(Filler) Em casa, Yugi troca a corda de seu Enigma por uma corrente. Andando na rua, Yugi tem seu Enigma do Milênio roubado por um homem com traje negro. Duela com ele sem poder usar o Enigma do Milênio. Descobre que o oponente é Bandit Keith tendo a mente controlada à distância. Bandit está equipado com vários truques de trapaça, e usa monstros fortes nos momentos desejados por causa disto.

(Filler) Os acontecimentos do fim da parte dos Monstros dos Dados Masmorra no mangá acontecem agora de forma diferente: Bakura corta a ligação mental de Keith, encerrando o duelo. Fixa um pedaço de sua alma no em uma peça do Enigma do Milênio. Quando o homem encapuzado tenta novamente controlar a mente de Keith, este causa um incêndio e destrói o Enigma do Milênio. Yugi, não conseguindo retirar o artefato do local aonde estava fixado, monta-o. É resgatado por Joey e Tristan.

Ishizu Ishtar explica a origem de Monstros de Duelo para Kaiba, explica-lhe sobre os Ghouls e o roubo que fizeram dos cards de Deuses Egípcios. Explana sua tática de atrair duelistas de todo o mundo para a cidade com o fim de trazer de volta e recuperar os cards deuses. Ishizu dá o Deus do Obelisco para Seto, para que este possa recuperar os outros dois deuses roubados. Usa um poder holográfico de sua relíquia inexistente no mangá. Yugi, conversando com seu alter ego, descobre que este não possui recordação alguma de sua existência. Diferente do mangá, Yugi não passa tempo algum no hospital, então não é informado sobre a exibição egípcia no museu da cidade.

Os acontecimentos do capítulo 148, que relata os testes feitos por Seto com o Deus do Obelisco e a próxima geração de Discos de Duelo, são pulados. O alter ego de Yugi tem um encontro forçado por Yugi com Téa. Esta entra em um desafio de dança de fliperama contra Johnny Steps e vence. Téa convence Yugi a visitar o museu para conhecer mais sobre si. Diferentemente do mangá, Johnny Steps pede uma revanche em Monstros de Duelo, e Yugi enfrenta-o, atrasando a visita ao museu para a noite, enquanto no mangá ocorre ainda de dia.

O teste da nova geração de discos de duelo e do Deus do Obelisco, no mangá anteriores à batalha de dança, ocorrem agora no anime, com alterações: os discos lançam os projetores com foguetes e o robô de batalha não é andróide. Além disso, há no anime menções inexistentes a um sistema de satélites dando suporte aos duelos globalmente, e o duelo é estendido. Diferente do mangá, os cards da mão não são materializados na frente do jogador, e o computador usa Polimerização para fundir os três Dragões Brancos. A história do anime pula então para o capítulo 150 do mangá, onde Yugi descobre o início sobre quem é a partir da pedra em exibição. Ishizu Ishtar avisa-lhe que um inimigo possuidor de uma Relíquia do Milênio chagará à cidade, e que uma grande batalha ocorrerá; uma batalha para Yugi recuperar suas memórias.

Joey decide participar da Cidade das Batalhas, então vai com Anzu, Tristan e Yugi à loja que vende os discos de duelo requeridos para ter o direito de participar. Yugi, conversando com Téa, revela saber que há algum outro motivo para seu alter ego querer participar da Cidade das Batalhas, pois pelo que o conhece sabe que seu alter ego acredita que todos os 40 cards são importantes, e cards raros não fazem muito se não formarem uma tática sólida. Téa sente que, devido à proximidade dos dois Yugis, o segredo não poderá ser mantido por muito tempo. Na loja, o atendente pesquisa em um banco de dados de duelistas por informações sobre Yugi e Joey, pois apenas duelistas de nível 5 ou superior podem ter o disco, que é dado pela Corporação Kaiba. Joey não estava classificado, mas o lojista interessou-se pelo Dragão Negro de Olhos Vermelhos e alterou os dados, classificando Joey e passando seus dados a Ghouls.

