Vor langer Zeit existierte eine uralte Zivilisation auf der Erde. Trotz ihrer fortschrittlichen Technologie ging sie unter, hinterließ aber zahlreiche Artefakte auf der Welt sowie eine Nachricht auf Hebräisch, die darum bittet, ihre Kreationen zu zerstören, wenn sich dafür keine friedliche Verwendung finden ließe.

Viele Jahre später findet eine Organisation namens ARCAM ein Artefakt tief im Ararat-Gebirge, von dem sie vermutet, dass es sich um die Arche Noah handelt. Doch auch eine feindliche, amerikanische Organisation lässt nichts unversucht, um das Artefakt für sich zu beanspruchen. Nun müssen ARCAMs Spezialagenten, genannt »Spriggan«, dafür sorgen, dass die Arche nicht in die Hände von Colonel MacDougall, dem Anführer ihrer Feinde, gelangt. Dazu schließen sich der Japaner Yuu Ominae und der Franzose Jean-Jacques Monde zu einem Team zusammen. Gemeinsam versuchen die Spriggan-Agenten, ihre Gegner aufzuhalten und die Menschheit vor der Vernichtung zu bewahren.