Kusanagi und ihr Team verteidigen in den USA des Jahres 2045 als Söldner die Stadt Gated Town vor Gesetzlosen. Togusa erhält einen Anruf.

GHOST wird mit KI-Drohnen angegriffen. Ein großzügiger Waffensponsor macht's möglich. Togusa nimmt einen Auftrag des friedliebenden japanischen Premierministers an.

Togusa sucht im Cyberspace nach seinen einstigen Teamkollegen. Die Gruppe gerät in die Fänge einer mysteriösen amerikanischen Organisation, die das Team rekrutieren will.

Bei seinen Recherchen zu John Smith und dem Verschwinden des Teams wagt Togusa ein kalkuliertes Risiko. Die GHOST-Mitglieder hinterfragen die wahre Natur ihrer Mission.

Aramaki jagt Kusanagi hinterher, doch es ist ein Rennen gegen die Zeit. GHOST muss wegen des kybernetischen Sicherheitssystems von Huge eine Planänderung vornehmen.

Nach dem Wiedersehen der Sektion 9 erfahren Kusanagi und ihre Kollegen von den Post-Humans, einer bisher unbekannten Bedrohung für die Menschheit.

Batou ist nach sechs Jahren wieder in Japan und beschließt, während des Wartens auf sein Team eine Pause einzulegen. Doch dann verderben ihm Amateur-Bankräuber den Spaß.

Kusanagi und Smith geraten wegen der Jagd von Sektion 9 auf Post-Humans aneinander. Sie beauftragt Togusa mit Recherchen über einen Spion im Umfeld des Premiers.

Sektion 9 hat nach dem Mord mehrerer Politiker mit Problemen zu kämpfen. Auch der Schwiegervater des Premierministers befindet sich auf der Abschussliste.

Sektion 9 nimmt einen vermeintlichen Post-Human-Hacker unter die Lupe, der mithilfe des Internets Angriffe auf Menschen anzettelt. Die Spur führt zu einem Schüler.

Togusa hat bei der Analyse der Daten, die von Shimamura konfisziert wurden, ein kurioses Erlebnis. Als er aufwacht, macht er sich mit Batou an die Ermittlungen.