いろはの願いは、妹・ういの病気を治すことだった。自分の願いを思い出したいろはだが、いろはの周囲には、消えてしまった妹の存在した痕跡がまったく残っていない。妹の情報を求めて神浜市に向かったいろはは、魔女に襲われたところを、ももこ、レナ、かえでという３人組の魔法少女に助けられる。レナとかえでの学校で最近流行っている『絶交階段』の噂。ももこ達は、絶交階段の噂に魔女が関係しているのではないかと考え、調査を進めているのだが……。

レナは絶交階段にかえでの名前を書いてしまっていた。レナに謝ったかえでは、絶交階段の噂通りに、鎖のバケモノに連れ去られる。かえでを取り戻すため、ももこ達は、鎖のバケモノをおびき寄せる作戦に出る。ももこに協力を求められ、同行することになったやちよ。しかしやちよは、いろはを足手まといだと言い、鎖のバケモノとの戦いへ連れていくことに反対する。

妹、ういに関する手がかりを得るため、神浜市の噂を調べることにしたいろは。いろはは、みたまの紹介で、中華飯店『万々歳』の娘、鶴乃と出会う。鶴乃は噂に関することならと、ある人物へ協力を依頼するが、待ち合わせに現れた助っ人はやちよだった。やちよは神浜市の噂に詳しいのだという。３人は『口寄せ神社』があやしいのではないかと睨むが……。

口寄せ神社の絵馬に、いろはは妹・ういの名前を、やちよはかつての親友・みふゆの名前を書いた。噂通りにういとみふゆが現れるが、二人はいびつな偽物だった。いろはとやちよは、偽物のみふゆ、そして口寄せ神社の主である馬のバケモノに襲われ、絶体絶命の窮地に陥る。ソウルジェムが濁り意識が遠のく中、いろはに起こった変容とは……。

神浜市工匠区に迷い込んだいろは。街頭で、幸運を呼び込む『フクロウ幸運水』を勧められ、思わず口にしてしまう。同じくフクロウ幸運水を飲んだフェリシアという魔法少女。二人は行く先々で、奇妙なほどラッキーな出来事にばかり遭遇する。報酬で動く傭兵を稼業にしているというフェリシアは、妹・ういを探すいろはの専属になることを買って出るが…。

噂の影に見え隠れする組織、『マギウスの翼』に勧誘されたフェリシア。フェリシアは、いろは達を裏切り、マギウスの翼側につく。同じく杏子も、勧誘に応じマギウスの翼にいた。一方、フェリシアの足取りを頼りに、マギウスの翼が潜む地下水路へと足を踏み入れるいろは達。フクロウ幸運水のカウントダウンがゼロになった時、幸運の見返りにとてつもない不幸に襲われるというが……。

みかづき荘に引っ越ししてきたいろはは、神浜市立大附属学校に転校することになる。だが、一緒の学校に通うかえでとは、連絡が取れない状況が続いている。まだ新しい学校に馴染めないいろはは、クラスで孤立気味のレナと屋上でお弁当を食べることになる。噂の情報を集めるいろはに、レナが聞かせた噂は、『透明人間』の噂と『ひとりぼっちの最果て』の噂。一方いろはは鶴乃からも、万々歳の常連客から聞いたという、『電波少女』の噂について話を聞く。

すべての噂はつながっている。そう確信したいろはは、届き続ける迷惑メールに返信してみることにする。迷惑メールの送り主はアイと名乗り、自分を消すため、いろはに『ひとりぼっちの最果て』まで来てほしいと言う。一方、『ひとりぼっちの最果て』に監禁された少女、二葉さなは、『ひとりぼっちの最果て』での暮らしに満足していた。

さなを解放するため、自ら消えることを選んだアイ。『ひとりぼっちの最果て』を壊されたことでアリナは激怒し、いろは達を無差別に攻撃し始める。マギウスはウワサ空間を、魔女を飼うことに利用していたのだった。苦戦するいろは達。その前に現れたマミとみふゆが、暴走するアリナを止めに入る。

マギウスの翼であることを隠し、水名女学園での生活を送る月夜の元に、いろはが訪ねてくる。いろはは、マギウスにいるという妹・ういの友達、柊ねむに会わせてほしいと月夜に頼みこむ。みふゆに相談することを約束する月夜。一方、みかづき荘での生活に慣れてきたさなは、やちよへのサプライズプレゼントを提案するが……。

ふさぎ込んでしまったやちよを置いて、記憶ミュージアムに向かったいろは達。いろは達を待ち受けていたのは、妹・ういの友達、里見灯花だった。灯花はいろは達に、魔法少女の真実に関する講義を始める。一方、過去の記憶に背中を押され、いろはを追いかけることを決めるやちよ。だが、その頃いろはは、マギウスの用意した追体験学習を受けていた。

マギウスの翼への誘いを断ったいろはは、やちよと合流して、連れ去られた鶴乃達を探そうとする。だが、自分の願いが周囲を不幸にしているのだと思い込んだやちよは、いろはにチームは解散だと告げる。崩落する記憶ミュージアム。脱出しようとするいろはとやちよに、変わり果てたマミが襲いかかる。