ドリランドにある小さな国・エルア。姫のミコトは、伝説のハンター・ボニーに憧れ、彼女のもとでスキルを学んでいた。ハンターとは、ドリランドのあちこちに埋められた宝を探す者。ある日、ミコトは無断で城をぬけだし、危険な洞窟に宝探しに出た。それに気づいた世話係のウォーレンスも後を追い…。

遺跡を探検するミコトとウォーレンスとポロン。ハンターになれると主張するミコトは、ウォーレンスと大喧嘩。そんな2人を尻目に、ポロンはお宝探しの才能をいかんなく発揮する…かのように見えたが、ポロンが拾ったお宝は、実はモンスターのワナだった！ 突然、モンスターとの戦いが始まる！

旅の途中、水を汲みに「流水の神殿」に立ち寄ったミコトたち。そこで、モンスターのプチオクトに襲われているセクシーな女海賊・アルビダと出会う。通りすがりの槍を使うハンターも助太刀に加わり、なんとかプチオクトを倒すミコトたちだが、アルビダに脅迫され、神殿最深部の船着き場を目指すこととなる。

エルアへの帰路、資金調達と休息の為に宿場町・クワンカに立ち寄ったミコトたち。だがクワンカは、不良ハンター集団ベルガー一味によって、閉塞感に包まれていた。ミコトたちが食事をとっていると、ベルガー一味と住民たちとの騒動に出くわす。その騒動の中心にいたのは、流水の神殿で出会ったパーンだった。

エルアに戻るため、パーンの案内で「無限の迷宮」に向かったミコト、ウォーレンス、ポロン。四人は、ベルガーが後をつけて来ているとは知らずに迷宮を進む。仕返しをたくらむベルガーは、モンスターにミコトたちを襲わせるが、突然迷宮に激しい稲妻が走る。驚くミコトたちの前に現れたのは、巨大なキングモンスターだった！

エルアへと戻ったミコトたち。普段の生活に戻るかに思われたが、ボニーの使者・ピエールが訪ねてきた。ミコトたちはピエールから、ボニーがキングモンスターの謎を追っていることを知らされる。その手伝いをして欲しいと言うのだ。ミコトたちは本土に旅立とうとするが、クレモアが立ちはだかり…。

ボニーの後を追い、エルアを出発したミコトたち。まずは島を出ようと港町・コメスへと向かう。しかしベルが足りずに、船に乗ることが出来ない。足止めを食らった一行は、街に住む少女・イリアと偶然出会う。気の強いイリアとポロンは、口を開けば喧嘩ばかり。そんなイリアには、一つ心配事があった。

ファーショを目指し、船に乗って海を渡るミコトたち。しかし、高波に飲まれ、船は沈没してしまう。ミコトたちが目覚めると、そこは美しい人魚たちが住まう海底洞窟。さらに、人魚姫のセーラが、ウォーレンスを夫に迎えると言い出した！ 地上に戻る方法もない中、ミコトたちは雑用係としてセーラに仕えることとなり…。

パーンが一人、船頭となり、ようやくドリランド本土に近づいたミコトたち。ウォーレンスは船酔いで、ポロンは空腹でぐったりしているが、ミコトだけは新しい冒険の始まりにワクワクしていた。突如、ポロンが奇妙な魚に襲われ、幻覚を見て走り出す。それを追う一行は、思いがけず、ディアガーと出会う。

ファーショを目指し旅を続けていたミコト一行は、砂漠地帯の暑さを避けるため、遺跡へと赴く。しかしそこには、以前ミコトたちと共に冒険をした女海賊アルビダが、誰の許可を得ることもなく住みついていた。歓迎され食事を振舞われるミコトたちであったが、アルビダたちの変貌ぶりに違和感を覚える。

ファーショに到着したミコトたち。都会の雰囲気に浮き立ちながらも、ボニーの第一の弟子を捜す。ミコトの中で、第一の弟子に対する期待は上がる一方。そんな時、立ち寄った宿屋の食堂で食い逃げが発生。食い逃げ犯を謎の力で倒して捕まえたのは、なんというか、随分個性的な男性、なのか女性なのか…乙女であった。

ボニーの弟子・ブリリアンに、なんとか認めてもらえたミコトたち。早速、秘石を探しに「赤い河の渓谷」へ向かう。しかし言い伝えの謎はなかなか解けず、秘石探しは難航。ミコトも、ヘマをして皆の足を引っ張ってしまう。ブリリアンの何気ない一言に落ち込み、うつむいて歩いているうちに、一同とはぐれてしまい…。