Yugi passa a noite toda montando o novo deck com seu alter ego. No fim, este decide contar que está participando do torneio para se encontrar, e Yugi, por confiar nele, não faz perguntas. Em um telão gigantesco em um dirigível, Seto explica as regras do torneio, diferente do mangá, onde explica em um telão da Praça de Domino. Joey encontra o Ghoul que roubou se Dragão observando os jogadores na praça. Yugi, ao avistar Joey, vai falar com ele. Ao saber que aquela pessoa é um ghoul, ladrão e falsificador de cards, enfurece-se e decide duelar contra ele. O Ghoul consegue juntar quatro partes do Exodia quando Yugi descobre que ele planeja invocá-lo.

Yugi derrota o deck Exodia do Ghoul ao usar um combo composto pelo card de magia Espada Força da Luz e a armadilha Corrente da Destruição, que é atrasado no anime, apenas, pela magia Espadas da Luz Reveladora do Ghoul. Quando o Ghoul perde, tem seu corpo tomado por Marik, que apresenta-se a Yugi e explica seus objetivos. Yugi então pega o Dragão Negro de Olhos Vermelhos de Joey e devolve-lhe, mas este recusa: montou um novo deck que possui o Mago do Tempo por card raro, e planeja treinar com este para não tornar-se tão dependente de um card apenas, como era antes. Yugi rasga todos os cards falsificados do Ghoul, antes de ir embora, coisa que não ocorre no mangá.

Espa Roba, um duelista que diz ter poderes paranormais, derrota Rex Raptor. Joey, almejando tornar-se um duelista melhor, desafia Espa Roba para um duelo. Diferente do mangá, Rex Raptor some sem perguntar o que Joey fez com o Dragão Negro de Olhos Vermelhos. Assustado com a possibilidade de seu oponente ter poderes psíquicos, Joey começa invocando um monstro de seis estrelas, que é destruído imediatamente por não cumprir a regra de sacrifício. Quando Espa Roba diz que Joey tem dois cards Graça do Dado, sendo que este na realidade tinha um Caveira do Dado e um Graça do Dado, Joey percebe que isto se deve ao fato de somente a palavra "Dado" estar visível na sua mão, tendo o resto do card oculto por outro disposto em sua frente. Joey deduz que há pessoas bisbilhotando sua mão. Usa os dois em um combo que elimina o Demônio Megacyber de Espa. Invoca o Jacaré de Espada e ataca Espa.

O Jacaré de Espada de Joey é destruído por Jinzo, após Espa Roba equipá-lo com Amplificador. Diferente do mangá, Joey usa um combo de Dragão Bebê e Mago do Tempo para ter o Dragão Milenar e enferrujar Jinzo, mas fracassa, pois Jinzo é revestido por um metal especial. Assim, o Dragão Milenar é destruído por Jinzo. Tristan continua narrando o duelo para Serenity, diferente do mangá, onde isto não ocorre. O que também não ocorre no mangá, Téa e Solomon aparecem. Joey usa o card de magia Bode Expiatório, o que no mangá ocorre antes de Roba usar a magia Amplificador. A pedido de Serenity, a enfermeira conta-lhe o verdadeiro rumo do duelo. Roba invoca Barreira Refletora, e fazendo um ataque duplo, destrói dois bodes de Joey. Diferente do mangá, Téa conta a Joey que Shizuka o está assistindo, o que não ocorre no mangá. Joey invoca Aranha Roleta, que ao fazer Jinzo atacar a Barreira, destrói os dois monstros, abaixando a vida de Roba para 0

Mokuba interrompe uma briga que estava ocorrendo em um beco do distrito norte por causa de desacordos em relação ao ante. Como o duelista encrenqueiro desrespeitou Mokuba, Seto surge e o desafia para um duelo. Diferente do mangá, Seto não rasga o ante do duelista encrenqueiro. Antes do duelo, Seto oferece quantos cards raros de sua mala o duelista quiser para fortalecer seu deck. Diferente do mangá, Seto não oferece sua mala como ante. Vence o oponente facilmente com Obelisco. Marik é informado que Seto possui um card deus, e diferente do mangá, onde o fato a seguir não ocorre, é mostrado um flash back do encontro que Marik teve com sua irmã Ishizu no Egito.

