藤丸和瑪修在Dr.羅曼和達.文西的安排之下，進行了第七次聖盃探索。這次探索的時代是公元前的世界──美索不達米亞文化。突然冒出大量的魔獸襲擊而來，藤丸和瑪修奮力抵抗才得以脫困。魔獸氾濫的問題，正在侵蝕這片原本繁盛昌隆的土地。

在恩奇都的帶領之下，藤丸和瑪修慢慢地朝著烏魯克前進。在濃密的森林裡遇到了迷路的旅人，帶著名為安娜的小女孩，藤丸等人自我介紹之後，旅人表示恩奇都早已過世，眼前的恩奇都應該是個假貨，此時恩奇都突然露出詭計被揭穿的面貌，氣氛突然緊張了起來，三方人馬進入備戰狀態。

吉爾伽美什王是個性格陰晴不定的人，不但不願聽從藤丸表達來意，反而要藤丸拿出實力一戰。戰敗的藤丸雖然暫時無法晉見王，王仍然下令輔佐官西杜裡照顧藤丸等人基本所需，並且安排工作讓他們調節烏魯克生活。在烏魯克地下的空洞地區隱藏著許多惡靈，安娜猜測……

來到烏魯克已經一個月，在藤丸和瑪修的努力之下，吉爾伽美什王終於主動接見，並給予他們調查遠方城市──烏爾市的機會。穿過悶熱又茂密的叢林，藤丸一行人抵達烏爾市，但市區內卻沒有受到魔獸侵擾。藤丸對烏爾市民說救援隊很快就會引導他們去烏魯克避難，但是烏爾市民表示不需要救援？

吉爾伽美什王親自指派任務給藤丸，而且指定只要藤丸和瑪修兩個人去。這次的任務是波斯灣觀測站的水質調查，調查工作之餘亦能欣賞波斯灣的美景。根據Dr.羅曼所說，第七特異點的規模是史上最大的，正當瑪修對此感嘆不已的時候，雷達上出現一個不明目標以時速500公里的速度朝藤丸等人接近。

北部壁壘地區的戰事持續，列奧尼達將軍等人死守前線。吉爾伽美什王命藤丸前往庫撒，回收以前留在那裡的天命泥板。藤丸一行人來到庫撒，發現那裡彷彿時間停止一般，整座城市陷入一片死氣沉沉的寂靜。梅林提議分頭去找泥板，突然間藤丸的生物反應消失在迦勒底的監控屏幕上。

受吉爾伽美什王之托，藤丸等人來到北部壁壘，戰場前線的規模已經發展到一個城市的大小。面對各種魔獸不定時的侵擾，藤丸和瑪修首次見到斯巴達王列奧尼達英勇奮戰的姿態，以及利用吉爾伽美什王財寶為燃料的巨炮──神權印章。軍隊來到尼普爾，沿著滿地血痕循跡前進，在那盡頭站著的是……

魔獸之母──迪亞馬特降臨尼普爾，同行的軍隊死傷大半。梅林本來打算用夢魔血統帶來的不死之身，與迪亞馬特一較生死，卻發現迪亞馬特擁有將萬物石化的魔眼…。面對魔獸女神強大的破壞力，連瑪修的盾牌也擋不住女神的攻勢。此時，晴朗的空中，突然落一下一個熟悉的身影。

魔獸母神一戰之後，我方損失慘重。吉爾伽美什王察覺戈爾貢在意的並不是人類，而是其他的女神，便想到一個計策企圖分裂三女神同盟。王拿出巴比倫寶物庫中的秘密武器，命藤丸立香一行人前往女神伊絲塔所在的艾比夫山。伊絲塔依舊是一副傲慢的態度，直到藤丸亮出王的秘密武器……

此行藤丸等人順利帶回女神伊絲塔，吉爾伽美什王表示肯定。打倒戈爾貢的對策，重點放在的傳說神具，據說神具被保管在烏爾更南邊的都市─埃裡都。關於南方女神的情報，伊絲塔終於鬆口告訴眾人，南方的女神就是羽蛇神魁札爾.科亞特爾，語畢此時南門傳來一聲巨響。

