Członkowie Sekcji 9 szukają Rosjanina, który wydaje się dysponować bogatą wiedzą na temat stworzenia postludzi.

Amerykański oddział specjalny dołącza do Sekcji 9 w walce z nieustępliwą przedstawicielką postludzi — Suzuką Mizukane.

Podczas wydobywania informacji z Rosjanina ekipa Sekcji 9 dowiaduje się szokujących rzeczy na temat programu sztucznej inteligencji opracowywanego przez rząd USA.

Major podejrzewa, że Purin może szpiegować dla Amerykanów, więc zleca robotom Tachikoma zbadanie jej nieznanej przeszłości.

Togusa wreszcie zdaje sobie sprawę, że był więźniem własnych wspomnień — i nagle trafia do zrujnowanego Tokio roku 2045.

Batou i pozostali udają się do Tokio, żeby sprawdzić, co dzieje się z Togusą. W Fukuoce Major dowiaduje się, że jakiś postczłowiek przejął nuklearną łódź podwodną.

Purin budzi się w całkowicie protetycznym ciele i próbuje dostać się autostopem do Tokio. Amerykański oddział ma okazję posmakować gniewu Mizukane.

Standard informuje Batou i innych o planach postludzi. Major i Purin dołączają do reszty ekipy w Tokio.

Sekcja 9 bierze na cel Mizukane i Takashiego Shimamurę, żeby odzyskać kontrolę nad nuklearną łodzią podwodną.

Shimamura budzi się i wykonuje desperacki ruch, przez co Kusanagi i jej ekipa znajdują się w sytuacji bez wyjścia.

Kusanagi i jej ludzie chcą za wszelką cenę powstrzymać Amerykanów przed zrealizowaniem ich okrutnego planu mającego zakończyć patową sytuację z „N”.

Członkowie Sekcji 9 zaczynają żyć, jakby wszystkie niedawne wydarzenia nie miały nigdy miejsca — Kusanagi jako jedyna jest tym zdziwiona.