Po śmierci rodziców Jax przystępuje do Akademii Treningowej Floty na Ziemi, gdzie uczy się bronić Galaktyki przed zagrożeniami międzygalaktycznymi i zawiera nową rodzinę przyjaciół, ale także dokonuje szokującego odkrycia na temat własnej tożsamości.

Kiedy Atria Nine dowiaduje się, że przywódca Adari, Seeker Creston Hubbell, będzie przemawiał na terenie kampusu, korzysta z pomocy Jaxa i grupy badawczej, aby przeciwstawić się jej byłym mistrzom, aby pomóc jej sklonowanym siostrom i braciom uwolnić się od ucisku na jej ojczystym świecie.

Weteran wojenny legendarnego krążownika kosmicznego Sea Hawk dokonuje szokującego odkrycia dla Jaxa i Grega, które może doprowadzić Jaxa do odkrycia, kto tak naprawdę zabił jej rodziców.

Telepatyczny ojciec Thomasa przybywa do kampusu i próbuje zwerbować swojego syna, który był w separacji, do niebezpiecznego napadu, w którym nic nie jest tak proste, jak się wydaje.

Kiedy bioorganiczne implanty Pilar zostają zhakowane, Jax i Ralen prowadzą śledztwo, aby pomóc uratować ich przyjaciela i dowiedzieć się, kto jest za to odpowiedzialny, i powstrzymać ich przed dalszym dręczeniem Pilar.

Jax odkrywa śmiertelną tajemnicę ze swojej przeszłości, którą desperacko stara się zrozumieć z pomocą Ralen i Pilar, podczas gdy WNP nabiera coraz większej podejrzliwości wobec podzielonej lojalności Xandera.

Kiedy Xander werbuje Jaxa na niebezpieczną misję, w której musi ożywić związek ze starym ukochanym, Xander musi skonfrontować się z własnymi uczuciami do Jaxa i zakwestionować, czy wszystkie rozkazy mają być przestrzegane.

Uwięzieni w obcym świecie Jax, Xander i Ralen nie mają drogi do domu. Muszą połączyć siły, aby przetrwać, ale podzielona lojalność grozi zniszczeniem ich od wewnątrz. A Jax ostatecznie zostanie zmuszona do decydowania o swoich przynależnościach, jeśli przetrwają długą noc.

Ralen jest sądzony o życie po tym, jak został oskarżony o sabotowanie Tereshkova. Ale nawet Jax ma wątpliwości co do prawdziwości Ralen, kiedy jego żona przybywa z Zataru, by go bronić.

Podczas gdy na Akademi Floty uczniowie przygotowują się do obchodów Dnia Zawieszenia Broni (rocznicy zakończenia wojny Zatarian), Jax nadal zmaga się z odkryciem, że Ralen jest żonaty. Tymczasem Ralen musi zdecydować, gdzie naprawdę leży jego lojalność.

Jax i Xander mają pełne ręce roboty, gdy na kampusie wybucha niebezpieczna gra w kotka i myszkę. Różne grupy z całej galaktyki przybywają na Ziemię, wszystkie w pogoni za Jaxem, podczas której spotyka niespodziewanego sojusznika, który nie tylko chroni Jaxa, ale także rzuca światło na to, kim naprawdę jest. Tymczasem Atria, do której dołączyła Pilar, odważnie bada swoją nową misję życiową na Adar, pomagając swoim klonowanym braciom i siostrom, podczas gdy Thomas szuka swojego zaginionego ojca, a Ralen rozważa jego powrót do Zataru.

Zbierając kawałki z ataku Leone Vokka na Akademię Treningową Floty, Jax i Xander muszą stawić czoła Tierney, aby powstrzymać jej złowrogie plany dotyczące dominacji galaktycznej, podczas gdy oddolny ruch Atrii na Adar, by biec dla szukającego, może mieć poważne konsekwencje dla klonów, jak i dla jej przyjaciele.