第一代麻宮紗紀在與麗巳的最後一戰中生死不明。 其後，日本荒廢的高中激增，事件背後隱密著一個黑暗組織。 為與之對抗，暗闇指令正在尋找能夠匹敵紗紀的人選當新的女番長刑事，派人襲擊日本各地的女番長以試探其實力，然而遇襲的人只有挨揍的份。 暗闇指令的部下西脇推薦一人：在土佐（位於日本四國的鄉下地方）長大的、自幼臉上戴著鐵假面的少女——五代陽子。 陽子被帶到東京，暗闇指令一眼就看中了陽子，但陽子無意合作。 西脇丟出溜溜球打開了陽子的鐵假面，陽子自記事以來第一次被風吹拂臉蛋。

陽子冷不防中了麻醉槍。 醒來時被關在地下鐵牢，坐在牢外的西脇看著陽子，說：「你的眼睛和你父親的一樣。和殺害你父親、造成你戴著鐵假面長大的黑暗組織 對決的日子到了。 陽子在牢裡一邊玩溜溜球消磨時光，一邊尋思：西脇好像認識自己小時候死去的父親、當女番長刑事或許可以解開父親死亡之迷和自己的命運。 執意要讓陽子當女番長刑事的暗闇指令和陽子約定：如果陽子能打倒10個代理人的話，就還陽子以自由。 陽子運用擅長的遊擊戰術出色地搞定10人。 暗闇指令卻爽約，出動武裝部隊將陽子團團圍住。 西脇眼看這一幕，將之前把鐵假面打開的溜溜球交給陽子。 陽子揮舞溜溜球衝出重圍。 失去陽子的行踪，暗闇指令惱火西脇多事。 這時，陽子自己找上門。 為了解開鐵假面之迷－自己的被隱密的過去，五代陽子襲名“麻宮紗紀”，成為第二代女番長刑事！

桐葉學園，功夫俱樂部「紅龍會」支配著那裡所有運動部、鎮壓反抗自己的學生。 紗紀受命轉學而來。 轉學當天就被帶到紅龍會部長火鳥禮面前，火鳥禮子對不服的紗紀動私刑，不能暴露身分、隱密實力的紗紀受傷。 受傷的紗紀和原籃球部成員藤谷百合交上朋友。 百合的哥哥、籃球部主將和紅龍會對抗到底而傷殘，百合想為哥哥報仇，只恨有心無力。 紗紀將自己為擊潰紅龍會而來的事告訴百合。 百合領紗紀去找同校的武術高手矢島雪乃當幫手。 雪乃為學生當初輕易地屈服於紅龍會而生氣，不肯幫忙，冷淡接待兩人。 雪乃道：「我對那所學校已經沒有愛了。」紗紀反問：「那你為什麼還不離開學校呢？」雪乃無言以對。 歸途上，百合被紅龍會綁去，和哥哥一樣被施以私刑。 紗紀抱起受傷的百合，向火鳥禮宣戰。 尾隨的雪乃被紗紀「即使只來了一天，也對學校有愛校心。」的話感動，決心幫助紗紀。 二人前往學校對付紅龍會，輕描淡寫擺平嘍囉，紗紀和火鳥禮子對決。 紗紀好不容易破了火鳥的“闇之舞”，僅差一步還是讓火鳥給逃走了。

紗紀轉學梁山高校，被分到2年B組，班主任是偽裝成廢柴老師的西脇。 同班的中村京子、綽號「劍玉的阿京」是這所學校的女番長。 紗紀轉學當日，京子不友善地從背後向紗紀丟蘋果砸人，紗紀不轉身就單手接住蘋果，使勁將蘋果捏爛，京子驚得目瞪口呆。 另一個同班同學、新聞部的三原同時向紗紀、京子寄出偽造成來自對方的假挑戰書，意欲讓二人兩敗俱傷將礙眼的女番長趕出學校。 京子由於誤會紗紀是冒牌的「麻宮紗紀」——傳說中的女番長、鷹羽學園的麻宮紗紀（初代女番長刑事）出名啊^^，——決定去揭穿「冒牌貨 」。 紗紀無奈和京子交手。 京子徹底敗給武藝顯然更勝一籌的紗紀，問紗紀為何無心和自己打。 紗紀：「我有點喜歡你。」（英譯「I LIKE YOU」^^） 不打不相識的二人在戰鬥中萌生友情。 被這一幕感動的三原現身坦白。 京子逞嘴：「（雖然你打敗了我，但是）番長還是我來當哦。」還沒說完，兩人之間不知從哪裡冒出來某人，原來是仰慕紗紀、轉學而來 的雪乃。 晚上，紗紀開摩托車回到家，在黑暗中等待的是西脇。 “有指令給你！”