Diferente do mangá, Arkana fala sobre os motivos que o levaram a integrar os Ghouls e Téa e Solomon passam o dia correndo pela cidade numa tentativa de encontrar Yugi. Arkana revive seu Mago Negro, obrigando os duelistas a tentarem vencer com mágicas e armadilhas. Com os quatro espaços destinados a estes cards já ocupados, eles são ativados sucessivamente, até a sequência encerrar-se com os dois magos ressuscitados e nenhum ponto de vida perdido. Arkana usa o card de contra-armadilha Correntes do Pesadelo para prender o Mago Negro de Yugi em uma cruz. Com isto, Arkana ataca Yugi diretamente com seu Mago Negro. Yugi evoca o Grande Escudo Guardna, mas Arkana usa a magia Ectoplamsdor, que sacrifica os monstros para seu espírito atacar diretamente o adversário. A alma do Boneco Maléfico da Morte acerta Yugi diretamente, mas a do Mago Negro é bloqueada pela alma de seu Mago Negro, que deliberadamente se sacrificou para proteger Yugi.

Téa, Mokuba, Solomon e Tristan passam o dia correndo na cidade em busca de Yugi. Arkana novamente cita sua amada, o que não ocorre no mangá. Com a magia Balança das Sombras, Arkana destrói todos os monstros no campo de Yugi: Grande Escudo Guardna e Gazelle, o rei das bestas místicas. Arkana usa então a magia Cortina da Magia Negra, que invoca um conjurador de sua mão, ao custo de metade dos pontos de vida. Em seguida, usa a magia Flechas antimagia para destruir os cards virados para baixo de Yugi, deixando o campo deste vazio. Quando Arkana ordena o ataque à Yugi por seu Mago Negro, Yugi usa a magia Cortina da Magia Negra para invocar a Feiticeira Negra. Arkana, percebendo que ela é 500 pontos mais fraca que seu Mago, prossegue com o ataque. Entretanto, a Feiticeira vence, pois é fortalecida pelas almas dois dois Magos já mortos.

Joey tem seu disco de duelo roubado por um garotinho que lhe pediu autógrafo, diferente do mangá, aonde ele tem o disco roubado enquanto come em um restaurante. Diferente do mangá, onde Tristan havia viajado e Joey pega o garoto, Tristan agarra o garoto para que este devolva o disco de duelo. Diferente do mangá, Solomon não recomenda que Joey confira o deck para saber se algum card seu foi roubado. Também diferente do mangá, Téa não pergunta a Joey se a operação de Serenity terminou bem e Joey não pergunta a ela sobre Tristan. O garoto corre até Weevil Underwood e lhe dá o pronto do serviço, contando que inseriu dois cards no deck de Joey e pedindo o card raro prometido. Weevil lhe dá um card comum, o ameaça e vai embora, diferente do mangá, onde espirra um superinseticida nos olhos do garoto.

A Mariposa de Weevil é destruída, e Weevil invoca a Rainha Inseto. Joey usa Escudo de braço mágico para fazer Weevil atacar seu próprio monstro. Em seguida, Joey invoca Gearfried, o cavaleiro de ferro, que por ser feito deste material, é imune ao Suicídio Parasita. Com este, passa pela Barreira Contra-Inseto e ataca uma larva da rainha. Weevil usa um combo do monstro Soldado Ari com a magia Multiplicação de Formigas para aumentar o poder de sua Rainha absurdamente. Joey usa a armadilha Ladrão de Tumbas para reaver a magia de Weevil, Inseticida. Weevil chora ao ver seu card mais poderoso exterminado. Diferente do mangá, Serenity aparece.

