玉儿与海兰珠驾车赶送姑姑哲哲的新嫁衣。途中遭遇毒蛇惊马，玉儿与海兰珠纷纷坠马，车上的新嫁衣被水全部浸透。哲哲告诉玉儿联姻为保蒙古家园太平，玉儿感到惊诧不已。玉儿对多尔衮的油腔滑调略显反感，却一眼相中睿智沉稳、将自己从悬崖边救回的皇太极。哲哲大婚当天，玉儿满心期待见到自己的姑父。却未想到新郎便是自己的心上人皇太极。

　　努尔哈赤以七大恨告天起兵伐明。大金气势如虹，连败明军。努尔哈赤向玉儿表达了自己一统大金的愿望，却久病难医，最终驾崩案前。玉儿手持大金帅印，却无法道破努尔哈赤的临终遗愿。为了百姓安居乐业，玉儿擅自主张，假告天下努尔哈赤将汗位继位给了四贝勒皇太极。

　　卓林参加摔跤比赛，海兰珠悬着一颗心非常担心，小玉儿也一直看着卓林，赛琦雅看穿了她的心事，令她面红耳赤。卓林赢了比赛后将哈达献给了海兰珠，这让小玉儿非藏难过。赛琦雅看到她不吃不喝的样子很是担心，承诺说一切都可以为小玉儿做主。

　　玉儿连夜骑马去找皇太极，希望他能救下自己的姐姐，但皇太极却说现在忙着征战，没有空去顾忌这些事情。但最终玉儿拿出宝剑来兑现承诺，皇太极才肯出马，救下了海兰珠。

　　几位福晋怂恿淳福晋这次一定要生下个儿子争口气，也可以把大福晋的位置抢过来，而这话恰巧被大福晋听见，非常生气。而这时大汗又派来送礼，是个送子观音，这一举动更加激怒了大福晋。

　　阿古拉决定通过自己的力量让父亲重视自己的存在，海兰珠恭喜玉儿终于可以嫁给心目中的大英雄，多尔衮暗自发誓自己一定要超过皇太极，夺回心爱的姑娘。

　　寨桑不幸遇害被阿古拉发现，没想到自己却被诬陷为罪人。海兰珠不知道真相，看到寨桑逝世非常难过。玉儿告诉母亲，自己会转告大汗，至于其他真相，只希望她得饶人处且饶人。

　　多尔衮对玉儿的态度恼羞成怒，一气之下差点霸占了她，玉儿提醒他要记得自己的承诺。玉儿穿着女仆装回来后，海兰珠看到此番情景对真相已略知一二，告诉乌雅不要声张。

　　海兰珠最终决定离开，玉儿百般挽留也无济于事。海兰珠给玉儿留下了一个镯子，送给玉儿即将出生的孩子。玉儿非常同情姐姐，向着她一个人孤苦伶仃，以后该何去何从。海兰珠来找卓林，发现他已经重伤身亡。

　　大汗决定册封海兰珠，这让玉儿非常难过，而下人不知天的话也惹怒了大福晋，祭天大典即将开始，大汗在典礼上宣布海兰珠为自己的侧福晋，玉儿身体不适先行退下，走在中途突然晕倒。

　玉儿看到姐姐手上戴着跟小黑猫身上一模一样的手链，非常吃惊，认为这一切是海兰珠捣的鬼，但大福晋也为海兰珠说话，不能因为一条链子，一种香气，就认定这件事情跟自己有关。

　　海兰珠说哲哲背负着族人的忍辱存亡，独自一人在后宫挣扎求生，为的，不就是遵守兄长的命令，现在虽然表面上看起来风光，可实际上，姑姑只是玉儿的一个跳板，哥哥心中真正想捧上天的，是大玉儿。

　　多尔衮夸赞道杀得好，随后说道，皇太极既然认为是为了带来好运而取了小玉儿，自己就要求他一心一意地对待玉儿，一辈子都忘不了她的好。玉儿看到淳福晋疯疯癫癫抱着枕头当成小阿哥的样子心里非常担心。

　 阿古拉的军队日益膨胀，大汗告诉多尔衮和多铎，一大早鳌拜就传来好消息，说他们已经歼灭了西边的五万明军，自己要亲自好好犒赏他们。多尔衮连忙道贺，接着向大汗请示，希望自己能够留下来，继续搜寻林丹汗的遗属。

