Ενώ εργάζεται ως σωματοφύλακας ενός εμπόρου, ο εξολοθρευτής Κιντό επεμβαίνει σε μια επίθεση εντόμων και ύστερα υπόσχεται να μεταφέρει τη νεαρή Ίλι στη μητέρα της.

Όταν έρχονται στο φως κάποιοι φρικτοί φόνοι, ο Κιντό υποπτεύεται ότι δεν πρόκειται για έργο των εντόμων. Η Ίλι πηγαίνει στην αγορά και κάποιος κλέβει την τσάντα της.

Η Ίλι γίνεται φίλη με τον αρχηγό των Κόκκινων Ποντικιών. Στο Γκάρντεν Μάριο, ο Κιντό λαμβάνει ένα γράμμα κι έναν χάρτη με τις τοποθεσίες των φόνων.

Ο στρατός ετοιμάζεται να εξολοθρεύσει ένα έντομο στην άμμο κάτω από την E-05. Μετανιωμένος για τις πράξεις του πριν από 5 χρόνια, ο Κασίμ προσφέρεται να είναι το δόλωμα.

Η Ίλι μαθαίνει από τη Μάριο πώς ο θετός πατέρας του Κιντό, ο Λάζαρος, του δίδαξε τα σκληρά μαθήματα της επιβίωσης στη γεμάτη Καγκάστερ Άπω Ανατολή.

Ένας άντρας που ισχυρίζεται ότι είναι ο πατέρας της Ίλι εμφανίζεται να την πάρει. Εκείνη κι ο Κιντό το σκάνε, πέφτουν όμως σε ενέδρα του Αχτ πριν καταφέρουν να ξεφύγουν.

Ψάχνοντας στοιχεία για το παρελθόν της Ίλι, ο Τζιν κι ο Κιντό ανακαλύπτουν ένα μήνυμα του Γκρίφιθ προς τον Φραντς που εξηγεί τις πράξεις του και την προέλευση της Ίλι.

Ο στρατός του Άντχαμ σχεδιάζει να ανατρέψει τον Επόπτη της Αγοράς και να μετατρέψει την E-05 σε κλουβί εντόμων. Ο Κιντό το σκάει για την E-07 όπου είναι αιχμάλωτη η Ίλι.

Πάλι μαζί, η Ίλι και ο Κιντό κατευθύνονται προς την αίθουσα του θρόνου, όμως, η ασφάλεια του Άντχαμ και ένας μεγάλος αριθμός Καγκάστερ βρίσκονται στον δρόμο τους.

Βαριά τραυματισμένος, ο Φραντς οδηγεί την Ίλι στην αίθουσα της βασίλισσας κι αφήνει τη μοίρα της Τάνια στα χέρια της. Ο Αχτ και ο Κιντό αναμετρώνται για τελευταία φορά.

Καθώς η μάχη μεταξύ των δυνάμεων του Σαλίφ και των υπερασπιστών της E-05 τελειώνει, οι επιζώντες στον κεντρικό πύργο της E-07 έρχονται αντιμέτωποι με το μέλλον τους.