어느 교도소에 일일의무관으로 온 시영은 의무관 킬러로 악명높은 의사출신 재소자 6238과 만나게 된다. 한편 냉철한 검사 손석기는 6238, 차요한의 출소를 기다리는데...

요한은 시영을 내세워 한 재소자의 희귀병을 진단하려 하는데 유준은 희박한 확률 때문에 요한의 진단에 이의를 제기한다. 그리고 요한의 죄명을 알게 된 시영은 충격에 빠진다.

교수와 수련의로 재회한 요한과 시영. 펠로우 유준 합류하면서 요한의 통증의학팀이 꾸려진다. 한편 요한이 병원 밖에서 응급처치를 해줬던 격투기 선수가 한세병원에 실려 오고, 요한은 통증의학팀과 함께 첫 번째 진단에 나서는데...

시영은 요한의 과거 사건에 대해 새로운 사실을 알게 되고, 요한은 격투기 환자 진단에 필사적으로 매달린다. 한편 검사 손석기가 요한의 복귀를 주시하고 있는 상황에서, 요한은 환자의 진료에서 빠지라는 지시를 받는데...

강이사장의 연명의료에 대한 시영과 미래의 갈등은 깊어지고, 요한과 시영은 특별한 위로의 시간을 갖는다. 한편 격투기 선수의 진단으로 유명세를 탄 통증센터는 문전성시를 이루고 특별한 증상을 가진 두 명의 환자가 나타난다. 요한은 유독 한 환자에게 주목하는데...

요한은 자신을 찾아온 손석기와 대립각을 세우고, 시영은 그런 요한을 걱정한다. 아무것도 하지 말라는 손석기의 경고에도 요한은 환자를 위해 다큐 프로그램의 출연을 결심하지만, 방송 카메라 앞에서 뜻밖의 상황을 만나게 되는데...

요한의 병을 알고 충격에 빠진 시영은 걱정으로 애가 타고, 요한은 시영에게 자신의 비밀공간을 보여주는데... 한편, 한세병원에 감염병 의심 환자가 발생하고 시영은 환자의 각혈을 맞는다. 요한은 폐쇄된 통증센터에 들어가겠다고 나서는데...

폐쇄된 통증센터 안으로 들어간 요한. 시영은 감염에 취약한 요한을 걱정하지만, 요한은 감염병이 아닌 다른 병의 가능성을 제시하고 진단을 시작한다. 요한의 지휘 아래 똘똘 뭉친 통증 팀원들도 위기를 극복하기 위해 노력하는데...

시영의 고백으로 불면의 밤을 보내는 요한. 그리고 둘의 사이를 주시하는 사람들이 생겨난다. 한편, 전폭적인 지원을 받고 확 달라진 통증센터에는 특별한 말기암 환자가 한 명 찾아오고, 여러 위기 속에서 요한은 시영에게 마음의 문을 열어 가는데...

발표 도중 몸의 이상을 느낀 요한. 결국 시영의 도움과 진심에 무장해제 된 요한은 시영에게 한 걸음 다가간다. 한편, 손석기는 의료기업 진무리전드의 수상한 점들을 발견하기 시작하고, 통증 센터 팀원들은 말기 암 환자의 마지막 소원을 들어주려 하는데...

환자의 호흡기를 껐다는 의심을 받게 된 요한. 손석기는 요한뿐 아니라 통증팀원들 전체를 조사하기 시작하지만, 시영은 요한의 무고함을 확신하며 두 사람 사이의 신뢰는 더욱 깊어진다. 한편, 사건 진상조사로 인해 뜻밖의 진실이 드러나게 되는데...

치료를 시작한 요한과 그 곁을 지키는 시영. 시영에 대한 마음이 커질수록 불확실한 미래로 인해 요한의 마음은 복잡해진다. 한편, 환우회 환자가 얽힌 사건을 파헤치던 손석기는 배후의 ‘선생’이란 인물에 집중하게 되는데..

마침내 밝혀진 요한의 비밀. 편견어린 시선과 비난 속에서도 요한은 시영, 통증팀원들과의 든든한 팀플레이 속에 기석이 쓰러진 원인을 찾기 위한 노력을 계속한다. 한편, 요한에 대한 진정성을 느낀 손석기는 요한의 병을 폭로한 채은정을 찾아가는데...

요한에 대한 징계 논의가 시작되고 시영과 통증팀원들은 요한이 병원에 남을 수 있는 방법을 찾는다. 드디어 요한을 위한 든든한 지원군이 병원에 등장한 시각, 이원길 전 장관을 만난 요한은 케루빔의 존재를 알게 되는데...