Ishizu, Bakura, Téa, Tristan, Joey e Solomon aparecem, e Mokuba e Seto não.Marik ordena que o pantomimo duele contra Yugi. Diferente do mangá, ele o faz enquanto está indo de barco em direção a um porto próximo a Domino, e não na moto que pilota a partir do porto em direção a Yugi. Yugi avisa a seu alter ego que é preciso tomar cuidado, pois o pantomimo tem o card deus Slifer, o Dragão dos Céus, ao que seu alter ego responde que derrotará deus. Diferente do mangá, Marik não explica que controla as pessoas ao mexer na imaginação destas de conseguir ouvir “deus”: torna-se o deus para esta pessoa. Diferente do mangá também, Marik não conta que programou o pantomimo a matar Yugi quando este perdesse. No duelo, Marik usa um deck voltado exclusivamente a invocar Osíris o mais rapidamente possível.

Kaiba comunica-se através de sua maleta com a Corporação e recebe a informação que nenhum deus foi localizado, diferente do mangá, onde isto ocorre antes de Marik decidir ir para Domino. Marik pergunta como Yugi se sente trancafiado, e diz que a vida dele é toda assim: preso no destino dos guardiões de tumbas. Marik invoca Slifer, que paralisa Yugi de medo. Marik avisa que Slifer tem ataque infinito. Yugi vê que o poder de Slifer é mil vezes o número de cards na mão de quem o invoca, e deduz que o poder máximo é de 7000, mas Marik possui a magia Cards Infinitos, que remove o limite de cards da mão do jogador. O monstro Buster Blader de Yugi ganha 500 pontos de ataque por cada monstro no campo oponente. Yugi lamenta por não poder atacar Slifer naquela rodada, pois enquanto este possuía 3000 pontos de ataque, Buster Blader possuía 3100.

Seto diz para Yugi matar deus sem arrependimento, se este ficar em seu caminho. Mokuba e Seto assistem uma rodada, e Mokuba conclui que o poder de Slifer é infinito. Ouvindo isto, Seto descobre a fraqueza do deus, mas, diferente do mangá, não avisa Yugi de que nada é infinito: Yugi deduz simultaneamente sem motivo aparente. Ao deduzir, avisa Marik que o duelo acabará em uma rodada, e compra o card-chave de sua estratégia. Joga então a magia Monstro que Renasce, ressuscitando Buster Blader em modo de ataque. Isto ativa a magia permanente Card do Retorno Seguro, fazendo Marik comprar três cards, elvando o ataque de Slifer para 13000. Yugi ataca Slifer com Buster Blader, mas isto ativa a armadilha Defensor Geléia, e o ataque é transferido para a Geléia que Revive.

Yugi, buscando Joey pela cidade, tem o caminho obstruído por uma dupla de Ghouls, que o desafiam para um duelo. Yugi é obrigado a aceitar, pois se recusasse Joey seria imediatamente morto. Entretanto, tentam atrasar Yugi o máximo possível ao tentarem decidir quem desafiaria Yugi primeiro, ao jogar Jankenpon em que sempre empatavam. Seto chega e propõe um duelo em dupla, e logo a seguir alerta Yugi que não o está ajudando, está apenas eliminando Ghouls, já que este é o objetivo secundário de seu torneio. Diferente do mangá, o duelo em duplas leva mais de uma jogada. Seto derrota os dois oponentes simultaneamente ao jogar Obelisco. Marik continua trafegando de moto, mas usa capacete, enquanto no mangá não.

A disputa através das relíquias realizada por Bakura e Marik encerra-se, mas Bakura não corta o braço. Joey compra a magia Polimerização e a usa para fundir o Dragão Bebê e o Jacaré de Espada, originando o Dragão Jacaré de Espada. No mangá o faz para que seu guerreiro, que não pode nadar, possa voar sobre as águas e atacar Mako diretamente, mas no anime o faz sem motivo algum. Mako joga monstros no campo, mas Joey não consegue vê-los, pois o campo é de água. Percebe que Mako está usando novamente a tática que usou contra Yugi no Reino dos Duelistas: esconde os monstros na água e ataca de lá. Porém, não se preocupa, pois seu monstro voa. Mako usa a armadilha permanente Muralha do Tornado, anulando os danos causados pelo ataque.