藤丸一行人出發前往埃裡都找群馬爾杜克的手斧已經經過一段時間，政務繁忙的吉爾伽美什王早已耐不住等待的煎熬。在太陽神殿前，女神魁札爾.科亞特爾早已站在門口迎接藤丸，在瑪修等從者們聯手牽制魁札爾之際，藤丸趁亂登上太陽神殿，準備舉刀破壞太陽石的瞬間，他突然選擇放棄戰鬥。

連日操勞的吉爾伽美什王，竟然在寶座上失去意識，甚至陷入永遠的沉睡之中。西杜麗沉浸在失去王的悲傷，卻捨不得將王下葬。除了王之外，烏魯克市內接二連三發生民眾衰弱致死的案例，魁札爾表示很有可能是三女神同盟最後一柱所為，所有的人把視線集中在伊絲塔的身上。

藤丸一行人深入冥界，遇見埃列什基伽勒，周圍的空氣變的冷冽，使得藤丸的凡人之軀逐漸衰弱，即便如此，藤丸依舊誠摯地邀請她一起拯救烏魯克。長年獨自管理冥界飽受孤獨之苦，並且內心充滿怨恨的埃列什基伽勒，對藤丸的請求充耳不聞，甚至覺得自己受到侮辱而大發雷霆。

回到烏魯克，安娜前來迎接藤丸等人去神塔晉見王。距離戈爾貢來襲還有兩天，北部壁壘正在集結兵力準備決一死戰，無奈杉木林內的魔獸數量是我軍的十倍以上，吉爾伽美什王認為照這情況，人類勢必毫無勝算，便改變作戰策略，要求藤丸和梅林帶著馬爾杜克神的手斧直搗鮮血神殿……

安娜表示，打倒戈爾貢就是她被召喚這片土地的理由，她用魔眼控制住戈爾貢的行動，配合鐮刀的攻擊，一連串的攻勢讓戈爾貢幾乎招架不住。梅林說戈爾貢以聖盃之力取回過去的神性，但是並非聖盃的持有者，真正的聖盃持有者另有其人……

被拉赫穆一擊穿心的金固，發出了聖盃的光芒。奪走聖盃的拉赫穆變得更強壯，甚至長出一對翅膀，企圖將聖盃送往迪亞馬特手中，伊絲塔趕緊使用飛行能力追上前去。剩餘的拉赫穆聚集起來追殺身負重傷的金固，在金固無處可逃陷入絕望的時候……

迪亞馬特神的體內存在十分強大的力量，加上海面源源不絕誕生的拉赫穆，即便伊絲塔使盡全力，仍然不見奏效；而敵方數次來襲，我方陣營的人數卻急遽地驟減。在束手無策之際，藤丸想到了唯一一個能打敗迪亞馬特神的方法，但是身為成敗關鍵的伊絲塔卻犯下嚴重的失誤。

藤丸和瑪修內心滿滿的自責，認為迪亞馬特神甦醒都是自己造成的，但吉爾伽美什王說預言早已預知烏魯克的毀滅，這是無法改變的事實。眼下能做的就是，想辦法阻止迪亞馬特神的前進，為冥界開門的準備爭取時間……

眾人努力之下，迪亞馬特神的力量終於漸漸衰弱。然而，此時迪亞馬特神卻放出固有結界，企圖吞噬整個冥界，消滅所有的從者，埃列什基伽勒放出寶具──發熱神殿箝制迪亞馬特神的活動，在那個結界裡能夠給予傷害的，只有身為人類的藤丸立香。

大戰結束之後，藤丸和瑪修回到地面，急忙確認大家的安危。消滅迪亞馬特神之後，趁迦勒底還在做靈子轉移準備工作，藤丸和瑪修決定用僅剩的時間向眾人一一道別。最後來到烏魯克神塔向吉爾伽美什王致意，王表示認同藤丸的實力，並送他一個餞別禮……