ミコトたちの前に、キングモンスターが出現。ミコトは大きなダメージを受けてしまう。ブリは激怒し、猛然とキングモンスターに攻撃を仕掛ける。何とか倒したかに見えたが、不意をつかれ、ブリ、ウォーレンスたちが大ピンチ。その時、ミコトが皆をかばうように飛び込み、イソウェルの力が発動した！

アルセカの町を目指すミコト、ウォーレンス、ポロン、パーンは、旅費を稼ぐために向かった廃墟で、ハンターのレオに出会う。レオの目的は、廃墟に眠る伝説のエクスホリバーを手に入れて冒険王になること。だが、一緒に探検していたカナとリナは、レオのわがままに手を焼いて去ってしまっていた。

アルセカへと向かうミコト一行は、嫌がるウォーレンスをよそに街に立ち寄る。苦い顔をするウォーレンス。実はこの街は、彼の故郷だったのだ。街で出会ったウォーレンスの旧友・トニーとヘクターは、すぐにミコトたちと打ち解け、気さくに会話を交わすようになる。一方のウォーレンスは、自分の過去を隠そうとする。

第2のボニーの弟子に会うために、アルセカに向かうミコトたち。途中、天空の遺跡・アリベンに立ち寄る。そこでウォーレンスは、「天空の真珠」と呼ばれるお宝中のお宝を発見する。だが、入手したお宝が意外なものに姿を変えてしまい、一同は唖然。しかも、遺跡に住むラトの一族と対立することになってしまう。

水の町・アルセカにやってきたミコトたち。しかし、パーンが荒くれ者に絡まれ、一触即発の事態に。だが、酔っ払いのテキトー男が喧嘩に割り込んで、見事に喧嘩を仲裁する。この男こそボニーの第2の弟子・ジンだった。アクアストーン探しをウォーレンスたちに任せジンに修行をつけてもらうミコトだが…。

ジンのもとで修行を続けるミコト。人気ゴンドリエーラにはなるものの、イソウェルの力が使えるようになる気配は無い。いつ使えるようになるのかと問い詰めるミコトに、ジンは親父ギャグではぐらかしてばかり。怒ったミコトは、ジンのもとを飛び出してしまう。しかしその背後には、魔族の手が忍び寄っていて…。

水の遺跡にたどり着いたウォーレンスたち。神殿を開ける方法に気づくが、闇タンバリン・ヤーダスにアクアストーンを奪われてしまう。ミコトも駆けつけるが、ヤーダスのタンバリンの不思議なリズムに乗せられて、体が勝手に踊りだしてしまう。そのヤーダスの弱点は、オヤジギャグだった！

水の遺跡を探検し、ミコトはとうとうアクアストーンを手に入れた。しかしそこに現れたのは、またしてもディアガー一味だった。ディアガーはアクアストーンを渡せとミコトに強要。ミコトはディアガーのしてきたこと、そして自分が得た様々な経験を振り返り、ディアガーと闘うことを決意する。

ボニーと再会したミコトたちは、ボルトストーンを探しにバルデア山脈を目指す。しかし、ひょんなことから一文無しになってしまい、足止めをくらう。仕方なく、資金集めのため、ボニーとミコトは洞窟探検へと向かう。ボニーとの初めての探検に胸躍るミコト。だが二人の前に、突如キングモンスターが現れ…。

バルデア山脈に向かう途中、ルーラルという村に立ち寄るミコトたち。のどかな田舎の村ながら、流通の要でもあるルーラルは、ゴランという盗賊に狙われていた。しかし、ゴランの分厚い鎧を、拳一つで打ち砕く男がいた。ルーラル村の用心棒、ロガイである。ウォーレンスは、ロガイの必殺技『禁惚龍々』を学ぼうとするが…。

ミコトに続きウォーレンスもパワーアップを果たし、ポロンは焦る。一行はドリランド中の職人が集まる街・ギルディアへと到着。カッコイイ銃を発見したポロンは、鍛冶屋コゴルに銃を撃ってほしいと願い出る。しかしその銃は未完成品で、完成させるには七色水晶と呼ばれる石が必要らしい。

次々と仲間たちがパワーアップを果たす中、一人取り残された感のあるパーン。焦りと苛立ちを隠しきれない彼は、過去を振り返る。自身の歩んできた強さへの追求の日々、そして今の仲間たちとの旅の日々、パーンの求めるものとは一体何なのか？ その答えを導き出さんと悩んでいると、ディアガーの部下たちが現れ…。