Serenity liga para Joey para informá-lo que quer vê-lo duelas nas finais. Tristan, diferente do mangá, se oferece para buscá-la, e vai embora. Marik se apresenta para Joey, Téa e Solomon como Namu, ao trazer Bakura com o braço ferido, que, diferente do mangá, não tem sangue escorrendo e caindo pelo chão, apenas um pano avermelhado. Solomon pega um táxi para levá-lo ao hospital. Diferente do mangá, onde duas pessoas na rua batem em Namu por este querer impedi-los de pegar o disco de duelo de Bakura, que alegam ter sido roubado deles, e então Joey bate nele, Joey e Téa rapidamente se dizem amigos de Namu e vão passear juntos, mas são espancados pelos ghouls.

Téa e Mokuba ficam presos em um galpão. Yugi percebe que Lumis não joga nenhum monstro: sua função é apenas enfraquecer o inimigo com magias e armadilhas para que Umbra ataque. Tanto Yugi quanto Seto estavam prontos para sacrificar monstros, quando Lumis ativa a armadilha permanente Máscara da Restrição, impedindo o oferecimento de monstros como tributo por Yugi e Seto. Diferente do mangá, Umbra e Lumis usam microfones dentro das máscaras para conversarem entre si. Diferente do mangá, Seto usa o card inexistente Anel da Defesa, fazendo Umbra usar a magia Transferência de Magia, também inexistente. Yugi salva Seto do ataque do Abismo Reluzente que zeraria seus pontos de vida com o card Multiplicação, em que ele multiplica seus Kuribohs.

Kaiba diz a Yugi que descobriu o ponto principal dos duelos: quão bem se usa o parceiro para seus próprios fins. Como a Besta Mascarada tem mais pontos de ataque que o Dragão Branco de Olhos Azuis, Kaiba percebe que há o risco dele ser destruído e voltar ao cemitério. Yugi diz que Seto deve atacar, e este confia e o faz, destruindo a besta. Yugi explica que, ao enviar sua mão para o cemitério, Gilfer, o impiedoso foi junto, e sua habilidade especial ativada do cemitério o permite reduzir o ataque dos monstros em campo naquele momento. Umbra invoca um monstro inexistente, diferente do mangá, onde evoca Nuvia, a perversa. Ataca o Dragão com ela, e Lumis usa a magia Máscara da Fraqueza para fazer Nuvia mais forte. Yugi usa a armadilha Painel de Fenda Mística para colocar a máscara em Nuvia, e ela é destruída.

Lumis decide matar Yugi com a Fera Mascarada de Guardius, mas Seto o convence a atacar seu Dragão. Com isto, Yugi invoca Gama, o Guerreiro Ímã, e por ter os três guerreiros ímã em campo, os une para formar Valkyrion, o guerreiro ímã. Kaiba, sedento por vingança pela destruição de seu dragão, ordena que Yugi ataca, mas este sente que os inimigos não temem, e supõe que a Fera Mascarada tem algum poder oculto. Como Yugi se recusa a atacar enquanto Kaiba não se acalmar, este olha para sua mão, onde está Obelisco, e lamenta não poder invocá-lo tanto por não ter os sacrifícios necessários quanto pela Máscara da Restrição proibir sacrifícios. Percebe outro card, de magia, a Troca de Alma. Vê que é possível trazer seu deus ao campo, e percebe que o poder da união é muito maior que apenas Valkyrion.

Yugi conta a Seto o que sabe sobre Marik. O resto do episódio é um enorme flashback filler.

