2030年東京、世界中で感染者は怪物（ジビエ）になり、年齢、性別、人種により姿が変化する「ジビエート」という病気が流行していた。そんな時代に江戸時代からタイムスリップしてきた侍:神崎千水と忍:真田兼六が博士の助手:船田キャスリーンと出会い物語がはじまる。初めて怪物（ジビエ）に対峙する千水・兼六達の未来はどうなってしまうのか。

キャスリーンと出会った千水と兼六は、人々が寄り添いあって暮らしているキャンプと呼ばれている集落に招かれる。千水の剣術の実力を知りたいキャスリーンは剣道で勝負を挑む。そんな折にキャンプのライトが突如消え、襲いかかってくるジビエ達。千水と兼六達は未知のジビエとどう戦うのか？

千水達は新たな目的地に向かうことを決めた。道中で今までに出会ったことのないタイプのジビエと遭遇する。その状況下で千水・兼六と同じように過去からタイムスリップしてきた第三の男が登場する!?

タイムスリップしてきた僧兵:鬼倉雪之丞の助けにより、強力なジビエ:メテオラを何とか退けた千水達は、近くのショッピングモールに立ち寄ることに…。そこで明かされる千水と兼六の過去、そして二人の出会い。目的地を目指す一行に新たな危機が迫っていた!?

大量のジビエに襲われた一行は千水、兼六、雪之丞、アダムの活躍でなんとかその場を脱出することに成功した。移動の途中に休憩していた千水たちは、ガリアンズと名乗る5人組に襲われる！ 敵はジビエのみならず、人間との争いがここから始まる!?

キャスリーンの危機に現れた一人の女性。彼女は味方なのか、それとも敵なのか!? トンネル内での絶体絶命のピンチを乗り切ることができるのか？ そして、明らかになる千水の過去！ 師匠との絆、二刀流の原点とは…

彩愛が仲間に加わり、新潟を目指すキャスリーン達の前に現れたのは、メテオラだった。メテオラの猛威に苦戦する千水・兼六・雪之丞…彼らは一体どうこの危機を切り抜けるのか!?

傷ついた千水を休ませようと立ち寄った場所で、ユリカがジビエに刺されてしまう。ユリカが刺された深い悲しみに包まれた状況下でも、容赦無く襲いかかってくる大量のジビエ…このピンチを切り抜けることができるか!?

傷ついて動けない千水とキャスリーンを守るためにジビエに一人で対峙した雪之丞…様々な困難を乗り越えて、目的地に到着した一行を待ち受けていたのは大量のジビエだった！

研究所で待ち受けていたのは大量のジビエたちだった。千水たちは覚悟を決め大量のジビエとの戦いに挑むが……ヨシナガ博士が研究を続けてきたジビエワクチンは完成するのか!?

ガリアンズメンバーが仲間になり楽しい一夜を過ごした一同を待っていたのはメテオラの襲撃だった…研究所でジビエワクチンの研究を目指すヨシナガ博士。そのヨシナガ博士の過去が明らかになる…