Ікарі Сіндзі викликає в Токіо-3 його відчужений батько Ґендо, командир спеціального агентства NERV, щоб захистити місто від гігантського ангела, керуючи єдиною зброєю, здатною битися з монстром: Євангеліоном Unit-01.

Сіндзі прокидається в лікарні, не пам'ятаючи про перемогу над Ангелом минулої ночі. Відкинутий батьком, Місато вирішує взяти Сіндзі з собою, щоб жити у своїй квартирі. Пізніше тієї ночі спогади про битву з Ангелом повертаються до Сіндзі.

Сіндзі починає відвідувати свою нову школу в Токіо-3, і йому важко впоратися зі славою пілота Євангеліону. Тодзі Сузухара, молодша сестра якого була поранена в бою Сіндзі проти Ангела, сердиться на Сіндзі. З’являється новий ангел, і Сіндзі знову повинен пілотувати EVA-01, щоб перемогти його.

Місато ображена на Сіндзі за те, що він проігнорував її накази в останній битві проти ангела, і він настільки переживає стрес від пілотування EVA, що втікає. Після кількаденних блукань по Токіо-3 Сіндзі стоїть перед вибором: кинути все або залишитися в новому домі.

EVA-00 нарешті відремонтовано, і Сіндзі намагається ближче пізнати його загадкового пілота - Аянамі Рей. Однак він збентежений, тому що вона надзвичайно замкнута, у неї взагалі немає друзів, і весь запис її минулого стерто. У розпал цього, дуже потужний Ангел, плаваючий моноліт Раміель, атакує Токіо-3.

Ангел Раміель проникає в геофронт, щоб безпосередньо атакувати штаб-квартиру NERV. Після того, як Шіндзі ледве вижив після прямого зіткнення з ним, Місато розробляє план, щоб EVA-00 і EVA-01 перемогли Ангела, вдаривши по ньому з відстані за допомогою позитронної гвинтівки, для роботи якої потрібна потужність електроенергії усієї Японії.

Ріцуко розповідає Cіндзі про справжню природу Другого удару, ангелів і місію Євангеліонів перемогти їх. Місато та Ріцуко відвідують публічну демонстрацію нового робота-бойця Jet Alone, створеного конкуруючим оборонним підрядником NERV. Однак робот швидко виходить з-під контролю, і Сіндзі повинен використати EVA Unit 01, щоб доставити Місато на Jet Alone і дати їй змогу ввести код автоматичного вимкнення, перш ніж робот розплавиться в результаті ядерного вибуху.

Місато привозить Сіндзі разом із Тодзі та Кенсуке до великого військово-морського конвою ООН, який перевозить Євангеліон Unit-02 та його запального німецького пілота Аску Ленґлі Сорю до Японії. Супроводжує Аску колишній хлопець Місато, Рьоджі Кадзі. Після незграбного знайомства на флот нападає величезний водяний ангел. Аска запускає Єву-02 і вирішує, що вона переможе ангела, граючи в «класики»...

Аска приєднується до класу Сіндзі в школі та переїжджає в квартиру Місато. Поки Аска пристосовується до Японії (точніше, всі інші пристосовуються до неї...), атакує новий Ангел, який здатний розділитися на дві ідентичні копії. EVA-01 і EVA-02 зазнають поразки, а NERV публічно принижена. Оскільки ангел перебуває в тижневому періоді регенерації після атаки N2 бомбою, Аска та Сіндзі повинні навчитися «синхронізувати» рухи один одного в бою, щоб перемогти його раз і назавжди.

Пілоти EVA розчаровані, дізнавшись, що їм не дозволено відправитися в шкільну поїздку на Окінаву, тому що вони повинні залишитися в Токіо-3, щоб залишатися на виклику в разі атаки Ангела. Тим часом, глибоко всередині магми вулкана Маунт Асама виявлено нового ангела на стадії розвитку.

Місато підвищили до майора, але свято триває недовго. Жахливий ангел з’являється на навколоземній орбіті саме тоді, коли Ґендо та Фуюцукі немає, залишаючи її та дітей боротися з колосальним камікадзе, що загрожує впасти прямо на Токіо-3.