青葉台學園的不良組合「野獸組」因為黑暗組織的干預、提早從少年院被釋放，並意圖再次君臨校園。 紗紀接到的指令是對付野獸組。 野獸組將在今天中午12時返回學校。 轉學來到的紗紀號召眾人團結起來對抗野獸組，膽怯的學生沒人敢響應，更有野獸組的走狗用炸藥使紗紀的腳負傷。 「戰鬥是我唯一的道路，是我命中定數，和你們選擇的路不一樣，我不會怪任何人，你們走吧。」 只得孤軍作戰的紗紀拖著傷在學校裡設置對付野獸組的 機關。 中午12時，戰鬥的鐘聲響起。 紗紀用遊擊戰術逐一打擊野獸組，紗紀在戰鬥中負傷，被最後剩下的一人追殺。 這時，原本逃離學校的學生們都返回挺身而出，京子和雪乃也出現，收拾殘局。

神秘組織「青狼會」的影子總統想出了一個「遊戲」：集中一群精英到麾下的私塾，再將他們「賣」給想出名的學校，價錢一人1千萬以上！ 私塾校長田村為「精英分派會議」做準備，開始招收精英學生。 紗紀從西脇接到入學精英私塾的指令。 然而入學考試難度很高，學習不行的紗紀感到為難。 梁山大學唯一進入了精英私塾的學生小瞧紗紀，紗紀氣不過，熬夜惡補，總算勉強通過。 私塾背後肯定存在著操縱功夫學園的火鳥、野獸組的組織。 紗紀發現「精英分派會議」的存在，和京子、雪乃一同闖入會場。 面對田村、同時在京子、雪乃面前，紗紀亮出「女番長刑事」的身份。 紗紀破解對方的必殺技、用溜溜球的線軸捆住了田村。 但是，京子和雪乃因為自己所信賴的紗紀一直隱瞞身份，而誤會紗紀是為權力賣命的走狗。 紗紀對兩人一言不發離去。

紗紀的女番長刑事身分被京子、雪乃知道，不但不向兩人解釋，反而擺出高傲的態度故意疏遠之。 這時，青狼會派出的刺客來攻擊紗紀。 戴太陽眼鏡的大塊頭刺客，他是由青狼會幹部美智雄手術改造而成、派往試探近來的話題人物麻宮紗紀、的殺人機器「Hayato」。 紗紀無論如何攻擊都對他無效，被追殺到一間荒廢的小屋。 擔心紗紀安危、跟隨而來的京子、雪乃現身助戰，並在西脇的幫助下，紗紀等人暫時逃離危險。 京子、雪乃提出要幫助紗紀，感動的紗紀對她們說出自己被戴上鐵假面長大的過去：父親死去的逃亡之夜、被戴上鐵假面不能以真面目示人、因鐵假 面的緣故沒人願和自己親近、最後母親也去世、剩下自己孤單一人、……京子、雪乃聽著，眼淚不禁奪眶而出。 Hayato襲擊紗紀的房車（指紗紀的家），紗紀危機之時，京子、雪乃趕到，合力使出「女番長三重踢」打敗Hayato。 紗紀終於得到兩個真正的同伴。 影子總統對這次行動評價：「得到朋友的幫助而倖存也是實力的一部分。」手中卻不知為何握著和紗紀所擁有的一模一樣的項鍊。

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