Takato Matsuki, un niño de 10 años, muy sensible y aficionado al juego de cartas de Digimon sueña con convertirse en un Entrenador. En una libreta, crea su propio Digimon, Guilmon. Pero al pasar su dibujo por el dispositivo de cartas, el dispositivo cambia de forma y se convierte el un D-Power que le indica que un digihuevo está esperando por abrirse.

Takato intenta esconder a Guilmon en una caja y meterlo en su casa. Pero cuando este va a la escuela, Guilmon se extravía. Terriermon, el digimon compañero de Henry, le dice unas palabras a Takato y lo hace llorar.

Esa Entrenadora resulta ser Rika Nonaka, la llamada Reina de los Digimon, quién a sus diez años ya había ganado varios torneos Digimon y que tiene la idea de que solo sirven para pelear. Su pelea es interrumpida por Henry y Terriermon, quienes se vuelven amigos de Takato y Guilmon.

Henry regaña a terrirmon, reclamándole por haber digievolucionado a pesar de que él le dijo que no lo hiciera; luego él puede volver a la normalidad. Hypnos y Terriermon detectan un nuevo digimon salvaje que aparece en una nube de partículas que sigue a los chicos.

Takato encuentra a Calumon en su escuela; le comenta de él a Henry e intentan conseguir un Entrenador para Calumon. Calumon y Guilmon entran a la escuela para pintar la cancha de fútbol, pero un Digimon salvaje aparece ahí.

Rika sale de la escuela, cuando de un digicampo de batalla aparece. Entonces llama a Renamon para pelear, pero ella no puede vencer al Digimon. Takato y Henry con sus compañeros llegan e intentan ayudarla.

Mientras caminan por la acera, la mitad del cuerpo de Guilmon desaparece por un momento, lo que asusta a Takato. Él habla con Henry y este le dice que los Digimon no estarán para siempre. Takato empieza a querer digievolucionar a Guilmon.

Impmon molesta a las personas que pasean por el parque en la noche y Takato teme por Guilmon, ya que él se esconde ahí y los maestros patrullan por la zona. Guilmon, por presión de Impmon, sale de su jaula. Takato cree que es él quién molesta a la gente y se enfada con Guilmon por haberlo desobedecido.

Takato tiene muchos problemas con Growlmon ya que es demasiado grande para volver a su refugio. Le sucede algo extraño, ya que no puede regresar a ser Guilmon. Intenta poner a dieta a Growlmon y hacer que se ejercite para que se canse, pero nada resulta.

Rika se siente confundida porque no entiende el concepto de Digimon compañeros y camaradas. Renamon también está confundida, porque cree que Rika no la acepta y piensa que debe ser como Guilmon o Terriermon para que un humano la acepte. Luego de eso, Renamon y Rika discuten y se separan.

Terriermon se siente deprimido, quiere pelear porque cree que es un estorbo para Henry. Por su parte, éste último ve a Renamon y decide hablarle. Ésta le pregunta si entiende la relación humano-Digimon y Henry le responde que él solo quiere que Terriermon sea su amigo y no quiere que este pelee.

Renamon sigue peleando por su cuenta. Rika se siente mal al ver que Renamon se hace más fuerte por su cuenta. Ambas están muy confundidas pero no se hablan. Renamon habla con Impmon, quién le dice que se puede hacer fuerte por su cuenta, sin necesidad de un Entrenador.

Takato y Guilmon son secuestrados por Hypnos y Yamaki le habla acerca de lo que él considera "Su juego peligroso" pero luego sólo los libera. En Hypnos, intentan probar un nuevo programa más fuerte que el Yuggoth: El Shaggai, basado en los datos de los salvajes capturados y analizados por Hypnos, para atraer a todos los digimons hacia él y borrarlos. Pero el programa no funciona exactamente como Yamaki lo desea...

Activado el Shaggai, todos los Digimon comienzan a ser atraídos por la puerta que el programa abrió hacia el Mundo Digimon. Pero un enorme Digimon con forma de tigre, Mihiramon, emerge de ese portal y habla, diciéndole a Yamaki que él fue quien les abrió la puerta para que transitaran libres entre el Digimundo y el Mundo Real.

Takato, Henry y Rika aceptan formar un equipo para destruir a los Digimon que aparezcan para causar el caos en la ciudad. Takato decide contarle a todos los de su aula la existencia de Guilmon. Luego de esto, todos quieren jugar con Guilmon y Takato. En el subterráneo Edo aparece un nuevo Deva, con forma de serpiente gigante.

Rika cuida más que antes a Renamon. La escuela de Takato y Henry se va de campamento antes del verano y deciden llevar a Guilmon, a Calumon y a Terriermon, aunque ocultos en el autobús del colegio, usando trampas. Pero un deva con forma de gallo gigante llamado Sinduramon aparece.

