Madoka和Homura正在与班长女巫进行一场艰苦的战斗。当女巫的手下袭击Madoka时，桃子停下了时间，使用枪来拯救Madoka。然而，一位神秘的女孩的出现让桃子感到意外，打破了她停止时间的咒语。随着手下女巫逼近Madoka，玲奈从神浜市返回，拯救她免于即将来临的危机。玲奈向Madoka和桃子解释了Mami在神浜市发生的事情以及有关魔法少女的真相。

Yachiyo追踪Black Feather和其他人，寻找Magius总部所在的Faint Hope酒店。在与Peeking Castle Town的Uwasa激战后，她穿过曾经出现Uwasa的购物区，寻找Faint Hope酒店的入口。在那里，她遇到了一位来自宝崎市的魔法少女Kuroe和一只小Kyubey，但Kuroe突然试图逃跑。在追赶Kuroe之后，Yachiyo的昔日最好的朋友Mifuyu Azusa出现在她面前。Mifuyu解释说，Magius的方法是为了防止更多的女孩像Iroha一样成为受害者，是必要的…

Yachiyo和Kuroe在永恒樱花的Uwasa的迷宫中找到了Iroha。然而，Yachiyo和Kuroe被突然从Iroha的身体中出现的Silence的Doppel所吞噬。当Yachiyo醒来时，她发现自己与Tsuruno、Felicia、Sana和Iroha一起在Mikazuki Villa吃早餐，但不应该在那里的Kuroe也在房间里。Yachiyo和Kuroe对他们所处的情况感到困惑，但他们有一种直觉，认为他们不在现实世界，而是由Silence的Doppel向他们展示的梦境世界。他们担心Iroha在现实世界的安全，因此尽一切努力在梦中唤醒Iroha。

Iroha从Kuroe那里听说了她妹妹Ui的最好朋友Nemu Hiiragi。Iroha发现Nemu也是Magius的成员，她记得Nemu并请求Kuroe带她去见Nemu，以便他们可以交谈。Iroha、Yachiyo和Kuroe前往Magius的总部Hotel Fendt Hope。当这三人到达Hotel Fendt Hope时，他们与Amane姐妹发生了一次意外的相遇。在Yachiyo分散Amane姐妹的注意力时，Iroha和Kuroe进入了Hotel Fendt Hope寻找Nemu，但他们撞上了Rena Minami和Kaede Akino，她们打扮成了Black Feathers。

Kuroe在与Magius战斗时让Iroha走在前面。Kuroe听到一个让她震惊的耳语：“你忘了我吗？”与此同时，Iroha听到了Ui的声音。Felicia和Sana对Magius的计划感到困惑。Sana有疑问，并向似乎已经放弃一切的Mifuyu解释了她的意图。由于计划，Yachiyo在充满大量女巫的神浜市追赶着Iroha。在那里，Yachiyo遇到了一位来自Mitakihara City的魔法少女。

魔法少女们闯入Magius的总部。在Iroha和Yachiyo重聚后，他们与Madoka和其他女孩见面，但却面对了已成为Magius士兵的Tsuruno Yui和Mami Tomoe。受到另一个实体操控的Mami和Tsuruno开始攻击魔法少女们。Iroha和Madoka陷入困境，因为他们无法还击。作为一种策略，Magius召唤了无数女巫聚集在神浜市。最大规模的Supercell即将到来，将在六小时内袭击神浜市。Supercell的真正身份实际上是Walpurgisnacht，是有史以来最邪恶的女巫。

Tsuruno，与Uwasa合并的她，被打败了，这引发了Magius的Touka对Iroha和她的朋友们发泄怒火。Touka派遣了士兵熊军队的Uwasa来攻击他们。Nemu对Touka的行动感到不满，以及事情没有按照她的意图发展。与此同时，Iroha发现自己独自一人处在一个奇怪的世界中。她坐在剧院的座位上，一个名叫Mel的魔法少女正在预测未来。当Iroha看到Mel时，她记起了Touka在Memory Museum向她展示的过去事件。