이형'과의 전쟁에 패배하여 인간이 자취를 감춘 세계에서 인간을 찾아 여행을 하는 골렘과 인간 소녀 소말리. 여행 도중 들른 마을에서는 숲에서만 생활하는 골렘이 숲 밖으로 나왔다며 다들 놀란다. 한편 호기심 왕성한 소말리는 새로운 마을을 구경하느라 골렘과 떨어지고 마는데...

여행 도중 부상을 입은 소말리는 숲속에서 꼬마 도깨비 약사 시즈노와 만난다. 시즈노의 집으로 가서 상처를 치료받은 소말리. 골렘은 앞으로의 여행에 대비하여 약을 만드는 방법을 배우고 싶다고 시즈노에게 부탁한다. 시즈노는 가르쳐주는 대가로 골렘의 몸 일부를 갖고 싶다고 하는데...

개미구멍 거리를 방문한 소말리와 골렘. 골렘은 돈을 마련하기 위해 그 거리의 한 식당에서 일을 시작한다. 식당 주인의 아들 키키라와 함께 심부름하러 나간 소말리는 여행이 끝나면 아빠와 헤어져야 할지도 모른다며 불안해한다. 그런 소말리가 걱정이 된 키키라는 소원을 이루어준다는 '밤깨우기 꽃'에 대해 알려주는데...

밤깨우기 꽃을 찾기 위해 키키라와 함께 지하 세계로 들어간 소말리는 그곳에서 '츠치노코단'의 일원인 무스리카를 만난다. 지상과는 달리 위험이 많은 지하 세계. 소말리와 키키라는 무스리카의 호위를 받으며 커다란 밤께우기 꽃이 있는 곳으로 가는데...

술잔 마을에 간 소말리와 골렘은 그곳에서 우조이와 하이토라를 만난다. 그 둘은 하이토라의 병을 고치기 위한 약을 찾으러 여행을 하고 있다고 한다. 짐을 싣고 내리는 걸 돕는 조건으로 소말리와 골렘은 우조이의 마차를 함께 타게 된다. 그런데 우조이에겐 다른 목적이 있었는데...

우조이는 하이토라를 살리기 위해 인간의 생피가 필요하다며 소말리를 공격하려고 한다. 예전에는 평범한 인간이었던 하이토라. 그러나 아내, 딸과 함께 '이형'을 피해 숲속 동굴에 숨어지내다 한계가 찾아오자, 살아남기 위해 인간의 도리를 넘어선 행위를 하게 된다. 그건 바로 이형을 잡아먹는 것이었는데...

전 세계의 지식이 모인 마을이 있다는 정보를 얻은 소말리와 골렘은 그 마을로 향한다. 그곳은 마녀들의 마을이었다. 마녀들은 세계를 신앙하고 신의 위업을 잊지 않기 위해 전 세계의 모든 책을 도서관에 수집해왔다고 한다. 도서관 사서 헤이젤의 말로는 인간에 대해 기록한 전기가 한 권 있다고 하는데...

소말리와 골렘은 인간에 대해 기록된 책 '하라이소 전기'를 유일하게 읽은 마녀 '이졸다'를 찾아간다. 이졸다는 바로 그 책의 저자였다. 과거에 그녀의 조상이 인간이 사는 마을로 잘못 들어가, 그곳에서 인간과 골렘을 만난 것에 대해 쓴 책이라고 하는데...

소말리가 인간이라는 사실을 눈치챈 시즈노는 골렘에게 왜 인간과 여행을 하는지 묻는다. 골렘은 시즈노에게 소말리와의 첫 만남에 대해 들려준다. 소말리와 골렘이 만난 곳은 숲속. 인간은 골렘의 관리 대상이 아니기 때문에 소말리를 떼어내려고 했으나 식사 등을 조금씩 챙겨주자 소말리는 더더욱 골렘을 따르게 되고...

아리시기 마을에서 보내는 마지막 날. 소말리는 골렘에게 줄 선물을 완성하고 골렘과 야바시라는 여행에 필요한 식량 등을 보충한다. 모든 것이 순조롭게 진행되고 있다고 생각했다. 그런데 모두가 잠든 늦은 밤, 다섯 명의 이형이 오두막을 향해 다가오는데...

골렘의 몸이 빠르게 부식되어 쓰러지자 소말리는 이형들에게 잡히고 만다. 그런데 그때, 골렘의 몸에서 검은 오라가 뿜어져 나오고 골렘의 몸이 변형된다. 변형된 몸으로 이형들을 공격하기 시작하는 골렘. 과연 골렘은 다시 소말리의 '아빠'로 돌아갈 수 있을 것인가?