　　娜木钟用计让多尔衮进入陷阱，多铎被擒。一封密信交到多尔衮手上，说要救多铎必须一人前去。多尔衮被带到到娜木钟营地，迎接的却是丰盛的酒宴，原来娜木钟为了族人过上安慰的日子，要拿出林丹汗收藏的传国玉玺与皇太极议和。多尔衮写信呈报，皇太极大喜让多尔衮速速带人上京。哲哲邀众福晋到城楼观赏风景，正碰上多尔衮带着娜木钟返回京城，皇太极带领三大贝勒前来迎接极为隆重，娜木钟将玉玺献给皇太极时两人四目交接眼光闪动。

　　皇太极在寝宫听见笑声，转入后院见娜木钟正和族人玩捉迷藏，故意让钟抓住自己。哲哲见皇太极如此宠爱娜木钟，为拉拢她便带上最好的裁缝为钟定做嫁衣。玉儿心里难过，派婢女送了一个亲手做的金丝荷包，并请求皇太极恩准让自己到蟠龙寺祈福，皇太极知道玉儿见自己要新纳福晋心里难过便答应了。　晚上大雨之后玉儿独自伤感弹起琴来，多尔衮闻声配合吹起树叶，两人借音乐交流，多尔衮看见玉儿还戴着他送的项链，问她是否还爱自己。

　　多尔衮沉重的回到营地才知道自己福晋出事。这时后宫突然出了命案，金元珠被人杀死，尸首旁有玉儿绣的金丝荷包。皇太极知道不是玉儿所做但对她和多尔衮之间心有芥蒂，将玉儿押入大牢。多尔衮要去营救玉儿，被阿古拉扮作蒙面黑衣人抢先一步把玉儿救了出来，玉儿逃出牢房不知道怎么办，却碰见了蒙面的多尔衮，突然火光出现两人知道中计，多尔衮独自逃走。皇太极拿出自己送给玉儿的珍珠耳环询问蒙面人是不是多尔衮，玉儿一震咬唇不语。

　　皇太极下旨第二日中午如果凶手还不归案就处死玉儿。哲哲找海兰珠希望能救玉儿，珠不理哲哲气愤的离开，海兰珠和阿古拉见能为额娘报仇，暗暗高兴。小玉儿前去看望玉儿正好听见宫女谈论金朱元死时芳儿正在寝宫当值，便告诉多尔衮希望查出真相能还玉儿的清白，多尔衮追溯线索在一个偏僻的山野小屋里看见了芳儿和一个男的死在了床上，留有一封遗书。玉儿被押往刑场，海兰珠前来送行，玉儿不理。

　　多尔衮见自己即将出征再战，不知何时能回来，便找到扔掉的项链还送给玉儿，玉儿见项链又回来了，又惊又喜十分开心。多尔衮疲倦的回到家，却见小玉儿在为自己将来的小孩缝制衣帽十分感动，便把自己珍藏的镯子送给小玉儿希望她能等自己凯旋归来。多尔衮领军所到之处，明军溃不成军，金军士气大增，祖大寿被围困城中突然心生一计。

　　军情急报多铎与多尔衮中了埋伏生死未卜，皇太极突感事情件严重请三大贝勒和大臣入宫议事，决定让豪格撤回军队，并在军中封锁两人失踪的消息，以免祖大寿知晓。小玉儿探听到消息找玉儿帮忙，玉儿计上心头。在海兰珠寝宫内点了香炉，放了小风车，海兰珠前去探望皇太极，脸上和手上突然冒出红疹又肿又痒，惊吓的晕了过去。玉儿告诉皇太极自己老家有起死回生的偏方可治此病，娜木钟也说家乡有此偏方，皇太极救人心切相信了玉儿的话。

　　哲哲准备丰盛的酒宴，赛琦雅带着很多名贵血燕前来赴宴，特别挑了血燕王给哲哲享用，海兰珠看见想起母亲为赛琦雅摘血燕，十分生气。宴会上哲哲请画师前来画像，玉儿站在最边上，赛琦雅大声说出皇太极答应自己立玉儿为妃，要玉儿站在哲哲旁边，众福晋见此都十分羡慕。回到寝宫赛琦雅教训玉儿要赶快替皇太极生个儿子，母凭子贵把地位做稳，玉儿却认为一切随缘淡然面对。

　　寝宫里海兰珠不吃赛琦雅的血燕，皇太极便自己先吃，再亲自喂海兰珠吃，突然皇太极喷出一口鲜血晕了过去。御医查出是中毒症状。赛琦雅正在小玉儿家，突然被侍卫带走关进了大牢。多尔衮亲自审问，赛琦雅不认下毒的罪却跪求多尔衮好好照顾玉儿，玉儿找到多尔衮跪下求他救救母亲。多尔衮见两人都如此深情，不信赛琦雅会做出这种事情，给玉儿保证一定查出真相，讨回公道

