明孝宗弘治年间。坐落在京城城郊的“迦叶寺”是一座有名的大寺院，以法规严谨著称。寺中僧众，都严守清规，不苟言笑，唯独一人除外，他就是不懂。

　　一年一度，皇帝到迦叶寺祈福。这年的意义特别重大：国家连年大旱，加上瓦刺人犯境，导致民不聊生；更有甚者，有人在河南挖得一张古石弓，上面竟刻有反诗，意思说孝宗不下台，百姓不会有好日子过。民间瞬即流传，称一切乃天意，孝宗地位岌岌可危。

　　不懂先让众人到佛堂颂经洗涤心灵，众人却发现佛堂不知为什么，全被漆成绿色。一个时辰后，众人走出寺外，发现天边果然出现红云，百姓登时跪在地上参拜，相信孝宗是得到天之庇佑了。事实上，天空并没有出现红云，只是不懂知道，若看久了绿色之物，眼睛一时习惯不了，再望向白光，便会变成红色。不懂就是以这瞒天过海之计，助孝宗过了一大难关。

　　观自在书院极负盛名，连朝中一些当权大官，也把子弟送来学习，毕业仕子每每皆是会试状元的热门人选。而不懂被派负责的“黄班”是书院中出名难缠的一班，黄班的学生有各式各样奇形怪状的问题。其中不知怎的，竟有一名女学生应籽言。原来籽言乃院士之女，天生丽质，令不少男生拜倒其裙下。籽言自视清高，不为所动，俨然是书院中的学生头子。

　　不懂为了查出种花人是谁，在书院中明察暗访，发现学生邢风家中的的茶花是梅龙镇中最多的，于是接近调查。

　　不懂明白邢风说厌恶书院是违心的，只是他长期以来封闭自己，才会被人误解。不懂带着铁锤，把邢风家里的围墙打破，旨在教化邢风打开心扉，勇敢地面对自己，面对自己的身世，面对其他人。邢风终于被感动，向大家道歉，并向院士求情，终于回到了课堂。

　　不懂了解到大官的身世以后，十分同情，决心使大官重拾自尊，挺起胸膛做一个堂堂正正的人。但没想到弄巧成拙，同学们对大官更加肆意凌辱。为此，不懂左思右想，终于决定举办风筝比赛来帮助大官。不懂知道大官做风筝很厉害，他希望通过比赛使大官重拾尊严，也使大家了解到大官的长处，给他以尊重。

　　籽言只觉得无聊，不懂则以激将法使得籽言答应参加比赛，同时两人商定，输者任由对方处置。

　　比赛之日，籽言的风筝最先掉了下来，不懂见她失落的样子，便拽断了自己的风筝线，让两人打成平手。大官的风筝果然厉害，不一会儿便占了上风，可谁知风向突变，大官的风筝撞翻了马蜂窝，使得不少人被蜇伤。

　　在观察乐文的过程中，不懂发现尽管墨林的大女儿籽福和乐文互有情谊，但不知为何籽福却常与乐文针锋相对，乐文也只是默默承受。

　　原来，乐文本是一个充满理想、事事以学生为重的老师，与籽福更是互相有意，但就在二人将要开始发展感情的时候，乐文被一名十分信任的和郝汉一样有音乐天分的学生出卖。一晃三年过去了，尽管伤口很快愈合了，但曾被学生刺伤的乐文却从此心事重重，不再向人开放心扉。郝汉的出现，引起他对往事的回忆，此时的乐文心如刀绞。

　　梅龙镇上有一个酒家龙凤店，店主李凤姐是一个年约二十、美艳动人又颇具文才的女子。不懂对凤姐一见钟情，为博取她的好感，不懂竟用课余时间到龙凤店里当起义务小二来。籽言当然不会放弃机会，几番捉弄，使不懂哭笑不得。

　　朱正整天心事重重，还总是打听应墨林的消息。籽言见此，对他的身份产生了怀疑，怕他对父亲图谋不轨。她多次试探朱正，想要揭穿其身份。

　　朱正发现，凤姐虽然文采出众，且甚爱才，往往赠金与怀才之士上京赶考，其实是希望有朝一日能远离梅龙镇，过上富足的生活。在凤姐最脆弱的时候，不懂出计，假装寄错信安慰凤姐，尽管如此，但不懂的文采却不尽人意，只好由朱正代笔。信鸽带着朱正以“晴天”为名写的信来到凤姐身边，凤姐受到鼓舞，精神振奋起来。一段信鸽奇缘也就此展开。

　　孔儒决定再给大官一次机会，但大官受了很大的刺激，一蹶不振。即将参加考试的前夜，狂风暴雨突降，大官带领同学们奋力抢险，终于保住了自己心爱的梨树，不懂由此了解到耕作才是大官的专长，他应该回到适合他的地方去。不懂点明了大官，大官了解到不一定考取功名才是成功，每个人都有自己要走的路。他高高兴兴地回到课堂，和大家愉快地度过了最后一天。第二天，晨雾中，大官离别书院，同学们含着眼泪、带着笑容目送他远去。

