桃月學園1年C班的導師突然辭職了，來了一個年僅11歲，畢業于麻省理工大學的天才小不點老師。這位外表可愛的毒舌派老師，會讓學園掀起什麼樣的風波呢……

貝琪已經來到桃月學園幾天了，但她還沒將學生的名字記起來。於是她幫學生們取了外號。久留美更是被她叫成“不起眼的角色”。受到打擊的久留美，跑到兔子小屋去躲了起來。

今天早上因為貝琪遲到的關係，C班的人都比平常還要散漫。不過姬子還是跟平常一樣，情緒HIGH到最高點。此時貝琪總算是到學校來了，可是看起來卻有點消沉的樣子。

貝琪突然宣佈明天要考試，於是大家提議舉辦讀書會。小都雖然拒絕了，但還是被強迫參加。小玲、姬子、6號跟久留美，連貝琪都一起參加。當晚，一行人聚集在學校裡的旅館。

今天是桃月學園戶外教學露營的日子，不同組的組員，各自都有另類的野外遭遇。小玲使出拿手絕活，煮了好吃的中華料；一條一行人則遇見一群正在保養導彈的河童。

受不了學生老是鬧來鬧去的貝琪，終於下定決心跟學校申請一間個人研究室以圖清靜，想不到不是研究室房裡鬧鬼，要不就是學生們竟然將她的研究室當心理輔導室進進出出。

貝琪因為被設計猜拳猜輸，不得已接下了整理游泳池的任務，但她卻把任務丟給小玲她們。就在同時，一條的妹妹來找姐姐，突然間妹妹的體型變大100倍，原來這是艦長他們搞的鬼。

