉月趁機向孤鴻示愛，卻遭他拒絕而傷心不已。

莫愁千方百計令燕孤鴻對她死心，孤鴻滿腹疑問，感覺她藏著很多秘密。陸晴因妻子與屠彪有私情，於是請七星樓樓主秦百川幫忙，百川派楚江南前去處理。江南解決事情後，卻遭九色旗堂主萬黑旗暗算，幸孤鴻出手將他救走。

萬黑旗佈下天羅地網來對付楚江南，江南暗中捉了九色旗的少主扭轉敗局。客棧內多人被殺，燕孤鴻目睹莫愁殺人，他追問原因，卻遭莫愁逃去。吳鉤發狂胡亂殺人，秦百川受其兄吳鈺所託望能制止他，並決定親自前往調查。

秦百川查出吳鉤發狂的原因，揭發吳鈺因姦不遂而殺掉弟婦的醜事，吳鈺以死贖罪。燕孤鴻重遇同伴韓灰，發現韓灰行動失敗後變得一蹶不振，孤鴻看到殺手的悲哀亦萌生退意，但辛曉月接到一個被要脅的交易，就是殺秦百川。

秦百川之子秦汨往溫家堡懲治姦淫民女的趙氏兄弟，他見堡主之女溫艷容行為可惡，遂施計讓趙氏兄弟姦污她，待堡主嚴懲兩人。燕孤鴻為刺殺百川作準備，莫愁對他暗中監視。百川於壽宴上突然宣布秦汨的婚訊，秦汨感愕然。

秦汨要娶的人竟是溫艷容，原來秦百川感秦汨處理趙氏兄弟之事不當，要他對艷容作補償。燕孤鴻與百川終遇上，兩人皆認出對方，孤鴻誓要為父報仇。孤鴻重遇莫愁，莫愁向他道出受神秘人逼害的事，其後更突然將孤鴻刺傷。

莫愁對燕孤鴻有情，終不忍殺他，但神秘人暗中監視二人，被孤鴻發現，更遭莫愁殺掉。秦百川受好友之託，撮合其子與九色旗小婢的婚事。楚江南前往提親，讓端木俊受辱作脅以完成任務。莫愁暗下麻藥，孤鴻得悉仍願服下。

端木俊不甘受辱，將秦百川好友一家滅門，挑起兩幫之戰。九色旗主端木旗欲捉莫愁，燕孤鴻出手阻止，並驚悉她是百川之女。孤鴻對百川難以下殺手，故忍痛離去。當年百川因莫愁未婚產子而跟她脫離關係，父女間仍存隔閡。

燕孤鴻為韓灰收屍，百川留下他陪伴莫愁，孤鴻立下決心要為韓灰報仇。百川派吳鉤潛伏於萬黑旗身邊伺機行刺他，惜其身分被端木旗識破。吳鉤死前告知百川七星樓內有內奸，其後孤鴻發現堂主喬春甫正是委託他殺百川的人。

秦百川與喬春甫一起調查內奸，兩人對楚江南起疑。春甫暗中逼燕孤鴻儘快執行任務，孤鴻擔心辛曉月的安危，無奈偷偷向莫愁下毒，藉此找機會刺殺百川。百川與孤鴻前往找初陽回來，雖然孤鴻暗中佈下殺局，最終事敗被擒。

燕孤鴻被逼出賣莫愁，莫愁雖感痛心，但她仍求秦百川放過孤鴻。孤鴻獲釋，他發現風流坊已毀，而辛曉月卻不知所終。莫愁帶初陽四處尋覓孤鴻不果。百川發現楚江南夜放信鴿與九色旗通訊，認定他為內奸，只好將他除掉。

莫愁找到燕孤鴻，但孤鴻因內疚而折磨自己，莫愁以死相勸，終令孤鴻振作。秦百川佈局殺楚江南，卻發現錯怪了他，趕往阻止，惜南妻已被殺害，百川對誰是內奸仍茫無頭緒。孤鴻與莫愁母子搬往雪嶺居住，辛曉月突然出現。

辛曉月來到雪嶺找燕孤鴻，孤鴻為了莫愁，放棄風流坊，曉月誓要殺秦百川作報復。孤鴻往找百川，著他提防喬春甫，並與百川冰釋前嫌，泯掉恩仇。百川派秦汨殺春甫，秦汨因不忍下手竟將他放走，春甫卻回來要與百川對質。

秦百川不信任喬春甫，春甫終轟頂自盡。七星樓損兵折將，端木旗密謀對付秦汨，向溫家堡施以突襲。秦汨與溫艷容趕往營救，艷容被捉，木旗以她威脅百川。秦汨急於救妻，百川要他忍耐並設局，欲施聲東擊西之計來救艷容。

萬黑旗差點中了調虎離山之計，豈料他發現溫艷容原來已有身孕，認定秦汨必來救人，遂與端木旗折返伏擊他，結果秦汨被打成殘廢，艷容的骨肉亦胎死腹中。其後秦百川帶秦汨夫婦前往雪嶺，讓燕孤鴻及莫愁代為照顧他們。

七星樓戰況凶危，秦百川擔心秦汨，遲遲未肯動身趕回七星樓。秦汨不想負累百川，寧願戰死沙場，結果他獨闖敵陣，壯烈犧牲。百川忍痛反擊九色旗，掠奪其金庫，他又安排楚江南代為打理七星樓，準備與端木旗決一死戰。

楚江南安排小蓮服侍秦百川，伺機偷襲他，原來江南才是內奸，他與萬黑旗、辛曉月合謀瓜分七星樓與九色旗。百川中毒受傷，幸他留有後著，他帶小蓮負傷而逃，躲藏起來療傷。曉月往找燕孤鴻與莫愁，欲探出百川的下落。

