Com Lord Ieyasu chamando Ogen e Danjo - líderes do clã ninja Iga e Kouga, para demonstrar as próprias habilidades de cada ninja de elite. Impressionado, Ieyasu declara a batalha contra os clãs para determinar o próximo Shogun.

Após a morte de Ogen e Danjo, sem saber que morreram, Gennosuke e Oboro estão planejando seu casamento que pode unir e trazer paz aos clãs. No entanto, o clã Iga aguarda com expectativa a guerra contra o clã Kouga depois de obter um pergaminho.

O clã Iga sai para caçar e matar Kazamachi, que tem o segundo pergaminho. Com Tenzen liderando, alguns membros do clã Iga planejam garantir que nenhuma notícia do início da guerra se espalhe para os Kouga.

Pensando que a paz virá em breve, Gennosuke e Udono comemoram com Oboro e os Igas. No entanto, o clã Iga planeja assassinar Gennosuke e Udono durante a festa.

O clã Kouga está preocupado com a declaração de Gennosuke em Tsubagakure, mesmo eles foram informados sobre o tratado de paz. Eles não foram informados sobre a guerra que surgiu entre os clãs. Saemon decide enviar sua irmã mais nova, Okoi, para encontrar Gennosuke.

Enquanto Rousai ataca Okoi para descobrir as habilidades de luta dos Kougas restantes vivos, Koshiro é enviado para dizer a Oboro que ela deve se encontrar com Tenzen. No entanto, quando Saemon é capaz de entrar em Tsubagakure disfarçado de Yashamaru, o que ele vê será a coisa mais horrível de sua vida.

Com Tousai morto e o pergaminho ninja do senhor Teyasu perdido para o Iga, o plano de destruir o Kouga despercebido está lentamente desmoronando. Com suas últimas palavras, Okoi diz a Saemon a verdadeira localização do registro. Determinado a sair vivo, Saemon vai segurar seu ardil por tempo suficiente para sair com o pergaminho em suas mãos e se vingar pela morte de sua irmã ao longo do caminho.

Com o pergaminho agora na posse de Gennosuke, ele toma a decisão de se envolver em guerra ou não. No entanto, sendo atacado por Koshiro e os outros ninjas mortais, Gennosuke pode ter dificuldade em sair da vila.

Duas mulheres que se odeiam e um garotinho podem estar ligadas ao motivo pelo qual Iga e Kouga se odeiam neste momento.

Gennosuke devolve o pergaminho para o Iga e emite um desafio de que, se eles atacarem a vila Kouga, serão aniquilados. As pessoas que restaram podem viajar para Sunpu e se juntar a eles. Tenzen aceita o desafio

Depois de cegar Gennosuke, Saemon persegue Hotarubi, que o engana fazendo-o seguir suas borboletas. Uma batalha se interrompe entre os dois.

Saemon, agora com a aparência de Nenki, começa a enfrentar Hotarubi. Enquanto os Kouga se preparam para continuar para Sunpu, Tenzen sabendo que não podem esperar por Nenki e Harutobi, lidera os Igas através do oceano na esperança de parar Gennosuke antes que ele chegue ao seu destino.

Enquanto o resto dos Igas cruza o mar, Tenzen avança em direção a Oboro, deixando Koshiro dividido entre seu mestre e o líder do clã. Com toda a confusão, isso é a oportunidade perfeita para um inimigo fazer seu movimento.

Ainda no mar, Gyobu usa sua arte para se movimentar livremente para cuidar do Iga restante, mas Tenzen prova ser um inimigo difícil de matar.

Em um momento mais leve antes da desintegração do pacto de não-hostilidades, a conversa sobre um casamento arranjado agitou os clãs, mas alguém poderia se casar com um cônjuge que eles sabiam ser seu inimigo?

Enquanto os Kogas continuam sua jornada para Sunpu, o falcão de Oboro voa carregando um pergaminho. Enquanto dois ninjas perseguem o falcão, Tenzen faz seu movimento apenas para encontrar algo que ele não esperava.

Enquanto Hyoma e Koshiro lutam, é revelado que Hyoma era o mentor de Gennosuke, ensinando-o a usar sua habilidade.

Oboro e Akeginu descobrem os corpos sem vida de Hyoma e Koshiro. Pensando que Koshiro foi morto por Hyoma, Akeginu apunhala repetidamente o corpo já morto de Hyoma.

Akeginu jura vingança contra Kagero depois que Tenzen revela que Koshiro foi morto pela respiração de Kagero.

Kagero decide matar Oboro, depois de dizer a Gennosuke que ela a matou querendo gratidão. Ela, no entanto, é pega em uma armadilha causada por Tenzen.

Oboro lança um desafio para tirar Gennosuke do esconderijo. Enquanto isso, com Kagero cativo, Tenzen a tortura com agulhas. Gennosuke finalmente chega.

Com Tenzen derrotado, Gennosuke leva Kagero embora. No entanto, querendo estar com ele, ela tenta matá-lo com seu hálito venenoso. Os olhos de Oboro estão finalmente abertos.

A última batalha entre Kouga e Iga, determinando quem herdará o título de Shogun. Oboro e Gennosuke se enfrentam pela última vez.