Звичайне випробування за участю пілотів EVA перетворюється на боротьбу за виживання, коли в штаб-квартирі NERV з’являється і поширюється ангел абсолютно нового типу. Цей новий, схожий на комп’ютер, ангел загрожує самознищенням усього об’єкта, залишаючи доктора Ріцуко Акагі в гонці з часом, щоб врятувати GeoFront і знищити Ангела.

Поки Seele переглядає дії NERV і Ґендо по боротьбі з ангелами з третього по одинадцятий, Ріцуко проводить тест на сумісність, під час якого Сіндзі і Рей міняються Євангеліонами.

Здається, це важливий день майже для всіх у NERV. Місато і Ріцуко збираються на весілля; Cіндзі та Ґендо відвідують могилу Юї; Аска має побачення. Однак важливі речі випливають із цих, здавалося б, буденних подій.

Cіндзі перемагає Аску в тесті на синхронізацію, що дуже її дратує. Незабаром після цього EVA відправляються, щоб розібратися з таємничим привидом, і EVA-01 засмоктує темноподібна темрява, яка матеріалізується нізвідки. Поки готується екстрена операція з порятунку захопленої EVA-01, Сіндзі вирушає в подорож у глибини власної свідомості...

Філія NERV у Неваді знищена внаслідок катастрофічної аварії, а штаб-квартира NERV готується розмістити новий Євангеліон у Японії. Без відома Сіндзі вибирається Четверте дитя.

Evangelion Unit-03 прибуває зі США. Однак експеримент з його активації пробуджує найстрашніший кошмар NERV, коли виявляється, що він був заражений Тринадцятим Ангелом. Інші EVA відправляються для боротьби з Unit-03, зараженим ангелом... навіть ризикуючи вбити його безпорадного пілота.

Розлючений через те, що Тодзі майже загинув від рук його власного Євангеліону, Сіндзі відмовляється знову пілотувати Євангеліон і готується покинути Токіо-3 назавжди. Він змушений переглянути своє рішення, коли новий надзвичайно руйнівний ангел атакує саме тоді, коли він збирається піти...

Сіндзі досяг безпрецедентного коефіцієнта синхронізації в 400% з EVA-01 під час битви з Зеруелем, що призвело до жахливого ефекту. Unit-01 піднісся до статусу живого Бога і Сіндзі поглинений ним. Ріцуко безуспішно намагається повернути Сіндзі до реальності.

Будучи нажаханою результатами останньої зустрічі з Ангелом, Seele викрадає і влаштовує допит Фуюцукі. Він розповідає про своє минуле, згадуючи створення Nerv. Також розкривається минуле Місато Кацурагі, Ріцуко Акагі, Рей Аянамі та Юї Ікарі. Рьоджі Кадзі тим часом вирішує дізнатися правду, незалежно від ціни.

Рівень синхронізації Аски невпинно падає після її поразки від рук чотирнадцятого ангела Зеруеля, а її розчарування Рей, Сіндзі, Місато та Рьоджі зростає. Розлючена та стурбована більше, ніж будь-коли, вона змушена знову пережити своє темне, травматичне минуле під час зустрічі з п’ятнадцятим ангелом, Араелем.

Аска впадає в глибоку депресію після психічного дослідження Араеля, і не може пілотувати, коли з'являється новий ангел Армізаель. Армізаель починає фізично зливатися з EVA-00 і погрожує зробити те саме з EVA-01, спонукаючи Рей пожертвувати собою, щоб врятувати Сіндзі.

Надто наляканий, щоб побачитися з Місато чи Рей, Сіндзі знову втікає і зустрічає Каору Нагісу, заміну пілота EVA-02. Відкритість і доброзичливість Кавору забезпечують так необхідний комфорт для збентеженого Сіндзі. Однак в оточуючих виникають підозри щодо неймовірних здібностей Каору до синхронізації.

Проект комплементації людства розпочався і нам демонструють його внутрішній процес об'єднання всіх душ в одну.

Процес комплементації людства триває. Головна увага в епізоді зосереджена на Сіндзі, який вчиться приймати здатність людини формувати свій світ і те, як людина не може існувати без інших.