Les membres de la Section 9 recherchent un homme nommé Philip Kukushkin, un ressortissant russe qui semble s'y connaître en création de post-humains.

Les forces spéciales américaines combattent aux côtés de l'équipe de la Section 9 face à une post-humaine impitoyable nommée Suzuka Mizukane.

Lors de l'interrogatoire de Kukushkin, l'équipe de la Section 9 découvre des informations choquantes sur un programme d'IA développé par le gouvernement américain.

Craignant que Purin ne soit une espionne à la solde des Américains, la major envoie une équipe de Tachikoma pour enquêter sur son passé.

Togusa finit par comprendre qu'il a été piégé dans ses propres souvenirs et se retrouve soudainement dans un Tokyo dévasté en l'an 2045.

Batou et les autres vont à Tokyo après avoir eu des nouvelles de Togusa. De retour à Fukuoka, la major apprend qu'une post-humaine a détourné un sous-marin nucléaire.

Standard informe Batou et le groupe de la situation avec les post-humains. La major et Purin rejoignent le reste de l'équipe à Tokyo.

Pour reprendre le contrôle du sous-marin nucléaire, l'équipe de la Section 9 cible Mizukane et Takashi Shimamura.

Shimamura se réveille et fait une manœuvre désespérée, mettant Kusanagi et son équipe dans une position difficile.

Kusanagi et son équipe tentent le tout pour le tout afin d'empêcher les États-Unis de mettre en œuvre leur plan d'attaque nucléaire.

Les membres de la Section 9 reprennent le cours de leur vie comme si rien ne s'était passé sauf Kusanagi, qui est la seule à trouver cela étrange.