　　皇太极在城楼下与玉儿散步，突然看见城楼上海兰珠抽打着赛琦雅的脸，赛琦雅大叫冤枉便从城楼上掉下来摔死了，额吉的死让玉儿对海兰珠恨入骨髓。皇太极召集群臣商议赛琦雅死后如何安抚吴克善的事情。赛琦雅的死让玉儿沉浸在悲愤之中，发誓要重新赢得皇太极的宠爱为额吉讨回公道，玉儿放出大量白鸽吸引了皇太极前来寻找自己，假装通情达理，不但不怪罪海兰珠，还会好好安抚吴克善，让皇上不必自责令皇太极十分感动。

　　多尔衮带金军大败明军，祖大寿及时收兵撤退，阿古拉奋起直追被多尔衮阻止。豪格和阿古拉不服，阿古拉拿出皇上的飞鹰金牌私自调兵出发。军队陷入陷阱眼看全军覆没，多尔衮和多铎及时赶来和明军恶战，活捉了祖大寿，多铎却因为伤势过重昏迷不醒。豪格和阿古拉被五花大绑押入营帐，阿古拉不服拿出皇上的飞鹰金牌，多尔衮看了冷笑说这是假的，阿古拉被多尔衮斩首示众。金军凯旋回朝，海兰珠见弟弟被杀，要杀死多尔衮为阿古拉报仇。

　　宫中举办哲哲的封后大典，海兰珠突然前来求皇太极救救小阿哥，皇太极匆匆离去，御医开药没用，只得请来萨满法师，法师说小阿哥要子凭母贵唯有母亲做皇后才能保孩子的命。皇太极听完下旨暂停封后，另择吉日。皇太极见海兰珠日日夜夜都为小阿哥祈祷十分心痛答应一定不会令她失望，亲自找到哲哲希望能理解自己要另立海兰珠为皇后，哲哲十分震惊，皇太极说完转身离开。

　　皇太极宣布封海兰珠为皇后，哲哲、玉儿、娜木钟晋封为妃。众大臣见皇太极如此坚定也都敢怒不敢言。海兰珠身穿凤袍大笑为卓林报了仇，哲哲突然出现告诉海兰珠，杀死卓林的幕后真凶是皇太极，因为不想失去她，海兰珠大惊。册封仪式正式开始，海兰珠却一直未到，皇太极赶去见海兰珠正在为卓林烧着纸钱，皇太极被逼承认自己是杀害卓林的凶手，海兰珠抱起儿子夺门而出。海兰珠欲抱着儿子跳楼自尽，被皇太极抢回阿哥。

　　皇太极找玉儿希望能帮自己招降洪承畴。多尔衮知道后气愤的想杀掉洪承畴，以免玉儿受辱，忽然想起了和玉儿很像的一个人。玉儿站在城楼无限感慨，随后拜见皇太极拿出当年的情书，撕的粉碎转身为皇太极去劝导洪承畴，玉儿和皇太极的夫妻情分也随着信件烟消云散。玉儿认为皇太极会为了面子赐她一死，要求多尔衮再带她出去游玩一次，玉儿希望多尔衮能好好对待小玉儿母子，多尔衮答应。在远处偷看的小玉儿心中释怀便悄悄的从另一面下山。

　　海兰珠苏醒，但失去记忆。皇太极带着海兰珠荡秋千沉浸在幸福之中。皇太极回寝宫路过玉儿房间听到福临抱怨皇阿玛不陪他荡秋千却只陪着海兰珠，心里愧疚，带着福临荡秋千玩耍，突然太监来报海兰珠有喜了就马上离去，反而让福临和玉儿倍感失落。皇太极一高兴，等孩子出生要大赦天下而且要立为太子，令哲哲和其他妃子都十分震惊。朝廷上，皇太极拿到洪承畴画的明朝军事地图狂喜，要御驾亲征任命豪格、鳌拜为副将，却把多尔衮留在盛京。

　　海兰珠中毒突然吐血而亡，多尔衮赶到询问，玉儿不答，却只要多尔衮记得他的诺言，要一生为她倾力而战。两军交战，皇太极思念海兰珠心中不安连夜赶回盛京，看到如熟睡般的海兰珠，皇太极难以自控，大哭起来哀嚎声响彻宫中。皇太极怒火攻心要杀掉所有的妃子和孩子为海兰珠和未出生的孩子报仇，多尔衮见皇太极失去理性出手阻止，哲哲见事件严重将皇太极砸晕过去。娜木钟见自己也会性命不保，想连夜逃跑，却放不下儿子博果尔。

