Depuis trois ans, Batman a disparu de Gotham City et pour combattre la criminalité, le maire Michael Akins a chargé Jacob Kane et sa firme Crows Security, d'assurer la protection des citoyens.

Kate continue d'enfiler le costume de Batman pour affronter le Gang du pays des Merveilles, persuadée qu'elle peut prouver que leur chef, Alice, est sa sœur jumelle Beth, mais elle est la seule à y croire et Joseph Kane pense à une simple revanche personnelle.

Kate confronte Alice : si elle veut récupérer Dodgson en vie, elle doit prouver son humanité et ne tuer personne durant les prochaines 24 heures.

Une voleuse du nom de Magpie vole les musées de Gotham, et finit par voler le collier de Martha Wayne. Batwoman tente de l'arrêter, mais en lançant un de ses Batarang elle cause plus de dégâts qu'elle n'en arrête, remettant en question son statut de nouvelle protectrice de Gotham par Vesper Fairchild.

Les caméras de Wayne Enterprises surprennent Alice en train de voler des morceaux de peaux sur des cadavres, mais Kate ne croit pas qu'elle soit la véritable personne qui sévit depuis des mois.

Un procureur respecté de Gotham City est brutalement assassiné et le GCPD active le Bat-signal pour la première fois depuis longtemps. Alors que la brigade des Crows trouve rapidement un suspect parmi les délinquants condamnés par le procureur, Kate et Luke décident de pousser l'enquête plus loin.

Un tireur d'élite vise les scientifiques qui ont mis au point le fusil perforateur conçu pour la tenue de Batman. En essayant d'arrêter le tueur, Kate retrouve Julia Pennyworth, la fille d'Alfred devenue journaliste, qui démasque vite Batwoman comme son ancienne petite amie. Sophie a également compris que Kate a enfilé le costume et pense, par loyauté, à le révéler à Jacob Kane.

Kate essaie encore de sauver Alice, persuadée de pouvoir ramener Beth après que cette dernière a saboté l'arme anti-Batman. Cependant, elle réalise trop tard que Mouse se fait passer pour son père depuis plusieurs jours et qu'Alice a encore des plans pour se venger de Catherine.

La mort d'Oliver Queen sur Terre-38 a provoqué un profond changement dans les visions du Monitor quant au futur de la crise. Les héros sont abattus mais ils ont encore une mission : trouver les Sept Paragons, des héros symboles de pouvoir qui mèneront le combat contre l'Anti-Monitor

Kate reprend sa vie après la Crise, décidée à arrêter Alice après la mort de Catherine et l'arrestation de son père. Mary se consacre entièrement à trouver des spécialistes capable de prouver devant la justice que Mouse a pu se confectionner un masque et innocenter Jacob. Batwoman doit gérer son image publique en plus d'arrêter un rançonneur qui menace tout Gotham.

Kate est horrifiée en retrouvant Beth dans son bureau alors qu'Alice est détenue par Sophie dans les locaux des Crows. Elle finit par comprendre que cette Beth vient d'une autre terre disparue lors de la Crise, qui a survécu à l'accident de voiture grâce à Kate. Elle retrouve à peine la sœur qu'elle rêvait d'avoir que Mouse enlève deux jeunes héritiers de Gotham et le GCPD refuse d'allumer le Bat-signal depuis que Batwoman a fait son coming-out public.

Jacob Kane est toujours détenu à Blackgate et Sophie, commandante en charge, lance la chasse contre Alice avec l'ordre de tuer. Alice apprend pour l'existence de sa double, Beth, qui pense que Terre-Prime ne peut supporter d'avoir deux versions de la personne. Kate cherche un moyen de les sauver mais elle va se retrouver à devoir choisir quelle version de sa sœur sauver.

Kate accuse la mort de Beth et la disparition d'Alice, qui se cache des Crows. Une nouvelle criminelle fait son apparition à Gotham, surnommée Nocturna, un vampire qui choisit ses victimes parmi les enfants riches de la haute bourgeoisie de la ville. Jacob Kane, libéré et de retour à la tête des Crows, lance toutes ses forces contre sa nouvelle ennemie, Batwoman. Quand il découvre que Sophie aide Batwoman, il la suspend.

