Zur Bestürzung von SEELE ist NERV nach dem Kampf gegen den letzten Engel fast vollkommen wehrlos. Einheit 00 und Einheit 02 sind so stark beschädigt, dass sie vorläufig nicht einsatzbereit sind und Shinji – der einzige Pilot von Einheit 01 – scheint sich in seinem Entry Plug aufgelöst zu haben.

Shinji achieved an unprecedented 400% synchronization ratio with EVA-01 during the battle with Zeruel, to horrible effect. With the EVA having ascended to the status of a living God and Shinji absorbed inside it, Ritsuko unsuccessfully attempts to recover him.

A partir de la incorporación del S2, el EVA-01 tiene autonomía, pero como Shinji sobrepasó el 400% de sincronización, fue absorbido por la unidad, como le sucedió a su madre años atrás. Comienza el plan de rescate, y cuando quedan pocas esperanzas, el núcleo S2 se activa y Shinji cae al suelo desnudo. Su madre lo ha salvado otra vez, y Misato lo abraza mientras llora como si fuera su propio hijo, poco después Misato va con Kaji y se pasan toda la noche teniendo relaciones sexuales, también durante esos momento, Kaji le entrega a Misato un chip en forma de cápsula con toda la información que él tiene sobre NERV, para que ella continue su investigación.

Tras lograr una tasa de sincronización insólita, Shinji se fusiona con la Unidad 01. Mientras vive una experiencia extracorporal, NERV se esfuerza en rescatarlo.

L'Evangelion 01 ha tornat a exhibir les seves enigmàtiques però increïbles prestacions. Però en Shinji ha desaparegut sense deixar rastre i els seus col·legues del NERV el necessiten urgentment. Amb el futur del tercer infant en perill, les relacions entre la Misato i la Ritsuko no són gens bones. En Shinji, mentrestant, fa introspecció: busca el fons de la seva ànima i analitza les seves raons per existir i per pilotar els evangelions i la seva falta de confiança en el món.

同频率 400% 是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于 LCL 之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的 LCL 中，只有真嗣的作战驾驶服（细看上一集会发现好像有个 BUG，真嗣驾驶 EVA 时因为紧急没有换驾驶服，而是穿的普通衣服。但实际上战斗服是自我意象所实体化的。确切来说，20 话开头律子谈到打捞计划时曾说先把战斗服合成出来，普通衣服应该也溶解了）。而正当美里抱着真嗣的驾驶服痛苦万分时，真嗣的身体突然顺着 LCL 滑了出来。两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。沿续着前一话的内容，由 EVA 中真嗣的自我以及 EVA 以外的营救工作的两个方面同时进行。最令人疑惑的是当玛亚向律子问及为何如此了解营救计划的过程时，律子的回答是“以前亦曾进行过，但失败了”。

（营救出真嗣后美里与加持的密会中，加持给美里的胶囊里亦隐藏着不少秘密。而从加持的态度来看，似乎也有什么大事要发生。本话对剧中人物心理的描写起到了至关重要的作用。副标题是总集篇2：口唇期。“口唇期”是心理学家弗洛伊德提出的理论，其意为“幼儿受乳时感到快感，所以会产生喜爱吮手指的反应”。）

同頻率400%的真相，是真嗣的肉體與初號機融合的結果。經調查，真嗣已溶解於LCL之中。於是，律子忙著佈置營救真嗣的計畫，但似乎在十年前就已有過類似的營救計畫失敗。經過了一個月的時間，駕駛艙被打開，流得滿地的LCL中，只有真嗣的作戰服。而正當美里抱著真嗣的衣服痛苦萬分時，真嗣的身體又復原了。兩天后，加持與美里在旅館中密會，加持將裝有“最後的禮物”的膠囊，交給了美里。

同頻率400%的真象，是真嗣的肉體與初號機融合的結果。經調查，真嗣已溶解於LCL之中。於是，律子忙著佈置營救真嗣的計畫，但似乎在十年前就已有過類似的營救計畫失敗。經過了一個月的時間，駕駛艙被打開，流得滿地的LCL中，只有真嗣的作戰服。而正當美裡抱著真嗣的衣服痛苦萬分時，真嗣的身體又復原了。兩天后，加持與美裡在旅館中密會，加持將裝有“最後的禮物”的膠囊，交給了美裡。

폭주한 초호기는 네르프의 사도 격퇴용 방어시스템에 의해 붙잡힌다. 한편 신지는 초호기의 폭주로 싱크로율 400%를 찍었는데, 이 때 신지의 AT필드가 풀리고 엔트리 플러그 속의 LCL 용액과 융합된다. 신지는 플러그 속에 영혼만 떠다니며 마음 속의 아야나미 레이와 이야기를 나눈다.

Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.

Όταν επιτυγχάνει ένα ανήκουστο ποσοστό συγχρονισμού, ο Σίντζι αφομοιώνεται με τη Μονάδα 1. Ενώ εκείνος βιώνει μια εξωσωματική εμπειρία, η Nerv προσπαθεί να τον σώσει.

שינג'י מצליח להשיג קצב סנכרון חסר תקדים ומתמזג עם יחידה 01. הוא חווה חוויה חוץ גופית, בעוד אנשי נרב מנסים להציל אותו.

Al culmine della battaglia contro l'Angelo Zeruel, Shinji ha ottenuto un rapporto di sincronizzazione del 400% con l'Unità 01, un livello reputato impossibile. Tuttavia a causa di ciò, il suo corpo si è fuso con l'Evangelion ed è diventato LCL all'interno dell'Entry Plug. Nel corso di trenta giorni Ritsuko tenta faticosamente di trovare un modo per far tornare indietro Shinji, senza ottenere risultati. Intanto la coscienza del ragazzo compie un viaggio introspettivo nel quale entra in contatto con l'anima della madre Yui. Dopo aver parlato con lei, Shinji "rinasce" dal nucleo dell'Eva. Più tardi quella sera Misato e Kaji riprendono la loro relazione andando a letto insieme, fatto che disturba e fa infuriare Ritsuko.

初号機とのシンクロ率が400％に達したシンジは、戦闘後もEVAから降りることはなかった。彼の肉体はLCLと融合してしまったのだ。自己との対話を続ける“彼”は何を願うのか。EVAに取り込まれたシンジを救出すべくリツコ達によるサルベージ作戦が計画される。

Podczas walki z Zeruelem Shinji osiągnął 400% synchronizacji z Evą co skończyło się 'wchłonięciem' go przez Jednostkę 01; jego ciało zmieniło się w płyn LCL pozostając wraz z jego duszą wewnątrz kapsuły wprowadzającej przez ponad 30 dni, podczas których Ritsuko robi co może by przywrócić go spowrotem do ludzkiego ciała.

Shinji permaneceu fundido ao Eva 01. Numa tentativa desesperada, Ritsuko e Misato conseguem libertar o garoto do bio-mecha, depois de mais de um mês.

Depois de sua forma física ser absorvida pelo EVA-01, Shinji mergulha em um estado introspectivo, novamente contemplando sua "missão" e papel como um piloto. Enquanto isso, Ritsuko e a NERV tentam desesperadamente recuperá-lo.

Shinji obține o sincronizare nemaivăzută și fuzionează cu Unitatea Zero. În timp ce el trece printr-o experiență extracorporală, NERV încearcă să-l salveze.

Во время кульминационного момента боя с последним Ангелом Синдзи смог достигнуть невероятного уровня синхронизации с Евой. В результате его тело растворилось в LCL внутри контактной капсулы. По прошествии тридцати дней Рицуко решает пойти на крайние меры для того, чтобы восстановить тело Синдзи. В это время его разум, взаимодействуя с Евой, вновь переживает самоанализ и пересмотр всех событий, происходящих с ним.

Daha önce görülmemiş bir senkron oranına ulaşan Shinji, Ünite Bir ile birleşir. Ruhunun bedeninden ayrıldığı bir deneyim yaşarken, Nerv onu kurtarmaya çalışır.

Сіндзі досяг безпрецедентного коефіцієнта синхронізації в 400% з EVA-01 під час битви з Зеруелем, що призвело до жахливого ефекту. Unit-01 піднісся до статусу живого Бога і Сіндзі поглинений ним. Ріцуко безуспішно намагається повернути Сіндзі до реальності.