Tre anni dopo la scomparsa del vigilante Batman con sede a Gotham City, Jacob Kane e la sua compagnia di sicurezza privata, i Corvi, presiedono un gala per disattivare il Batsegnale. Al culmine dei festeggiamenti, Alice e la banda delle meraviglie rapiscono l'agente Sophie Moore, spingendo la figliastra di Kane, Mary, a chiamare la figlia biologica Kate. Di ritorno dall'estero, Kate scopre che Alice sta prendendo di mira suo padre e si mette alla ricerca di suo cugino, il miliardario Bruce Wayne.

I crescenti sospetti di Kate secondo cui Alice è Beth guidano un cuneo tra lei e Jacob, che crede fermamente che Beth sia morta sulla base delle prove. Mentre cerca di ottenere il coltello preferito di Alice che ha rubato per il test del DNA, viene attaccata da un gruppo di teppisti che riescono a rubarlo. Deducendo uno degli uomini feriti di Alice usava la clinica segreta di Mary, Kate lo libera per dare un messaggio ad Alice.

L'ex amico d'infanzia di Bruce, Thomas Elliot, lascia a Kate un invito a un gala che celebra l'acquisto dell'edificio che si affaccia sulla Wayne Tower. Più o meno nello stesso periodo, una pistola cannone a rotaia progettata per penetrare nel costume di Batman viene rubata da una struttura della Wayne Enterprises. Kate afferma correttamente che Elliot è il ladro, avendo appreso la vera identità di Bruce. Intende uccidere Batman per aver salvato sua madre anni prima, ritardando così la sua eredità.

La relazione di Kate con Reagan complica i suoi sforzi per catturare Magpie, un maestro ladro di gioielli che ruba la collana di perle di Martha Wayne e mette in discussione il suo nuovo status di protettrice di Gotham. Quando Dodgson prende un'infezione mentre è in prigione, Batwoman lo lascia con Mary per curarlo. Alice visita Catherine vicino alla tomba di "Beth" e le chiede di girare un'arma sperimentale; minacciando di dire a Jacob la verità su Beth.

Alice è legata a una serie di furti di pelle a Gotham, quindi Kate la cattura e le dà la possibilità di spiegarsi, lasciando anche Jacob e Sophie una pista da seguire. Le sorelle si recano nella zona rurale dove Beth è stata vista l'ultima volta. Una serie di flashback mostra che Beth viene salvata dall'annegamento e successivamente tenuta prigioniera da un uomo che vuole che sia una compagna del figlio sfigurato, Jonathan Cartwright, che si rivela essere il topo.

Un vigilante che si definisce "boia" inizia a prendere di mira le forze dell'ordine e gli ufficiali giudiziari che ritiene corrotti. Alice ha Mouse impersonare uno dei ricercatori di Catherine per rubare l'arma che ha rifiutato di girare. Quando scopre che aveva intenzione di uccidere Batwoman, affronta Alice per proteggere sua sorella, che considera un tradimento. Sophie deduce l'identità di Batwoman, ma viene ferito dal boia durante il suo ultimo colpo; costringendo Kate a lasciarla con Mary.

Kate incontra la sua vecchia amica, Julia Pennyworth, mentre si trova sulle tracce di un assassino professionista chiamato "The Rifle". Sophie minaccia di dire a suo padre chi è Kate a meno che non cessi il suo controllo. Il fucile incontra Alice e consegna una misteriosa fiala. Kate invita Sophie in un ristorante locale dove il loro spettacolo di affetto sconvolge il proprietario omofobo.

Alice ha rapito Jacob mentre Mouse sequestra Sophie e Tyler mentre il suo piano si svolge. Su ordine di Alice, i membri mascherati di Gang Wonderland sostituiscono i dettagli di sicurezza assegnati a proteggere la sfera umanitaria di Gotham, dove Catherine deve essere premiata; ma Alice riscrive il suo discorso, facendola confessare a numerosi crimini prima di crollare.

Per aiutarli, Harbinger recluta Mick Rory di Earth-74 e il suo Waverider. Sulla scia della morte di Oliver Queen, il Monitor consulta il Libro del Destino e viene a sapere di sette campioni. Ne sono già stati trovati due, Sara Lance e Kara Danvers, ma per trovarne altri due, Clark Kent, Lois Lane e Iris West-Allen devono individuare un Superman mentre Kate e Kara trovano un Batman.

Dopo la morte di Caterina e l'arresto di Jacob, Maria va in cerca di un esperto che possa testimoniare in difesa di Jacob.

Nel presente, Kate cerca di chiarire le cose con la seconda Beth, che e' stata sfollata dalla sua terra in seguito alla crisi.

Sophie e Jacob presentano una petizione per la sua testimonianza al dottor Campbell, che accetta di esaminare Mouse.

Nei flashback, Duela Dent fa fatica a far apparire il suo volto "normale", cosi' rompe uno specchio e ne usa i frammenti per tagliarsi il viso.

Nei flashback, Gabi Kane ha regalato alle sue figlie collane abbinate ai suoi orecchini.

Jacob seppellisce il corpo di August e lascia andare Beth con riluttanza.

Batwoman affronta una nuova sfida quando un vecchio cattivo riemerge, mettendo alla prova l'eroicità dei cittadini più importanti di Gotham. I limiti di Alicia sono messi alla prova.

Batwoman arruola Luke e Julia per una missione sotto copertura per recuperare uno degli oggetti più importanti dall'arsenale di sua cugina. Mentre Alice continua a sviluppare i suoi subdoli piani all'interno delle mura di Arkham, riceve una visita inaspettata da Jacob Kane che ha bisogno del suo aiuto. Nel frattempo, Mary cerca di mettersi alla prova con Kate. Mentre Sophie si avvicina a un collega, Kate si riunisce con una vecchia fiamma.

Quando i membri dell'intellighenzia di Gotham iniziano a scomparire, il comandante Kane ei corvi vanno alla ricerca della nuova minaccia omicida per la città; Kate inizia a mettere in dubbio la lealtà di tutti intorno a lei proprio quando ne ha più bisogno.

Quando uno degli ex eroi di Gotham torna nel suo vecchio ambiente per la resa dei conti, Batwoman e il comandante Kane finiscono sulla difensiva.