Jax y Xander, que ahora trabajan para los Servicios de Inteligencia de la Confederación de la Tierra, intentan localizar al fugitivo Tierney y descubren que está buscando un arma destructiva que potencialmente puede destruir todo el Universo. Mientras tanto, Jax se encuentra cara a cara con una mujer que nunca esperó volver a ver: su madre, Eve.

Jax, Xander, Ralen y Matta rastrean a los fugitivos Tierney y la madre de Jax, Eve, a un planeta remoto con un misterioso secreto, solo para entrar en la mira del extraño culto religioso del planeta, que no se detendrá ante nada para mantener su siniestro orden.

Jax y el equipo visitan el lejano planeta donde el profesor Osborn descubrió a Jax cuando era un bebé durante la Guerra Tierra-Zatariana en un intento de encontrar a los Antiguos con la esperanza de salvar nuestro Universo. Pero recibe un golpe trágico cuando Ralen sufre una pérdida que lo cambiará para siempre.

Jax y el equipo van en busca de una raza alienígena perdida que puede ser la clave para salvar el Universo, pero en el camino, se ven plagados de inquietantes pesadillas que surgen de los traumas personales de cada individuo y de la mayoría de los miedos personales.

Xander, Ralen, and Jett help defend a mining colony in the Outer Rim that is under constant siege from Sumi Pirates. Meanwhile, back at the Academy, Jax is recruited by Osborn for a secret mission.

Xander, Ralen, and Jett discover and track a consignment of illegal weapons to a freighter captained by a desperate cargo pilot, Roy Scantron, where they discover the cargo is clones of dead EarthCom soldiers.

Xander, Ralen, and Jett finally return to Earth, only to find it completely devoid of life with the exception being a mysterious and amnesic Jax; now they will need to work together to unravel the strange mysteries of this surreal world.

As the Galaxy sits on the brink of war, Jax and the team must unite all the races of the Galaxy in the hopes of preventing their destruction. Meanwhile, Osborn grapples with the ghosts of his past.

Jax races against time to save the Universe from complete destruction before the Ancients can render their final judgment, as Xander covertly pursues his own plans for redemption.