Członkowie Sekcji 9 szukają Rosjanina, który wydaje się dysponować bogatą wiedzą na temat stworzenia postludzi.

Amerykański oddział specjalny dołącza do Sekcji 9 w walce z nieustępliwą przedstawicielką postludzi — Suzuką Mizukane.

Podczas wydobywania informacji z Rosjanina ekipa Sekcji 9 dowiaduje się szokujących rzeczy na temat programu sztucznej inteligencji opracowywanego przez rząd USA.

Major podejrzewa, że Purin może szpiegować dla Amerykanów, więc zleca robotom Tachikoma zbadanie jej nieznanej przeszłości.

Batou i pozostali udają się do Tokio, żeby sprawdzić, co dzieje się z Togusą. W Fukuoce Major dowiaduje się, że jakiś postczłowiek przejął nuklearną łódź podwodną.

Purin budzi się w całkowicie protetycznym ciele i próbuje dostać się autostopem do Tokio. Amerykański oddział ma okazję posmakować gniewu Mizukane.

Standard informuje Batou i innych o planach postludzi. Major i Purin dołączają do reszty ekipy w Tokio.

Sekcja 9 bierze na cel Mizukane i Takashiego Shimamurę, żeby odzyskać kontrolę nad nuklearną łodzią podwodną.

Shimamura budzi się i wykonuje desperacki ruch, przez co Kusanagi i jej ekipa znajdują się w sytuacji bez wyjścia.

Kusanagi i jej ludzie chcą za wszelką cenę powstrzymać Amerykanów przed zrealizowaniem ich okrutnego planu mającego zakończyć patową sytuację z „N”.

Członkowie Sekcji 9 zaczynają żyć, jakby wszystkie niedawne wydarzenia nie miały nigdy miejsca — Kusanagi jako jedyna jest tym zdziwiona.