　　原来少鹄之所以游戏人生，是因为他觉得以他的家庭背景和聪敏，状元之位早就是囊中之物，官途必将是一帆风顺，无论他犯了什么错误，父亲都会为他撑腰。虽然只有二十岁，但一生的生活轨迹似乎已经确定，这令他觉得做人没有意义。再加上副院士孔儒因为他是尚书之子，没有对他的错误严加惩罚，少鹄更变本加厉。

宁王风流潇洒，聪明绝顶，且平易近人，为百姓做了不少好事，深得民心。学生对他更是敬佩得五体投地。不懂对他却不以为然，他对宁王总有一种格格不入的感觉。不懂的预感很准，其实宁王觊觎王位已久，一切的作为都是为了谋取人心。这次到书院，更是为了获取太子的信任，以便在太子登基后发动兵变。

　　朱正在龙凤店和凤姐朝夕相处，对凤姐渐生爱意。白天，朱正是一个不会服侍客人、只会惹凤姐生气的笨手笨脚的杂役；晚上，他以晴天的名义和凤姐通信，给凤姐以鼓励和关怀。不知不觉间，“晴天”已经在凤姐心中占据了很重要的位置。

　　朱正不敢面对不懂，更不敢与凤姐见面，他再次选择了逃避，收拾行装离开了金阁寺。不懂赶到，表示已原谅朱正，并劝他面对一切。当凤姐发现自己喜欢的人居然是没有自信的朱正时，不禁十分恼火，朱正由此变得一蹶不振。

　　考试之日终于到来，朱正也终于勇敢地面对，他带伤比赛，书院的老师和同学都十分感动，朱正终于拿到武举人之名衔，并且赢得了自信，赢得了人生，更为书院赢得了莫大的名声。这一切凤姐都看在眼里，她明白自己深爱的是朱正，他决定放弃自己毕生的心愿，放弃荣华富贵，永远地留在朱正身边。

　　这一日，无休收到孝宗密旨，原来孝宗病重，让无休尽快调查茶花一事。不懂便又开始加紧调查。

　　在那女子的墓前，无休说出了事情的原委。孝宗认为两年前出现的“十八学士”是当年的夫人栽种的，但土坟的出现说明夫人早已辞世，茶花的出现只是巧合。事情的真相已经查明，也该是回去述职的时候了，面对离别，不懂很是不舍。

　　乡试终于到来，在大家的努力下，全书院的学生都考中了举人。大家都很开心，墨林更是欣慰。想当年他正是由于不愿介入朝廷中的党争，才愤而辞官办学的。办书院就是为了有抱负有活力的学生，如今书院所呈现出的景象正是他所期待的，而这要感谢不懂，是他改变了书院的风气。

　　孝宗已经病重，各路藩王带兵聚集京城，只等皇帝病逝，便起兵夺位。就在危机四伏之时，孝宗命不懂为太傅兼大学士，官拜一品，统帅六部尚书，扶植太子。孝宗临终前，看到不懂手中的手帕后，悲从中来，责怪自己任命不懂官职，劝不懂远离皇宫，并用尽最后的力气说了声“对不起”。不懂望着孝宗逝去，心中一阵莫名的痛楚。

　　大勇在党派之争中犯下了大错，正在性命不保之时，发现无休顶替了他的罪名，身陷狱中。不懂想出办法弥补了大勇的错误，同时他查出，当年战败并非无休怕死，是大将军的失误，无休是不想将军在死后背负恶名，才将罪名揽在身上的。孝宗也是因为知悉原委，才不加以追究的。

　　郑王为首的四王表面上向正德请求撤兵回藩，另一方面，却逼洛亦合作，在天亮时打开城门，以便在正德毫无准备之下杀他个措手不及。洛亦迫于形势，只得答应。他只希望在郑王夺权之后，自己能还不懂以颜色。

　　瓦剌太子深懂汉学又很聪敏，出了多道难题刁难正德，幸而都被不懂化解。瓦剌太子见到大明朝中有像不懂一样的聪敏之士，实在不易对付，决定诚心与大明言和。但就在正德招待和使的国宴上，瓦剌太子竟神秘遇刺身亡。瓦剌大汉恼羞成怒，调集全国军民，誓与大明决一死战。

　　听到瓦剌六王子的议和条件后，文武百官一片哗然，正德也苦于没有对策。宁王单独面见正德，他的狐狸尾巴终于露出来了。他逼迫正德退位，扬言正德不答应就血洗京城。正在不懂和正德冥思苦想之时，一件惊天动地的秘密被揭露出来。原来孝宗一直寻访的女子就是不懂的母亲，当年母子俩幸免于难，姚氏带着不懂四处躲藏。也就是说，不懂是孝宗的骨肉，且按照明朝惯例，不懂年长，他才应是真命天子。

　　这时正德也正面临难关。他也不知应如何处理与不懂的关系。但他明白无论如何也不能把父亲传下的帝位拱手让与宁王，他需要和不懂联手打垮宁王。最终，不懂在正德的苦苦恳求和籽言的劝解下，终于留下来了。

　　此时，正德和不懂不得不面对二人的关系皇位的归属问题。不懂没有名利心，大家都很清楚，但，不懂的存在始终是个危机。且藩王势力仍然割据着，纷争一起，好事之徒必将乘机闹事，刚稳定下来的局面又将失控，天下又将大乱。