燕孤鴻與莫愁從辛曉月口中得悉楚江南的陰謀，不禁擔心秦百川的安危。百川躲於密室內，其友梁四為守秘密而犧牲一家的性命。溫艷容帶孤鴻往見喬春甫，原來他並未死，兩人決定尋找百川與陸隱峰，望能重整旗鼓對付江南。

燕孤鴻發現秦百川逃走的秘道，從蛛絲馬跡找到百川，時莫愁等人被辛曉月、楚江南捉去，莫愁發現當日污辱她的人正是江南。百川讓小蓮離開，但她原來是曉月的人。江南逼孤鴻帶他去殺百川，豈料百川棋高一著，早已離去。

燕孤鴻與楚江南展開激戰，秦百川、陸隱峰等趕至，江南一敗塗地。莫愁等人被辛曉月挾持，孤鴻趕往救人，幸他們已被小蓮相救。百川、莫愁放過江南，並查出萬黑旗原是他的同謀，百川將此消息通知端木旗，欲收漁人之利。

小蓮與燕孤鴻早於大漠認識，她自稱是昔日聖教教主之女，要與孤鴻一起光復聖教，秦百川對其身分感到懷疑。端木旗對萬黑旗起疑，他逐步削去黑旗的勢力。黑旗暗中部署謀反，他捉了端木俊，準備與楚江南一起剷除木旗。

萬黑旗以端木俊作人質要脅端木旗，木旗竟親手殺子。黑旗遭楚江南出賣而功敗垂成，至死方知江南才是木旗的親兒。辛曉月遭七星樓追殺，幸得燕孤鴻與小蓮報訊才逃過一劫，時其同伴常歡卻跟她反目，並要將她交予秦百川。

辛曉月獲李邁相救，躲藏於其主人的大宅內。九色旗與七星樓暫息干戈，但仍暗潮洶湧，秦百川著燕孤鴻一家回雪嶺隱居。曉月發現李邁的主人竟是陸隱峰，心驚下匆匆逃離。曉月往找莫愁，孤鴻回來赫然發現莫愁已遭人殺害。

莫愁與初陽被殺，燕孤鴻悲憤莫名，他認定辛曉月為殺人兇手，誓要殺她報仇，途中卻被楚江南設局誤導，時端木旗假裝生擒江南，欲以他與秦百川議和。百川對議和一事雖有疑慮，但仍往赴約，木旗與江南早已佈下殺局恭候。

楚江南突襲秦百川，百川識破江南與端木旗的關係，因而早有防備重創江南，木旗遂帶江南離去。辛曉月得知燕孤鴻在破廟等她，前往解釋自己並非兇手，孤鴻不信，曉月跳崖以表清白。百川隱瞞傷患，孤鴻決回雪嶺告別江湖。

秦百川內傷未癒，喬春甫欲找陸隱峰助陣不果。燕孤鴻日夜守於莫愁墓前，不支昏厥，幸得小蓮照顧與鼓勵，孤鴻終走出陰霾。端木旗冒險練就神功，欲一舉殲滅七星樓。孤鴻找到燕北飛的劍譜，在小蓮的幫助下決意潛心修練。

端木旗的死極神功原來一生人只可發功三次，然後便會經脈盡斷。喬春甫不理秦百川反對，甘作犧牲，成功逼木旗發功。百川施計令木旗再耗一次功力後，與他一同困於密室生死相搏，木旗因怕死而不敢發功，終死於百川手下。

端木旗已死，楚江南走投無路，最終自行了斷。秦百川以為江湖平定，遂萌生退意，豈料柳生一劍竟再重現，他令江南復活並收他為徒，要江南代為血洗中原武林。燕孤鴻苦練劍法，得小蓮啟發，成功領略燕北飛劍法之精髓。

燕孤鴻對小蓮生出情愫，但他強自壓抑。辛曉月原來未死，她懷疑小蓮才是殺莫愁的兇手，但孤鴻不信。小蓮似有隱衷，自揭並非聖教後人後離去。柳生一劍派楚江南挑戰秦百川，百川戰敗經脈被廢，一劍挑起此戰似另有目的。

秦百川傷重而亡，死前終明白柳生一劍之目的，他要令燕孤鴻變成燕北飛。辛曉月發現小蓮是一劍的女人，她被一劍打下山崖而成殘廢，無法向孤鴻告密。孤鴻對小蓮動情，一劍要小蓮假裝愛上孤鴻，助他練成北飛的有情之劍。

燕孤鴻雖愛小蓮，卻不敢背棄亡妻，時柳生一劍出現為孤鴻解開心結，孤鴻終拋開顧慮，但小蓮因不忍傷害孤鴻而離去。楚江南叛變，一劍被其所傷，他著小蓮往找孤鴻，孤鴻終以有情之劍殺敗江南，一劍相約孤鴻十日後決戰。

燕孤鴻變成燕北飛，他與柳生一劍終展開決戰，可是此時小蓮因欺騙孤鴻而內疚，竟向孤鴻揭出真相，孤鴻悲痛莫名，喪失鬥志。一劍多番刺激孤鴻欲逼他再戰，他既道出自己乃殺莫愁母子之真兇，又鎖起孤鴻，但孤鴻仍拒戰。

（大結局）小蓮私放燕孤鴻，孤鴻得蒼木道長點化，終放下怨恨。一劍展開大屠殺，孤鴻為救無辜答應一戰。決戰進行，孤鴻受傷倒地，小蓮情急下趨前慰問，並坦承最愛原來是孤鴻，一劍盛怒，最終敗亡，小蓮選擇自盡相隨。