夏休みの終わった学園都市。新学期の始まる中、とある事件で負傷していた学園都市第一位の『超能力者（レべル5）』アクセラレータは、いまだ入院生活を送っていた。その傍らには、なにかと世話を焼こうとまとわりつくラストオーダーの姿もあった。アクセラレータに命を救われていた彼女は、彼の快方を喜び『包帯取れた記念パーティ』を画策、『妹達（シスターズ）』を動員してその準備にいそしんでいた。そんな平和な昼下がり、病院を完全武装した数人の『警備員（アンチスキル）』が訪れる。第四学区にある大気連続体力学研究施設にて開発中の実験機器盗難事件が起こり、その機器が対アクセラレータ用秘匿兵器と判明したというのだ。当然、犯人の狙いはアクセラレータ本人。彼らの襲撃により病院は一転、騒然となり――。

夜の学園都市で、『警備員（アンチスキル）』に追われるある少女がいた。生物の死体を操ることができる逃亡者はなぜかアクセラレータの病室へと侵入する。闘の末、『警備員』に確保された少女が残した写真には、ラストオーダーの姿が写っていた。その裏側にある事情を探るべく、拘束された少女の引き渡しを要求するアクセラレータ写真を見たアクセラレータは事情を探るべく、『警備員』に少女の引き渡しを要求する。『警備員』たちはそれを拒み、疑念を抱いたアクセラレータへ銃を向ける。『警備員』たちの異様なまでに執拗な攻撃はエスカレートを続け、ついには新型の機動兵器を投入するまでに。そしてその機動兵器にはとある秘密が隠されていた。その夜。逃亡者の少女が、アクセラレータの病室を再び訪れ――。

アクセラレータのもとを訪れた少女の名はエステル＝ローゼンタール。『警備員（アンチスキル）』の闇に巣食う組織『DA』の企みの一端を知るという彼女は、自分の教えた技術によって事件が起きたこと、ラストオーダーが彼らの標的にされていること、自分一人では彼らに対抗できないことを告げると、アクセラレータに助力を請う。彼女とともに『DA』のアジトへと向かったアクセラレータは、前夜に交戦した機動兵器『棺桶』の完成形である『窮奇』と、それを操る菱形と対峙するが、ベクトル操作の弱点を突かれ、逃亡を許してしまう。手がかりを失ってしまったふたり。だが人皮の検視をしていたカエル顔の医者から、とあるものが届けられたことで、エステルは霊安室へと向かう――。

死霊術を施された人皮の遺体を正しい状態に戻すべく処置するエステル。しかし、その途中で遺体を処分すべく霊安室にやってきた『DA』隊員と鉢合わせてしまう。その上、エステルの処置により疑似魂魄・禍斗が宿った遺体が動き出してしまったことで現場は混乱。アクセラレータの傷が開いた隙をついて、『DA』隊員のひとりが偶然通りがかったミサカ一〇〇四六号を人質に逃亡してしまう。倒れたアクセラレータは手術室へと逆戻りし、エステルは禍斗とともに『DA』の行方を追うことに。しかし一方で、暴走気味の『DA』の行動に懸念を抱いたスポンサーのひとり――統括理事会の亡本は、彼らの抹殺に動き出す。そして菱形もまた自らの研究に投入すべく、『DA』のさらった人質を確保しようと動き出す。

突如もたらされた情報を基に、『警備員（アンチスキル）』は『DA』の拠点を次々と制圧にかかる。最新装備に身を固めていながらも数に劣る『DA』は、菱形に助けを求める。エステルを失い、ラストオーダーの奪取も果たせていない今、『DA』がさらった人質を使えばなんとかなる。菱形のその言葉を信じた『DA』は、ミサカ一〇〇四六号を彼のもとに届けるべく、多脚兵器『タランチュラ』を繰り出して応戦する。その圧倒的な火力の前に撃ち抜かれ、切り刻まれる『警備員』たち。しかし、そこに現れた亡本の刺客『屍喰部隊（スカベンジャー）』がタランチュラをあっさり撃破。そして次なるターゲットを求めて、ミサカ一〇〇四六号を救ったエステルと黄泉川へと襲い掛かる――！

その凶悪さから封印されていた4人の能力者による暗部組織『屍喰部隊（スカベンジャー）』。『DA』抹殺のために放たれたその牙は、彼らの憎む諸悪の根源――『センセー』たる黄泉川と、『優等生』エステルへと向けられる。紙を自在に操り着ぐるみのようにまとって戦うナル、液体の比重を操る薬丸、摩擦係数を操る清ケ、作戦立案と有機的な連携攻撃を指揮するリーダー。一筋縄ではいかない屍喰部隊に対し、エステルと禍斗は失神した黄泉川を守りながらの戦いを余儀なくされる。常人離れした禍斗の膂力と、それを補助するエステルの死霊術でなんとか食い止めようとするものの、ナルひとりを止めることすら叶わない。まるで戯れるようにナルの攻撃に磨り潰される禍斗に、エステルが絶望し心折れそうになったそのとき。ふたりを守るように、アクセラレータが立ちはだかる――!!