自封為治療系魔法少女的貝荷伊米，面對自己其實沒有魔法的事實，感到沒有信心。雖然貝琪鼓勵她不用以魔法助人，但她還是覺得提不起勁兒，於是大家決定想辦法為她製造魔力。

貝琪大學時期的教授突然跟她連絡，希望她能幫他做些研究。當然，姬子她們也獲得到教授的邀請，來到這個充滿奇特生物的島嶼。貝琪她們還被奇奇怪怪的生物嚇得花容失色。

就在各班進行專題報告的同時，梅蒂亞和貝荷伊米竟在校園四處發現許多定時炸彈，於是她們決定合作化解危機。沒想到看似平凡的貝荷伊米，居然對炸彈裝置瞭若指掌。

平常總是替人跑腿做事的6號，總是笑咪咪的毫無怨言。有一天，梅蒂亞無意間看見她開心的跟某個人乘著敞篷車兜風，貝琪等人以為她談戀愛了。想不到她心中仰慕的其實是……

因為艦長的一時失手，讓貝琪她們全跑到姬子的夢境裡去。如果要回到現實世界，得先找到姬子把她叫醒才行。但她們一路上遇到許多困難，大天使米加路更是對她們百般刁難。

校園裡突然闖入一群怪人，直接挑明瞭要找貝琪。姬子她們為了保護貝琪想盡各種辦法，就在千鈞一髮之際，校長祭出超強機器人，桃月學園也因此得救。

貝琪因為午餐沒著落，便委託久留美的哥哥桃瀨修替她打理午餐。但沒想到桃瀨修居然落跑，貝琪求助無門，只好親自下廚，但這過程就像是驚悚片一樣恐怖。

桃月學園盛大的遠足活動，因為一場持槍搶車意外而鬧得不可開交。一年C班的巴士卡在懸崖搖搖欲墜，驚險的情況讓身在宇宙的艦長都忍不住想出手幫忙。

經常做出驚人舉動的一條居然沒來上課，經諜報部的跟蹤調查，原因居然是感情糾紛。貝琪她們基於關心，想要跟一條接觸，想不到竟引起一條誤會，還引發一場戰爭。

一年一度的校慶，每班都要選擇一個主題攤位，C班在玲的建議下推出了提供咖啡和蛋糕的咖啡廳，美味的蛋糕果然吸引了大批的人潮。最後C班果真賺了不少錢。

總是遇到倒楣事的愛哭兔又遇到了麻煩，不但無意間遇到還在實習中的瘟神妙子，額頭上還被安裝了一顆定時炸彈，貝琪她們也努力研究拆除方式，愛哭兔能逃過一劫嗎……

貝琪突然走進D班，中斷老頭老師的授課。原來C班同學因為感染不明病毒而被強制隔離，而這種病毒，越容易HIGH的人就越容易感染。貝琪懷疑帶原者就在D班。

一向無厘頭的姬子被一條的高壓電流電到後，頭上的翹毛突然變成了一支蘑菇，奇怪的是，連姬子的個性都改變了，當她從昏迷中醒過來時一看到貝琪，竟不是一如往常的抱住她，而是大叫“我討厭小孩”，雖然貝琪平常會覺得姬子很煩，但姬子這句話卻重重的打擊了她，當貝琪知道姬子是被企圖征服地球的外星人附身時，她決定要親自動手剷除外星人，搶回她原來的姬子。

這一天芹澤突然帶到宮本研究室，並在柏木姐妹的協助搖身一變變成貝琪的模樣，經由玲的說明，她才知道原來是不滿小學生當老師的家長會今天要到C班來看貝琪上課，可是貝琪卻下落不明，於是決定請話劇社的芹澤來喬貝琪，原本抵死不從的芹澤在玲的遊說下竟也燃起熊熊的鬥志，然而當正式上場，家長們紛紛以毒舌攻擊頻頻出錯的她時，芹澤終於忍不住爆發，想不到家長們卻被芹澤這一席上臺辛酸發言所震撼，決定給貝琪再觀察的機會。

某一天校園裡突然來了一班電視採訪班，原來是深夜節目校園突擊報導，頭一天因為老頭及芹澤的無厘頭嚇走了記者，當所有人得知記者們隔天還會再來時，全都躍躍欲試的做起萬全準備只為在電視上出風頭，然而獨獨貝琪似乎是完全興趣缺缺，這讓C班同學感到十分傷腦筋，因為C班的賣點正是小不點老師，然而當她們瞭解了貝琪不想上電視的原因時，對她的從小面對的陰影感到十分同情，因此大家都決定不勉強她了。

某一天校園裡突然來了一班電視採訪班，原來是深夜節目校園突擊報導，頭一天因為老頭及芹澤的無厘頭嚇走了記者，當所有人得知記者們隔天還會再來時，全都躍躍欲試的做起萬全準備只為在電視上出風頭，然而獨獨貝琪似乎是完全興趣缺缺，這讓C班同學感到十分傷腦筋，因為C班的賣點正是小不點老師，然而當她們瞭解了貝琪不想上電視的原因時，對她的從小面對的陰影感到十分同情，因此大家都決定不勉強她了。

桃月三年的春天，財務大臣宮本貝琪衛門，徵收讓人哭笑不得的”哈嗚哈嗚稅”，只要哭一次就要課稅。此時，有一群正義之士決定聯手消滅貝琪衛門這個昏庸官員。

地球面臨彗星撞擊的危機，這時桃月學園校長突然指定一年C班要駕著嬉皮X機器人前往外太空設法阻止彗星，本來意興闌珊的貝琪們在學校餐廳餐券的誘惑下總覺出發，當她們到達外太空，赫然發現慧星原來是一個大紙箱，裡頭更是奇特的空間，除了貝琪之外，所有人一進到那個奇特空間就進入了自己的幻想空間，根本無力對付這即將摧毀地球的不速之客，貝琪應該如何喚醒所有人，拯救心愛的學校呢……

雖然是冬天，但這一天不知怎麼的氣溫居然高達三十八度，不僅是學生們熱的受不了，連貝琪也都宣佈停止上課，開心的姬子立刻到服裝部借來了一套清涼的浴衣，並與愛哭兔玩起乾冰，但依照慣例玩過頭的她，果然又被早乙女老師和五十嵐老師臭駡一頓.就在大家都快受不了之時，校長突然宣佈開放游泳池，所有人全換上泳裝開心的享受清涼的氣氛，但就在這時，外星人艦長竟收到母星將對地球展開總攻擊的資訊？！