Duela Dent, une jeune femme obsédée par la beauté qui a fini par mutiler son visage, s'en prend à des influenceuses de Gotham City. Batwoman et Luke découvrent que toutes les victimes ont subi des opérations plastiques par le Dr Campbell. Sophie et Batwoman se sont embrassées, puis ont un "premier rencard", mais Sophie reçoit la visite surprise de sa mère qui a toujours désapprouvé les aventures féminines de sa fille.

Batwoman trouve Cartwright ligoté au pied du Bat-signal. Elle alerte Jacob qui veut interroger le tortionnaire de sa fille personnellement. Alice trouve Mouse, extrêmement confus sous l'effet du gaz de l’Épouvantail, et il lui enfile le masque à son tour. Alice revit alors les traumatismes qu'elle a subis de la seule personne qui lui fait peur et qu'elle déteste encore plus que Cartwright : Mabel Cartwright, sa Reine de Cœur.

Après avoir tué August Cartwright pour ce qu'il a fait à Beth, sa sœur Alice ainsi qu'au corps de sa mère Gabi, Kate ne sait plus où elle en est et commence à perdre pied. Alice lui demande son aide pour une mission spéciale : faire évader Mouse de l'asile d'Arkham pour être réuni avec lui, cachant le fait qu'un vieil ennemi a tué tous ses hommes de main.

Un officier de police se réveille dans sa voiture de service avec une bombe attachée autour de la poitrine. Un enregistrement audio scotché à sa main droite lui propose d'échanger sa vie contre celle d'une dizaine d'innocents. Plus tard, Sophie Moore et Julia Pennyworth tentent d'établir le lien entre cette affaire et les meurtres d'Alia Nazari et Reggie Harris,alors que Kate refuse de renfiler le costume après avoir causé une nouvelle mort.

Kate et Alice cherchent à mettre la main sur le carnet de Lucius Fox, pour lequel Tommy Elliot l'a tué. Le carnet est entre les mains de Johnny Sabatino, mais en voulant le récupérer, Batwoman et Julia Pennyworth sont capturées. La seule personne que Luke peut envoyer sur place est Mary. Dans l'asile d'Arkham, Alice a pris le contrôle et propose à Tommy de lui offrir une porte de sortie en changeant de visage.

Pour décrypter le carnet de Lucius Fox, Alice envoie Thomas Elliot capturer des cryptanalystes dans la ville. Masqué derrière ses bandages, il devient comme Silence, mais le seul capable de casser le code est Luke Fox. Kate découvre que Magpie a dérobé le carnet pour Alice, et peu de temps après, Luke disparait après une dispute.

Batwoman et les Crows sont dépassés par les tueurs libérés par Alice, dont Tim Teslow, ancien footballeur devenu tueur brutal insensible à la douleur. Alors que le commandant Kane a lancé ses forces contre la justicière, celle-ci demande une trêve. Alice recherche un éclat de kryptonite, qui pourrait lui permettre de percer le Bat-costume, mais son obsession l'éloigne de Mouse qui ne rêve que de quitter Gotham

Alors que Kate rentre de National City, son avion explose en plein vol au-dessus de Gotham. Ryan Wilder, une ex-détenue sans abri se trouve à côté de la zone où les débris atterrissent et décide d'aller voir s'il y a des survivants.

Après sa rotation rapide dans le Batgear, Ryan Wilder est de retour pour faire face aux défis quotidiens de la vie comme elle-même. Pendant ce temps, Alice a un nouveau plan sournois pour attirer l'attention de Gotham et de Safiyah.

Un tueur à gage sévit à Gotham : il s’est introduit dans le centre de recherches de Hamilton Dynamics et a volé une mystérieuse liste de noms. Ryan, Luke et Mary tentent de découvrir qui sont les gens présents sur cette liste, et qui a engagé le tueur à gage.

