追随阿莎莉，继续基姆拉克市之旅的欧菲一行人。在途中遭遇被怪物袭击的盗贼团男子们。欧菲等人也被怪物包围，逃入剧场内，见到了盗贼团的首领女子·剑士梅倩。她以帮助欧菲进入与魔术士敌对的基姆拉克市为条件，要求欧菲帮助她进行遗迹的探索…。

欧菲一行人准备好前往基姆拉克，但为了防止克丽奥和马吉克遇到危险，欧菲和梅倩独自前往基姆拉克。途中得知，梅倩的目的是改革如今令人不满的体制，以及暗杀死之教师领导·科奥。与此同时，到达基姆拉克的阿莎莉也开始尝试潜入神殿街…

在城中引发骚动的欧菲等人，被一个叫拉尼欧特的男子协助，藏在了他家里。他坦白自己是王都派来的间谍，提出要帮助欧菲他们。欧菲一行和拉尼欧特打算从秘密地下通道进入基姆拉克神殿街。另一边，阿莎莉阅读了世界书，接触到世界的秘密…。

欧菲一行人从地下通道前往基姆拉克神殿街。途中意外遭遇暴洪，欧菲和克丽奥、马吉克走散…。在独自一人的欧菲面前出现的拉尼欧特，表明自己就是“死之教师内姆”，袭击了欧菲，并用狂热信徒的力量压倒了欧菲。另一边马吉克则被追来的教会神官兵包围，情急之下，慌忙发动魔法。

欧菲因第一次杀人而陷入混乱。得知经过的基姆拉克教·教主拉莫罗尼克派出了最强暗杀者科奥前往消灭欧菲。就在这时，阿莎莉烧毁了读完的世界书，独自前往基姆拉克教会神殿…。

欧菲发现马吉克无法控制魔术，就禁止他再使用魔术。然而马吉克对于始终将自己视为半吊子的欧菲，愈发不满。一行人离开地下通道，找到监牢，在那发现了被囚禁的沙鲁亚。和沙鲁亚一同突破监牢，遭遇追兵。欧菲立刻开始构成魔术，然而那个魔术…。

欧菲等人与沙鲁亚逃出地下监牢，来到神殿地下的“诗圣之间”。科奥和教会的士兵已在那埋伏。马吉克欲代替无法使用魔术的欧菲战斗，然而还是被科奥击倒。在激斗之中，诗圣之间的大门被摧毁，欧菲等人看到其中异样的景象。

被枪击中，沉到地底湖中的欧菲，在自己的意识中见到了自称伊斯特西瓦的女性和一位男性对峙的情景。阿莎莉将传送装置交给克丽奥，让他们逃走，自己跳入地底湖寻找欧菲。克丽奥逃到沙鲁亚的哥哥拉波万特家中，再遇梅倩。然而卡罗塔的魔爪已经逼近。就在这时，科奥面对违背女神意志的拉莫尼罗克，露出杀意…。

「诗圣之间」欧菲和阿莎莉与拉莫尼罗克、科奥对峙。拉莫尼罗克的真正目的，是在女神毁灭世界之前，将女神愤怒的对象·人类魔术士赶尽杀绝。拉莫尼罗克终于道出隐藏的世界真相。战斗进一步白热化，科奥的刀刃刺穿阿莎莉的身体…。

伊斯特西瓦预言的，向大陆袭来的毁灭危机，正是女神的来袭。找回自我的欧菲恢复了使用魔术的能力，与阿莎莉一同，对抗科奥。此时克丽奥、马吉克等人也赶到。被逼入绝境的科奥为了完成女神的教义，刺穿了阻挡女神的欧利欧卢的头部。之后，女神终于穿越结界…。