Odion, servo de Marik que não está sob efeito do Cetro do Milênio, avisa Marik que já coletou doze cards quebra-cabeça e vários cards raros. Entrega seis dos quebra-cabeças para Marik, fazendo ambos estarem classificados para a final. Tristan liga para Téa, mas diferente do mangá, onde ela atende mas não responde nada, entretanto permitindo que Tristan ouça os sons do cais, o celular quebrado de Téa caído na rua não atende a ligação, e Tristan fica sem saber onde ela está. Também diferente do mangá, Tristan e Serenity são cercados por ghouls, que querem usá-los de marionetes também. Diferente do mangá, Téa não fica controlada com uma cápsula de veneno na boca, que seria engolida caso qualquer coisa no duelo saísse do normal: ela fica com a mente livre, mas amarrada em uma cadeira sob um contêiner erguido por um guindaste.

Diferente do mangá, Tristan, Duke, e Serenity brigam com pessoas na rua, ao invés de irem diretamente encontrar Joey ao pegarem carona no Peugeot de Mai Valentine. Yugi troca de lugar com seu outro eu. Ao sacar o Dragão Negro de Olhos Vermelhos, usa o card de magia Troca, permitindo assim que Joey pegue o dragão para si, mas ele não o faz. Yugi sabe então que pode usar este card para trazer o orgulho de duelista de seu amigo de volta. Usando o Guerreiro Foguete, Joey arranca um braço, rasga a asa e diminui o ataque do Dragão, causando dores em seu próprio corpo. Neste momento, Yugi pendura no pescoço de Joey seu Enigma, pedindo que seu amigo o guarde quando ele mesmo morrer.

Joey não consegue lançar fora o enigma de Yugi, e age diferente das ordens de Marik, seguindo a honra de duelista instintivamente. Serenity, Tristan, Duke e Mai chegam no local do duelo, mas ficam parados.

Seto não aguenta mais não fazer nada para tentar salvar os outros, diferente do mangá, onde não aguenta mais ver seu irmão Mokuba com uma faca no pescoço. Joey saca o card Meteoro da Destruição, que certamente faria Yugi perder, diferente do mangá, onde Marik ordena que Joey fique parado esperando o fim do duelo, de forma que tanto ele quanto Yugi morram. Joey começa a se lembrar de todos os torneios que participou desde o Reino dos Duelistas, diferente do mangá, onde somente se lembra após Yugi citar isto. Diferente do mangá, onde Joey continua duelando por instinto, Marik ordena que Joey jogue o card Meteoro da Destruição, mas Joey se recusa. Isto faz Marik controlar inteiramente sua mente, mas, quando Joey vê que seu amigo corria perigo, destruiu a consciência de Marik que estava em sua mente. Seto lança um card na mão do Ghoul que estava com o controle do detonador da bomba que lançaria o contêiner em Téa.

(Filler) Bakura sai do hospital, pois em meio a seus pesadelos decidiu duelar. Encontra os subordinados de Bandit Keith que tiveram suas estrelas roubadas no Reino dos Duelistas, e duela com um deles. Ganha, classifica-se para as finais e condena a alma deles ao inferno.

(Filler) Mai para o carro, pois é necessário seguir a pé em um trecho próximo ao estádio onde ocorrerão as finais. Atravessam uma cidade em construção da Corporação Kaiba, quando repentinamente uma limousine sai de dentro de um, arrebentando a parede. Um ator de Hollywood desce, e afirma para Mai que cumprirá a promessa que lhe fez sobre o casamento. Mai lembra-se de ter duelado contra ele uma vez, e de ele ficar terrivelmente apaixonado por ela ao perder. Apesar do risco de perder o lugar nas finais, todos ficam assistindo o duelo de Mai. O ator perde o duelo, e neste momento descobre-se que um de seus monstros de holograma na verdade era um ator, que sequestra Mai ao jogá-la dentro de um saco de cordas e sair voando em sua pipa-a-jato. Joey salva Mai, e o grupo segue para o estádio novamente.

Todos reúnem-se no Estádio da Cidade Dominó, o local que os cards quebra-cabeça indicam como onde ocorrerão as finais. Lá, recebem um cartão de identificação. Marik conversa com Odion, e revela seus planos em relação ao Enigma do Milênio e a Yugi. Odion finge ser Marik, e Marik finge ser Namu. Bakura aparece, preocupando seus amigos, que achavam melhor ele voltar ao hospital. Todos embarcam, exceto a oitava duelista, Ishizu Ishtar, que entra apenas nos últimos segundos antes da decolagem. Seto obriga Yugi a acrescentar Slifer em seu deck. Todos descansam e preparam-se para os duelos que estão por vir.