　　皇太极驾崩，豪格和多尔衮两大势力相互斗争，大清陷入危机之中。玉儿找到多尔衮希望他能帮自己，当摄政王，不要做大清的罪人，多尔衮陷入无限的深思。福临登上皇位，任命多尔衮为摄政大臣，玉儿居高临下俯视群臣，母仪天下。娜木钟希望吴克善能把女儿静儿许配给自己儿子，那知吴克善是想把女儿嫁给皇上，令娜木钟愤愤不平。元宵佳节，福临顺治身穿便装出宫到街上玩，静儿在街上发现有恶人偷自己的钱包，抓住不放。

　　吴克善把静儿打扮的十分华丽，准备送她入宫做皇后，等吴克善走后静儿拿出英俊的木牌仔细看着，心想入宫后就不能看这块木牌了，心中惆怅。顺治答应玉儿选秀女入宫，秀女们经过回廊刚巧被博果尔发现有个宫女很像英俊。便去找顺治，顺治正在看书，突然想起了英俊，见博果尔来找他，告诉他自己居然会想男人，博果尔心知英俊是女儿身却不说明，反而耍心眼求皇上赐给自己一个秀女，顺治不假思索的答应。

　　静儿端着汤去送给皇上喝，宛宁看见心里嫉妒，骗静儿皇上吃了药不能喝这种汤，要替她拿去倒掉，静人信以为真便把汤给了她，宛宁自己却端着汤去见皇上，顺治知道是宛宁端来的汤心中喜欢。玉儿看出顺治喜欢宛宁但此人古灵精怪，静儿却心地善良，担心以后后宫会出事，准备了不同的珠钗要皇上挑选作为礼物送给秀女，顺治选了最好看的要送给英俊的妹妹，太监说这是皇太后要送给静儿的，顺治听了一脸的不满。

　　宛宁换上太监服去会见静儿但碰到顺治，急忙躲开，顺治觉得面熟便跟了过去。两人碰面时顺治突然出现，静儿跑掉。娜木钟看见顺治约宛宁到湖面滑冰计上心头，两人滑完冰回寝宫路上忽然看见山石后有烟冉冉升起，前去查看，只见娜木钟在烧信件，顺治好奇拿起未烧完的信一看，脸色突变。娜木钟不怀好意的将玉儿与多尔衮的旧事重提，顺治大怒。白雪茫茫，多尔衮带着双雕同玉儿堆雪人，吹笛击鼓十分快乐，顺治远远看见，更深信不疑。

　　顺治难平心中的怨恨，派多尔衮和博果尔前去平定叛乱，战乱中博古尔暗伤多尔衮。多尔衮身受重伤躺在床上。玉儿赶来，顺治继续询问先帝之死，玉儿不回答皇太极的死因，却告诉他多尔衮不该放弃自己的皇位，还辅助了他这不肖儿为皇帝，顺治气愤的离开。游园晚会，多尔衮抬头看见天上两只放飞的雕儿风筝，便找到了玉儿，两人四目交接，玉儿希望有来生一定会认得他，多尔衮不愿摘下面具躺在玉儿怀里含笑死去。

　　为成全福临和宛宁，玉儿下旨命宛宁去静慈庵修行百日，意在解除宛宁和博果尔的婚约。博果尔深夜潜入静慈庵意欲轻薄宛宁，福临赶到救了宛宁并和博果尔厮打起来。混乱中烛台烧着了房子，横梁砸伤了博果尔的双腿。博果尔成了残废，娜木钟发誓要报仇，她约来英亲王夫妻谋划在多尔衮葬礼上起兵夺取皇位。玉儿察觉娜木钟将会有所行动，她命吴克善和郑亲王事先埋伏平息了一场内乱。

　　危机已过，玉儿带娜木钟见到了血肉模糊的阿古拉，吓的娜木钟说博古尔是阿古拉的儿子，请求能原谅她，博古尔在后面听见真相，急晕了过去，娜木钟见大势已去甘愿受罚，被派去终身守陵。紫禁城里喜乐喧天，静儿被封为皇后，宛宁被封为妃子，顺治晚上找到宛宁紧紧将她拥入怀中，静儿独自一人守在喜帐里直到烛光熄灭，留下了泪珠。

　　静儿中毒太深时日不多，临死前得宛宁男装陪伴，含笑而去。六年过去，皇后宛宁有喜，诞下小阿哥，可惜身子太弱。顺治与皇后结伴前往五台山祈福，不料遇险，皇后殁，宫中也传来小皇子驾崩的噩耗。顺治万念俱灭，决意出家。孝庄无奈，只好辅佐玄烨为帝。