Henry obtiene una carta rara que luego se transforma en una carta azul. Junto con su padre, intenta averiguar cosas de ella, pero según su padre sólo tiene datos sin significado. Junto con Takato, Henry investiga de dónde salió esa carta.

Rumiko, la madre de Rika la obliga a ponerse un vestido y un sombrero y a posar para la cámara en una sesión de fotos. Rika huye de ahí y se ve un poco preocupada por Renamon. Luego, Terriermon detecta un Digimon, el cual resulta ser Vajiramon.

Henry habla con su maestro de Kung Fu acerca de los devas y cómo el bien y el mal no son absolutos sino que los conceptos cambian según el punto de vista. Impmon se encuentra con Indaramon, un deva con forma de Caballo. Cuando los demás Entrenadores llegan, Impmon le dice a Renamon que es su batalla y dicho esto comienza a pelear contra Indramon.

Impmon intenta luchar contra Indaramon pero es fácilmente vencido. Aunque el programa Shaggai no funciona correctamente, Indaramon de desvanece. Los Entrenadores no pueden encontrar a Impmon.

Jen está deseosa por convertirse en Entrenadora, tanto que comienza a coleccionar cartas de Digimon. Llega a creer que su compañero es Calumon, sorprendiendo a Takato, quien en seguida llama a Henry y a Rika. Un nuevo Deva con forma de rata aparece.

Jen le pide consejos a Rika sobre cómo jugar. Henry encuentra una relación entre los Devas: Todos tiene formas de animales del horóscopo chino. Luego, persiguen al extraño niño que vigilaba a Calumon hasta la zona céntrica de Shinjuku. Impmon se encuentra débil y quiere regresar al Mundo Digimon.

Tratan de evacuar la ciudad y toda el área cercana a Shinjuku. Los chicos y sus Digimon siguen peleando contra Vikaralamon. Yamaki habla con Tao Wong, el padre de Henry, quién integraba la llamada Pandilla Salvaje, los creadores de los Digimon.

Los Entrenadores intentan encontrar una puerta hacia el Mundo Digital, antes que las alteraciones producidas por Vikaralamon desaparezcan. Guilmon encuentra la entrada en la parte trasera de su refugio y todos los Entrenadores se preparan para el viaje.

Los chicos pasan a través del portal al Mundo Digital y caen en una zona árida y montañosa, muy parecida al mundo real. Los chicos comienzan a dudar su volverán sanos y salvos al mundo real. Comienzan a caminar y bastante lejos de ahí aparece un Meramon intentando atacarlos, pero Guilmon lo vence.

Rika, Renamon, Kazu y Kenta terminan en una quebrada, dónde los árboles no tienen hojas y hay unas pequeñas casas, pero están muy lejos de los demás. Una tormenta de viento comienza y buscan refugio en una casa habitada por un matrimonio de Digimon, Jijimon y Babamon.

Henry, Takato y los demás están buscando a Rika, Kazu y Kenta, cuando dan en un pequeño pueblo con casas bajas. Sin previo aviso, son atacados por una motocicleta que aparentemente no tiene conductor. Impmon se encuentra en un lugar extraño, dónde Chatsuramon le habla y le dice que si decide ser un esclavo de los dioses, ellos pueden darle su tan anhelada digievolución.

Los chicos intentan reunirse pero no se encuentran. Guilmon capta el aroma de Renamon y Takato y los demás siguen la dirección que indica Guilmon. Rika, Kazu y Kenta deciden volver al lugar donde empezaron a viajar, pero en eso los atrapa otra columna de luz y los lleva lejos a un lugar lleno de engranes y relojes que por suelo tiene nubes.

Debido al transporte que tomaron Takato, Henry y los demás terminan en otro lugar, donde se encuentran con Kazu, Kenta, Ryo y Cyberdramon. Recorren ese lugar y solo se encuentran con unos Digimon que se la pasan meciéndose. Calumon sale en busca de los chicos con el estandarte que Takato hizo a cuestas y se encuentra con un Digimon con forma de perro que no hace más que molestarlo.

Los Entrenadores deciden regresar al lugar del estandarte para esperar a Rika, cuando descubren que ya no está y que Calumon se lo ha llevado. Cuando en la Tierra se activa el Hypnos, en el Mundo Digital comienzan unas terribles ventiscas. Takato logra comunicarse con Yamaki.

Los chicos siguen buscando a Takato y a Henry cuando de pronto el suelo los absorbe y caen hacia otra zona del Mundo Digital. Esta zona está dominada por Orochimon, un Digimon maligno con forma de serpiente de muchas cabezas.

Takato y Henry junto a Terriermon acaban en una cueva con agua, pero Henry se da cuenta que su D-Power no se moja. Encuentran una escuela de Otamamon y Divermon.

El padre de Henry lleva a Sue Chong al parque. Mientras juega, un globo aparece junto a un montón de números y símbolos. Ve que el arca y Terriermon vuelan sobre ella, y es llevada al Mundo Digital, encontrándose con un Deva guardián, Antiramon.