魔族になったパーンは、騒ぎを起こして牢屋に入れられてしまう。そこで出会ったのは、トナイル国の騎士団だった。魔族になったことを告げると、騎士団は激怒。そしてパーンは、ビザンテから闇の力を与えられて、ミコトたちの前に立ちはだかる。しかしボニーは、パーンの戦い方から、あることに気づく。

魔族たちからの信頼を得たパーンは、秘石の場所を聞き出すことに成功。騎士団たちの力を借りて壁を破壊し、秘石を奪って脱出する作戦を実行する。上手くいくかに思われたが、スライヤに勘づかれてしまっていた！ パーンは逃亡を試みるが、大勢の魔族や闇の兵士たちに囲まれてしまい…。

パーンは騎士団のアウグストらと共に、魔族のアジトから脱出をはかる。ディアガーたち魔族による執拗な追跡を振り切り、命からがら逃げ延びることが出来た。仲間のもとに帰りたい一心でようやく手に入れた自由ではあったが、いざ合流しようとなると、複雑な心境が邪魔して前に進めない。

やっとの思いでバルデア山脈に到着したミコトたち。アルビダ一行も合流し、吹き荒れる吹雪の中を懸命に進む。一方、パーンを逃がした罪に問われ、「龍の穴」に送り込まれてしまうディアガー。そこは、一度入ったら二度と出られない処刑場だった。ディアガーは何故、魔族になってしまったのか…。

ボルトストーンを求め、寒冷地にある遺跡へと向かったミコト一行は、三つのチームに別れ、それぞれが遺跡攻略を目指す。しかしそこはキングモンスターの巣窟だった。イソウェルの力を発揮しキングモンスターを攻略しようとするミコト、ボニーだったが、その力に引き寄せられるかのように、最強のモンスターが姿を現す。

ボルトストーンを求めて遺跡に乗り込んだミコトとボニーとブリの三人は、最深部でディアガーと対峙する。ディアガーは、ミコトたちが持つアクアストーンを要求し、圧倒！ 「龍の穴」で闇龍神を従えたディアガーの力は絶大で、ミコトたちには為す術がない。絶体絶命の窮地の中、ボニーはある決断を下す！

ミコトたちはボニーの死の悲しみを乗り越え、ビザンテオンに乗り込む決意を固める。ミコトが今、ボニーに代わってグループの真のリーダーとなったのだ。ビザンテオンに乗り込むと、大勢の魔族や闇の兵士たちが迎え撃つ。多勢に無勢の状況だが、ミコトたちはまるで忍者のように姿を消す！

ドリランドに広がる闇を止めるためにビザンテオンに入り込んだミコトたちは、敵の軍勢と遭遇。ブリ、パーン、アルビダが敵を食い止めている隙に、先行することになったミコト、ウォーレンス、ポロンとペフー。罠に引っかかり敵を呼び寄せることになったが、ポロンは、単独で敵の足止めをする決意を固める。

最上部にある「闇の扉」の封印を目指して、ビザンテオン内部を進むミコトとウォーレンスとペフー。だが、カーデスの罠により二人は離れ離れになってしまう。そのうえカーデスの前に引き込まれたウォーレンスは、自分の情報を取られてしまった！ 闇を自在に操るカーデスは、ウォーレンスの偽物を作り…。

ミコト姫対ディアガー、一対一の戦いがついに始まった！ 怒りに燃えるミコトに、ディアガーは、憎しみを振りかざすお前は自分と同じだと言い放つ。苦戦するミコト。だが、ディアガーが闇の龍の力を得た代償は、ダメージとなってその体に蓄積されていた。そしてミコトは、イソウェル力を解放する！

魔王ビザンテは、ビザンテオンを跡形も無く吹き飛ばし、三つの秘石を闇に染めて砕いた。己の野望を阻むものは何も無いと笑うビザンテ。絶望に言葉も出ないミコトたち。だが、イソウェルの故事に習い、三つの力をミコトに与え、闇の扉を封じる作戦に最後の望みを託す！

三大素の力を注がれたミコトは、魔王ビザンテを相手に一歩も引かぬ戦いを繰り広げる。しかし、ビザンテに決定的なダメージを与えることが出来ず、次第に押され始める。だが、3つの力を体内で爆発させることで、より強力な力を生み出し、ビザンテを圧倒。ついにビザンテを闇の扉の中に吹き飛ばした！