기석의 죽음에 큰 충격을 받은 요한. 의사로서의 삶도 시영과의 사랑도 엄두 내지 못하고 손석기의 시술을 끝으로 한세병원을 떠날 결심을 한다. 통증팀원들의 안타까운 마음들은 더해가고, 시영은 자신에 대한 마음을 솔직히 말하라며 요한을 설득하려 하는데...

더 이상 오지 않는 요한의 생존신고. 그러던 어느 날 요한이 무탈하다는 것을 알게 된 시영은 몰랐던 사실과 마주하는데. 이별과 만남, 오늘과 내일, 삶과 죽음의 경계 위에 놓인 요한과 시영, 그리고 통증팀원들의 마지막 이야기.

A journalist in contact with Chae Eun Jeong brings up the euthanasia case at the press conference. Lawyer Han Myeong-oh steps in and tells them to focus on the current events. The entire department of pain medicine gets all new equipment.

What Yo Han thought was just a temporary loss of balance has now developed into auditory distress and dizzy spells. He falls down the stairs several times, before Shi-young finds him and gets him away from the nosy reporter.

Shi-young takes over the presentation and the audience is impressed. Yo Han realizes he needs her help and is ready to accept it. The prosecutor is nosing around the conference figuring out how the company Zinmu Rijund ties into all this.

Shi-young picks up Yo Han to bring him to work, but instead he asks her to take him to his doctor: the results are in. The pain medicine team grants Yoo Ri Hye a wish and after some hesitation, she decides she wants to see her son.

Yo Han is the number one suspect for the assisted suicide attempt and both the detective and the prosecutor are the same as from three years ago. Yoo Joon is shocked but doesn't believe Yo Han would be that stupid.

Despite the DNR Yo Han tries to save Yoo Ri Hye. Only Mi Rae is willing to help him. Shi-young finds Min Sung, Ri Hye's son as he's run away from home to see his mom. The prosecutor investigates the security footage.

Prosecutor Son Suk Ki receives his first chemo therapy treatment for stomach cancer. His investigator calls to show him a video showing a terminal cancer patient's euthanasia. Shi-young and Yo Han visit Park Yung Bo at his job as barista.

When Cha Yo Han comes out of the hospital for his check up, prosecutor Son Suk Ki is brought in on the ambulance in terrible pain. Lee Ki Suk is back, but this time his prognosis is not good and he gets worse rather fast.

Seok Ki asks Yo Han how he can understand his patient's pain when he is a CIPA patient who can't feel any pain. Gi Seok opens his eyes, and he can answer Yo Han's question by blinking his eyes. Meanwhile, Eun Jeong exposes Yo Han's secret by writing it on the hospital's bulletin board.

Tae Kyung thinks that it is not right to fire Yo Han. Ri Hye gets a strange text from Death Talks. Won Gil meets Yo Han and tells him about the Cherubim. However, Yo Han gets furious about the idea of the Cherubim, and he calls Seok Ki to report Won Gil.

It was Chan Seok, the sales manager of Zinmu Rijund, who injected the Cherubim to the members of Death Talks. Myung Oh and Chan Seok leave Korea after Won Gil's death. The patients who were treated by Yo Han come to the disciplinary committee to oppose the dismissal of Yo Han.

Yo Han is deeply shocked by Gi Seok's death. After administering treatment to Seok Ki whose condition had worsened, Yo Han decides to leave his life at Seoul Hanse Medical Hospital as well as Si Young. However, Si Young tries to change his mind and tells him to be honest about his feelings.

Chairman Yi Soo dies. Tae Kyung, Si Young, and Mi Rae mourn his death. Mi Rae decides to move back in with Si Young. Later, when she finds out that Yo Han was about to board a plane, she rushes to tell Si Young. Meanwhile, with the chairman's passing, Joo Kyung asks Tae Kyung to consider taking over his position.

Si Young can't reach Yo Han, and she is worried about him. However, Yo Han doesn't contact her for three years. After the three years, Yo Han finally comes back to the hospital and meets Si Young, but he doesn't explain what happened to him for the past three years.

Yo Han suggests Si Young that she should do a brainwave test on the patient. Si Young asks Yo Han why he didn't tell her that he was sick, and Yo Han apologizes to her. Yoo Joon tells Si Young that Yo Han kept watching Si Young for a year, and Yo Han and Si Young finally confirm their love.