Depuis trois ans, Batman a disparu de Gotham City et pour combattre la criminalité, le maire Michael Akins a chargé Jacob Kane et sa firme Crows Security, d'assurer la protection des citoyens.

Kate continue d'enfiler le costume de Batman pour affronter le Gang du pays des Merveilles, persuadée qu'elle peut prouver que leur chef, Alice, est sa sœur jumelle Beth, mais elle est la seule à y croire et Joseph Kane pense à une simple revanche personnelle.

Kate confronte Alice : si elle veut récupérer Dodgson en vie, elle doit prouver son humanité et ne tuer personne durant les prochaines 24 heures.

Une voleuse du nom de Magpie vole les musées de Gotham, et finit par voler le collier de Martha Wayne. Batwoman tente de l'arrêter, mais en lançant un de ses Batarang elle cause plus de dégâts qu'elle n'en arrête, remettant en question son statut de nouvelle protectrice de Gotham par Vesper Fairchild.

Les caméras de Wayne Enterprises surprennent Alice en train de voler des morceaux de peaux sur des cadavres, mais Kate ne croit pas qu'elle soit la véritable personne qui sévit depuis des mois.

Un procureur respecté de Gotham City est brutalement assassiné et le GCPD active le Bat-signal pour la première fois depuis longtemps. Alors que la brigade des Crows trouve rapidement un suspect parmi les délinquants condamnés par le procureur, Kate et Luke décident de pousser l'enquête plus loin.

Un tireur d'élite vise les scientifiques qui ont mis au point le fusil perforateur conçu pour la tenue de Batman. En essayant d'arrêter le tueur, Kate retrouve Julia Pennyworth, la fille d'Alfred devenue journaliste, qui démasque vite Batwoman comme son ancienne petite amie. Sophie a également compris que Kate a enfilé le costume et pense, par loyauté, à le révéler à Jacob Kane.

Kate essaie encore de sauver Alice, persuadée de pouvoir ramener Beth après que cette dernière a saboté l'arme anti-Batman. Cependant, elle réalise trop tard que Mouse se fait passer pour son père depuis plusieurs jours et qu'Alice a encore des plans pour se venger de Catherine.

Kate reprend sa vie après la Crise, décidée à arrêter Alice après la mort de Catherine et l'arrestation de son père. Mary se consacre entièrement à trouver des spécialistes capable de prouver devant la justice que Mouse a pu se confectionner un masque et innocenter Jacob. Batwoman doit gérer son image publique en plus d'arrêter un rançonneur qui menace tout Gotham.

Kate est horrifiée en retrouvant Beth dans son bureau alors qu'Alice est détenue par Sophie dans les locaux des Crows. Elle finit par comprendre que cette Beth vient d'une autre terre disparue lors de la Crise, qui a survécu à l'accident de voiture grâce à Kate. Elle retrouve à peine la sœur qu'elle rêvait d'avoir que Mouse enlève deux jeunes héritiers de Gotham et le GCPD refuse d'allumer le Bat-signal depuis que Batwoman a fait son coming-out public.

Jacob Kane est toujours détenu à Blackgate et Sophie, commandante en charge, lance la chasse contre Alice avec l'ordre de tuer. Alice apprend pour l'existence de sa double, Beth, qui pense que Terre-Prime ne peut supporter d'avoir deux versions de la personne. Kate cherche un moyen de les sauver mais elle va se retrouver à devoir choisir quelle version de sa sœur sauver.

Kate accuse la mort de Beth et la disparition d'Alice, qui se cache des Crows. Une nouvelle criminelle fait son apparition à Gotham, surnommée Nocturna, un vampire qui choisit ses victimes parmi les enfants riches de la haute bourgeoisie de la ville. Jacob Kane, libéré et de retour à la tête des Crows, lance toutes ses forces contre sa nouvelle ennemie, Batwoman. Quand il découvre que Sophie aide Batwoman, il la suspend.

Duela Dent, une jeune femme obsédée par la beauté qui a fini par mutiler son visage, s'en prend à des influenceuses de Gotham City. Batwoman et Luke découvrent que toutes les victimes ont subi des opérations plastiques par le Dr Campbell. Sophie et Batwoman se sont embrassées, puis ont un "premier rencard", mais Sophie reçoit la visite surprise de sa mère qui a toujours désapprouvé les aventures féminines de sa fille.

Batwoman trouve Cartwright ligoté au pied du Bat-signal. Elle alerte Jacob qui veut interroger le tortionnaire de sa fille personnellement. Alice trouve Mouse, extrêmement confus sous l'effet du gaz de l’Épouvantail, et il lui enfile le masque à son tour. Alice revit alors les traumatismes qu'elle a subis de la seule personne qui lui fait peur et qu'elle déteste encore plus que Cartwright : Mabel Cartwright, sa Reine de Cœur.

Après avoir tué August Cartwright pour ce qu'il a fait à Beth, sa sœur Alice ainsi qu'au corps de sa mère Gabi, Kate ne sait plus où elle en est et commence à perdre pied. Alice lui demande son aide pour une mission spéciale : faire évader Mouse de l'asile d'Arkham pour être réuni avec lui, cachant le fait qu'un vieil ennemi a tué tous ses hommes de main.

Un officier de police se réveille dans sa voiture de service avec une bombe attachée autour de la poitrine. Un enregistrement audio scotché à sa main droite lui propose d'échanger sa vie contre celle d'une dizaine d'innocents. Plus tard, Sophie Moore et Julia Pennyworth tentent d'établir le lien entre cette affaire et les meurtres d'Alia Nazari et Reggie Harris,alors que Kate refuse de renfiler le costume après avoir causé une nouvelle mort.

Kate et Alice cherchent à mettre la main sur le carnet de Lucius Fox, pour lequel Tommy Elliot l'a tué. Le carnet est entre les mains de Johnny Sabatino, mais en voulant le récupérer, Batwoman et Julia Pennyworth sont capturées. La seule personne que Luke peut envoyer sur place est Mary. Dans l'asile d'Arkham, Alice a pris le contrôle et propose à Tommy de lui offrir une porte de sortie en changeant de visage.

Pour décrypter le carnet de Lucius Fox, Alice envoie Thomas Elliot capturer des cryptanalystes dans la ville. Masqué derrière ses bandages, il devient comme Silence, mais le seul capable de casser le code est Luke Fox. Kate découvre que Magpie a dérobé le carnet pour Alice, et peu de temps après, Luke disparait après une dispute.

Batwoman et les Crows sont dépassés par les tueurs libérés par Alice, dont Tim Teslow, ancien footballeur devenu tueur brutal insensible à la douleur. Alors que le commandant Kane a lancé ses forces contre la justicière, celle-ci demande une trêve. Alice recherche un éclat de kryptonite, qui pourrait lui permettre de percer le Bat-costume, mais son obsession l'éloigne de Mouse qui ne rêve que de quitter Gotham