O primeiro sorteio dos participantes ocorre, com os números alterados em relação ao mangá, e então Bakura e Yugi duelam. Yugi destrói facilmente três monstros de Bakura, levando-o quase à derrota. Bakura, entretanto, diz que esta era sua tática, pois é necessário ter no mínimo três monstros no cemitério para invocar a Necrófaga das Trevas, apesar de não explicar porquê eles necessariamente deveriam estar em modo de ataque, diferente do mangá, onde ele diz ser um requisito. Diferente do mangá, a boneca quebrada que a Necromante segura foi apagada. A Necromante é destruída com um combo da Feiticeira Negra com o card de magia Fórmula Mágica. Diferente do mangá, onde Bakura fala sobre o efeito especial da Necromante, relativo à boneca que foi apagada, Bakura diz que a morte da Necromante era requisito para que ele pudesse jogar o card de campo Domínio das Trevas.

Bakura joga dois cards de magia: Tabuleiro do Destino, um tabuleiro de Ouija, que uma vez por rodada acende uma letra de uma palavra que possui cinco, e que ao final deste período fará Yugi perder, e Portal das Trevas, que impede Yugi e atacar com mais de um monstro por rodada. Diferente do mangá, o Tabuleiro não é manejado pelo espírito da Necrófaga, mas por uma mão apenas, tirando a justificativa para a necrófaga ter sido destruída. O Espírito Malvado do Domínio das Trevas possui um monstro de Yugi por rodada, negando o ataque deste e causando prejuízo equivalente à metade dos pontos de ataque à vida de Yugi, e acrescentando este mesmo valor à vida de Bakura.

Bakura destroi a Necrófaga, fazendo voltar o Tabuleiro com as letras e os espíritos em campo. Yugi compra Slifer, e o invoca. Sendo imune aos espíritos, Bakura fica prestes a perder, pois não tem nenhuma outra defesa. Odion diz que seu Cetro do Milênio está controlando Bakura, e diz que provará ao libertar a mente deste. Marik, dentro de Bakura, conversa com o alter ego de Bakura e o convence a libertar o Bakura normal, pois assim Yugi não teria coragem de atacar e perderia. O alter ego de Bakura faz isto, mas volta atrás, pois precisa de seu recipiente, e não quis arriscá-lo ali. Bakura perde rindo e dizendo que apesar disto ele voltaria. Téa, por ordem de Marik, coleta o Anel do Milênio e o guarda secretamente, diferente do mangá, onde o coleta na frente de Yugi, prometendo ocultar de forma que Bakura não encontre.

(Filler) Diferente do mangá, Shadi aparece, salvando Tristan e Duke Devlin que estavam caindo do dirigível, e contando a Yugi como a equipe de produção dos cards de deuses egípcios de Pegasus foi morta pela fúria dos deuses.

Os sorteados para o próximo duelo são Joey e Marik, que na verdade é Odion disfarçado. Diferente do mangá, este aparece com uma réplica do Cetro do Milênio. Marik de início joga o card de campo Templo Real, e coloca cards virados para baixo. Joey invoca monstros mas não ataca, por pensar que fossem armadilhas. Decide invocar monstros o bastante, usar a magia Gigante Trunade para eliminar todas as armadilhas do oponente e então atacar, vencendo. Marik continua jogando cards virados para baixo, sem invocar monstros. Quando Joey decide atacar, usa a magia. Entretanto, as armadilhas de Marik eram para magia, não para monstros, pois o fato de Joey não jogar nenhum card virado para baixo denunciava sua intenção de usar algo como Gigante Trunade. Marik ativa então Julgamento de Anúbis, que anula a magia de Joey, destrói seus monstros e lhe inflige um dano igual a metade dos pontos de ataque somados