Calumon acaba en el medio del Reino de las cuatro Bestias Sagradas, y no puede escapar. Lopmon explica que Calumon es la clave de la digievolución y lo necesitan para proteger al Mundo Digital. Beelzemon aparece y ataca.

Megidramon es atemorizante y desea matar a Beelzemon y a todo lo que se le ponga por delante. Le captura para comérselo. El poder de Megidramon desestabiliza el Mundo Digital.

Una gran batalla se da entre los dos Digimon. Al principio Beelzemon tiene más poder gracias a su motocicleta; pero Gallantmon logra destruirla. El Soberano de los Deva pide a Chatsuramon que destruya al traidor, Lopmon.

Los Entrenadores ya están preparados para salvar a Calumon y volver al Mundo Real. Pero antes deben derrotar al Deva, por lo que Henry pide a Sue Chong que se quede donde está. Kazu y Kenta se presentan voluntarios a quedarse con ella.

La Pandilla Salvaje junto con Yamaki trabajan arduamente para que los niños puedan regresar en un Arca. Mientras, en el Digimundo, Zhuqiaomon utiliza otro de sus ataques para dejar a los Entrenadores fuera de juego, pero Taomon consigue salvarlos.

El D-Reaper está cerca y las Bestias Sagradas no saben qué hacer. Deciden que lo mejor es rescatar a Calumon. Zhuqiaomon decide luchar con el D-Reaper, pero vuelve muy herido. Rika al final va a rescatar a Calumon por su cuenta, y Ryo la sigue.

Las Bestias Sagradas hacen que Calumon use su verdadero poder, así que utiliza la evolución brillante para que todos los Digimon del Mundo Digital evolucionen y puedan vencer a D-Reaper.

Todos los Entrenadores están en el Arca, excepto Rika y Renamon. Ryo decide buscarlas. Takato no pueda llegar al Arca, así que Guilmon le pide que pare. Por fin, Rika y Renamon regresan con Impmon. Takato pide al Arca que los lleve a casa.

El padre de Ryo está muy enfadado por que él se fuera al Digimundo. El D-Reaper está en la ciudad, y la Pandilla Salvaje pide que se lo dejen a ellos. Rika decide que tiene que salvar la ciudad. Takato también decide ir.

El Ejército empieza a disparar misiles al D-Reaper, pero no dan efecto alguno. Los Entrenadores se encuentran con varios agentes de D-Reaper que los persiguen. Cuando por fin consiguen eludirlos, ya es de noche y deciden dormir en el colegio.

El Gobierno sigue intentando derrotar al D-Reaper, pero sin resultados. Los medios de comunicación están retransmitiendo la historia del D-Reaper. Takato cree ver al clon de Jen, pero desaparece. Está muy asustado por la forma en que Jen está actuando.

Los Niños son convertidos en datos, haciendo que puedan fusionarse con sus Digimon en el mundo real. Doberman le da una última caricia a Alice antes de marcharse. Ahora la batalla es entre Dukemon, Megagargomon y Sakuyamon y los agentes del D-Reaper.

Un agente verde y con forma humana aparece, y Justimon y Guardromon deciden quedarse para luchar, mientras los otros buscan a Gallantmon. El D-Reaper está en los dos mundos. Se figuran que hay una interconexión: el Núcleo. Destruir la conexión podría significar el fin del D-Reaper.

El D-Reaper se está haciendo cada vez más grande. Jen aún está en el Núcleo y Beelzemon está atrapado. Calumon intenta despertarla, pero no da resultado. Grani vuelve con imágenes del Mundo Digital: el 47% ha sido borrado. Los sistemas de comunicación de todo el mundo están sido interferidos por el D-Reaper.

Beelzemon está cayendo del cielo hacia Hypnos, y empieza a desintegrarse. Pero Grani vuela rápidamente y consigue salvar a Impmon. El gobierno arroja pequeños electroimanes para corromper al D-Reaper. Jen intenta con todas sus fuerzas romper la burbuja. El clon malvado de Jen aparece, y la manda al centro de D-Reaper, que absorbe energía de su desesperación.

Grani y Gallantmon viajan a la ciudad para encontrarse con la gran burbuja del D-Reaper. Gallantmon ve que Sakuyamon entra, Justimon detrás, y él también se decide a entrar. Henry está dentro con la Carta Roja. Mientras, Jen lucha para liberarse del D-Reaper.

Jen toma su D-Power y, determinada a luchar, rompe el Núcleo. Gallantmon en su nueva forma vence a muchos de agentes. Justimon usa el poder de Sakuyamon junto con el de su espada y corta al agente por la mitad. Los líquidos del D-Reaper aparecen donde está Jen. También aparece el agente D-reaper con apariencia de Jen. Las mitades del agente vuelven a unirse...