Jacob fait une conférence de presse et propose une récompense d’un million de dollars pour celui ou celle qui lui donnera des informations concernant Kate. Luke décide d’aller voir Sophie pour lui proposer de l’aider à retrouver Kate.

Jacob est à la recherche du tableau de Jack Napier, ce qui le mène au Collectif, un groupe d’amateurs d’art illégal. Avec l’aide de Batwoman, il découvre que la toile cache en réalité une carte menant à Coryana, ce qui lui permettrait de retrouver Kate.

Des médecins font des expériences pour essayer de répliquer le sérum miracle tiré de la Rose du Désert. Ils se sont rendu compte qu’après les attaques des chauves-souris à la Gotham Plaza, de nombreux patients traités avec l’antidote de Hamilton avaient révélés quelques soucis.

Ryan est au plus mal à cause de la kryptonite. Sentant ses dernières heures arriver, elle décide d’aller voir Angélique pour l’interroger sur Océan. Elle espère que ce dernier la mènera à Alice, qu’elle veut trouver pour pouvoir se venger d’elle.

Ryan est de plus en plus mal et il ne lui reste plus beaucoup de temps à vivre. Luke donne le tracé GPS d’Alice à Sophie et elle et Jacob décident de partir pour Coryana. Ils se font enlever par les sbires de Safiyah.

Pendant que tout le monde fait ses adieux à Kate, le commissaire Forbes prend position contre la Snakebite, ce qui lui vaut d'être abattu le soir-même par des membres des Faux-Visages.

Batwoman fait tout pour combattre la Société des Faux-visages et la propagation de la Snakebite dans les rues de Gotham. Jacob se fait attaquer dans sa voiture et un Faux-Visage lui injecte une dose de Snakebite dans le bras.

Les Faux Visages recherchent des pilotes pour commettre des braquages et s'enfuir en voiture. Afin d'essayer de retrouver Angélique, Sophie s'infiltre parmi les conducteurs mais Batwoman l'arrête, ignorant que c'était elle, ce qui oblige Ryan à prendre sa place.

Black Mask, alias Roman Sionis, est bien décidé à faire revivre sa fille à sa manière. Il a chargé Evelyn Rhyme d'implanter ses souvenirs et sa personnalité dans le corps de Kate, dont le visage et la voix ont été mutilés par l'enlèvement et les tortures qu'elle a subies.

Arthur Brown, le Maître des Indices, s'échappe du pénitencier de Blackgate, cinq ans après que Sophie l'y a envoyé. Afin de se venger, il organise une nouvelle énigme qu'elle doit résoudre avec l'aide de Mary et Ryan dans le but de sauver une personne qu'il a empoisonnée : Stephanie Brown, sa propre fille.

Alice s'est rendu compte que Circe était en réalité Kate et cherche comment faire pour la libérer de l'emprise psychologique dans laquelle elle est plongée. Des Faux-Visages vendent une nouvelle version de Snakebite bleue dans les rues, mais il n'y a pas que la couleur qui change…

Alors que la vie de Luke Fox est en jeu, les répercussions de l'événement dévastateur sont le catalyseur de certaines décisions qui changent la vie de ceux qui l'entourent.

Quand un ennemi familier descend sur Gotham, Batwoman et Mary découvrent qu'elles doivent plus que jamais compter l'une sur l'autre. Alice a une nouvelle mission - et obtient un allié inattendu pour la rejoindre.

Batwoman se bat alors que Black Mask continue de faire monter les enchères avec Circe comme sa femme de main. Alice et Safiyah se croisent à nouveau.

Ryan Wilder remet en question sa place en tant que héros de la ville alors qu'elle, Luke Fox, Mary Hamilton et Sophie Moore doivent unir leurs forces quand Black Mask provoque le chaos dans les rues de Gotham. Pendant ce temps, la tentative d'Alice de sauver sa sœur signifie une autre rencontre avec Circe. Dans une impasse épique, des alliances et des transformations inattendues vont bouleverser Gotham comme nous les connaissons.