Marik ataca com os três monstros Personificação de Apophis, e Joey ativa Bode Expiatório para se defender. Entretanto, esta magia é destruída com o Desfeitiço. Joey, sem monstros e com poucos pontos de vida, joga dois cards virados para baixo. Quando Marik ataca, Joey ativa a magia Enterro Insensato, que manda um monstro de seu deck para o cemitério de Marik. Em seguida, ativa Ladrão das Tumbas. Desta forma, invoca Jinzo, que destrói os monstros de Marik com seu efeito destruidor de armadilhas. Joey invoca monstros, mas fica impedido de atacar por causa das Espadas da Luz Reveladora. Odion descobre que Marik colocou Rá em seu deck, e põe o card na arca do templo do campo. Revela os cards de ritual em campo: Lacre de Selket e Taça da Alma Selada, que juntamente com o Templo Real e um card dentro da arca invocam Selket, a Deusa Escorpião.

Joey tem todos os seus monstros absorvidos por Selket, um por turno. Sem conseguir comprar mais cards úteis, fica indefeso. Odion ataca com Selket, mas para o ataque por ordem de Marik. Isto pois todos começaram a desconfiar que Odion não era Marik, devido à intuição de Joey e Yugi. Para que ninguém duvidasse, Marik ordenou que o ataque fosse parado, e Joey derrotado pelo Dragão Alado de Rá. Odion lembra-se de sua história com a família Ishtar até o momento do ritual. Diferente do mangá, toda a violência é cortada, e a história é um pouco mudada.

Odion retira o Dragão Alado de Rá da arca e ordena um ataque direto aos pontos de vida de Joey. Entretanto, Rá enfurece-se e não o obedece. Em seguida, raios começam a cair do céu, e acertam os dois oponentes. Como ambos ficaram inconscientes, foi determinado que o primeiro a se levantar em até 5 minutos seria o vencedor. Joey, com o apoio dos amigos, se levanta. Odion começa a se levantar, mas cai, sentido-se fracassado, indigno de controlar Rá e de integrar os Guardiões da Tumba. Sem Odion para ajudar Marik, o lado maligno deste último desperta.

Mai pergunta se estava no sonho que Joey teve de seus amigos o ajudando, após ser atingido por um raio. Joey nega. Mais lembra-se de quando duelava sozinha e de como isto era seu orgulho. Decide então que não precisa de Joey e seus amigos. Marik fica ao lado da cama de Odion com o cetro erguido no ar, prometendo enviá-lo para o Domínio das Trevas, diferente do mangá, onde corta um médico na sala e aponta a lâmina da base do cetro para o pescoço de Odion. Como vê o sorteio na tela, decide deixar para depois. Mai é sorteada para duelar contra Marik. Este transforma o duelo em um jogo das trevas.

O duelo de Mai contra Marik prossegue. Mai lembra-se de sua vida solitária, e esquece Joey. Yugi invade a mente dela e conta para ela que o mundo de ilusão onde ela está é que não a permite ver que seus amigos a estão apoiando, e que basta vencer para tudo voltar ao que era antes.

Marik vence o duelo contra Mai

Kaiba duela contra Ichizu.

Kaiba duela contra Ichizu invocando primeiramente o Obelisco Atormentador e quando está para atacar a varinha do milênio reage lhe induzindo a não atacar (Ichizu havia colocado uma armadilha dentro do Obelisco que se atacasse, Kaiba iria perder), sacrificando depois o Obelisco e outro mostro para invocar o Dragão Branco de Olhos Azuis e o uso para derrotar Ichizu.

A maldade de Marik se intensifica, e Ishizu revela os segredos de sua linhagem.

Bakura enfrenta Marik em um duelo. Quem vencer terá o controle da Vara e do Anel do Milênio, e quem perder passará a eternidade preso no Reino das Sombras.

Bakura e o Marik do bem evocam o Dragão Alado de Rá para banir o Marik do mal, mas a criatura tem habilidades especiais que apenas o Marik do mal sabe utilizar.