『警備員』に『DA』、そして『屍喰部隊（スカベンジャー）』。誰もが等しく倒れ伏した惨状の中で、エステルはアクセラレータの戦いに人を救う力を見出し、師匠になってほしいと訴える。あからさまに嫌がるアクセラレータをよそに、幾度も懇願していたそのとき、3体の『棺桶』――『窮奇』『渾沌』『饕餮』が姿を現す。送り込んだのは菱形ではなく、妹の蛭魅。そしてその目的はミサカ一〇〇四六号の確保だった。過去には暴走して街をひとつ壊滅させたほどの力を持つ『ナンバーズの悪霊』を封じ込めた兵器をそのままにしてはおけない。ミサカ一〇〇四六号をさらった『棺桶』を追うアクセラレータ。そして、自らが犯した過去の過ちを正すため、エステルは自分のできるやり方で菱形たちを止めようと動き出す――。

『絶対能力（レベル6）』――『超能力（レベル5）』を超える途方もない力を求めて、研究と実験を積み重ねていた菱形。そして、被験者として兄の夢を応援していた妹の蛭魅。そんなふたりと出会った『死霊術師』エステル。自らが身に着けた死霊術とは何のための力なのか。そんな悩みを抱えていた彼女は、請われて訪れた学園都市でも答えを見つけることができずにいた。そんな彼女に、蛭魅はひとつの約束を提示する――自分になにかあったら、自分の役に立ってほしい。自身が余命いくばくもないことを知った蛭魅は、兄の役に立つため、ある決意を固めていたのだ。そして、実行された蛭魅の決意を受けて、エステルと菱形の下した『選択』が悲劇を呼ぶことに――。

なんとかして蛭魅を救いたい。そんな想いから犯してしまった自分の過ちを、今こそ正すと決意したエステル。ミサカ一〇〇四六号を回収し、10031回分の死の記憶を完全にコピーして『絶対能力（レベル6）』への『公式』を手に入れんとする菱形。3体の『棺桶』の攻撃を潜り抜け、菱形のラボにたどり着いたアクセラレータは、ミサカ一〇〇四六号の救出に成功するも、すでに『公式』は完成していた。 菱形は本命である蛭魅へ『公式』をインストールする時間を稼ぐため、残る『窮奇』と『饕餮』をアクセラレータに差し向ける。『公式』をインストールされたことで大幅に能力の強化された両機の連携攻撃の前に、アクセラレータは足止めを余儀なくされる。一方、エステルは別ルートから菱形と蛭魅の元へとたどり着き――！

非情にも届かなかった舜帝の剣。『公式』をインストールされた蛭魅は、爆発的な勢いで周囲を巻き込み肥大化を始める。そして、なんとか脱出したエステルたちの前へと現れ、その正体――『ナンバーズの悪霊』の4体目、『檮杌』であることを顕わにする。もはや誰をも欺く必要はなくなったとばかりに。ローゼンタール家の悲願である『完全なるゴレムの完成』を達成すべく、『悪魔』の声に従って行動していたと語る『檮杌』に、エステルは当主として、死を弄ぶ行為をやめるよう命じる。肥大化は止まり、事件は結末を迎えるかに見えたそのとき。一連の事件の裏ですべてを操っていた『悪魔』が顔を出す。最後の符に写されていた最悪の存在の正体は――！

人間を取り込んで肥大化し、進化を遂げて完成形に近づいていく『完全なるゴレム』。だが、舜帝の剣でその符を突き、『檮杌』の疑似魂魄に干渉すれば止められるかもしれない。するため、エステルたちは符を宿す本体たるイサクの居場所を探してゴレムの体内を進んでいく。取り込んだ者たちの思念が混じり合い、意識が浸食され始めたイサクの隙をつき、極大の力を振り絞って本体のもとへと道を切り開くアクセラレータ。エステルは大事な約束を守るため。禍斗は主人を護るため。菱形幹比古は蛭魅を取り戻すため。ミサカ10046号は記憶を弄ばれた報いを与えるため――それぞれの立場とそれぞれの目的のため、5人がイサクの前に立ちはだかる。そして、エステルの手に握られた舜帝の剣がイサクを貫いたそのとき……!!