Les membres de la Section 9 recherchent un homme nommé Philip Kukushkin, un ressortissant russe qui semble s'y connaître en création de post-humains.

Les forces spéciales américaines combattent aux côtés de l'équipe de la Section 9 face à une post-humaine impitoyable nommée Suzuka Mizukane.

Lors de l'interrogatoire de Kukushkin, l'équipe de la Section 9 découvre des informations choquantes sur un programme d'IA développé par le gouvernement américain.

Craignant que Purin ne soit une espionne à la solde des Américains, la major envoie une équipe de Tachikoma pour enquêter sur son passé.

Togusa finit par comprendre qu'il a été piégé dans ses propres souvenirs et se retrouve soudainement dans un Tokyo dévasté en l'an 2045.

Batou et les autres vont à Tokyo après avoir eu des nouvelles de Togusa. De retour à Fukuoka, la major apprend qu'une post-humaine a détourné un sous-marin nucléaire.

Devenue un robot à part entière, Purin fait de l'auto-stop pour se rendre à Tokyo. Les forces spéciales américaines affrontent la colère de Mizukane.

Standard informe Batou et le groupe de la situation avec les post-humains. La major et Purin rejoignent le reste de l'équipe à Tokyo.

Pour reprendre le contrôle du sous-marin nucléaire, l'équipe de la Section 9 cible Mizukane et Takashi Shimamura.

Shimamura se réveille et fait une manœuvre désespérée, mettant Kusanagi et son équipe dans une position difficile.

Kusanagi et son équipe tentent le tout pour le tout afin d'empêcher les États-Unis de mettre en œuvre leur plan d'attaque nucléaire.