Сіндзі починає відвідувати свою нову школу в Токіо-3, і йому важко впоратися зі славою пілота Євангеліону. Тодзі Сузухара, молодша сестра якого була поранена в бою Сіндзі проти Ангела, сердиться на Сіндзі. З’являється новий ангел, і Сіндзі знову повинен пілотувати EVA-01, щоб перемогти його.

Ангел Раміель проникає в геофронт, щоб безпосередньо атакувати штаб-квартиру NERV. Після того, як Шіндзі ледве вижив після прямого зіткнення з ним, Місато розробляє план, щоб EVA-00 і EVA-01 перемогли Ангела, вдаривши по ньому з відстані за допомогою позитронної гвинтівки, для роботи якої потрібна потужність електроенергії усієї Японії.

Аска приєднується до класу Сіндзі в школі та переїжджає в квартиру Місато. Поки Аска пристосовується до Японії (точніше, всі інші пристосовуються до неї...), атакує новий Ангел, який здатний розділитися на дві ідентичні копії. EVA-01 і EVA-02 зазнають поразки, а NERV публічно принижена. Оскільки ангел перебуває в тижневому періоді регенерації після атаки N2 бомбою, Аска та Сіндзі повинні навчитися «синхронізувати» рухи один одного в бою, щоб перемогти його раз і назавжди.

Пілоти EVA розчаровані, дізнавшись, що їм не дозволено відправитися в шкільну поїздку на Окінаву, тому що вони повинні залишитися в Токіо-3, щоб залишатися на виклику в разі атаки Ангела. Тим часом, глибоко всередині магми вулкана Маунт Асама виявлено нового ангела на стадії розвитку.

«Токіо-3» зупиняється, коли диверсія вимикає все живлення. Персонал намагається запустити EVA вручну, коли посеред блекауту з’являється ангел.

Місато підвищили до майора, але свято триває недовго. Жахливий ангел з’являється на навколоземній орбіті саме тоді, коли Ґендо та Фуюцукі немає, залишаючи її та дітей боротися з колосальним камікадзе, що загрожує впасти прямо на Токіо-3.

Evangelion Unit-03 прибуває зі США. Однак експеримент з його активації пробуджує найстрашніший кошмар NERV, коли виявляється, що він був заражений Тринадцятим Ангелом. Інші EVA відправляються для боротьби з Unit-03, зараженим ангелом... навіть ризикуючи вбити його безпорадного пілота.

Розлючений через те, що Тодзі майже загинув від рук його власного Євангеліону, Сіндзі відмовляється знову пілотувати Євангеліон і готується покинути Токіо-3 назавжди. Він змушений переглянути своє рішення, коли новий надзвичайно руйнівний ангел атакує саме тоді, коли він збирається піти...

Сіндзі досяг безпрецедентного коефіцієнта синхронізації в 400% з EVA-01 під час битви з Зеруелем, що призвело до жахливого ефекту. Unit-01 піднісся до статусу живого Бога і Сіндзі поглинений ним. Ріцуко безуспішно намагається повернути Сіндзі до реальності.

Рівень синхронізації Аски невпинно падає після її поразки від рук чотирнадцятого ангела Зеруеля, а її розчарування Рей, Сіндзі, Місато та Рьоджі зростає. Розлючена та стурбована більше, ніж будь-коли, вона змушена знову пережити своє темне, травматичне минуле під час зустрічі з п’ятнадцятим ангелом, Араелем.

Аска впадає в глибоку депресію після психічного дослідження Араеля, і не може пілотувати, коли з'являється новий ангел Армізаель. Армізаель починає фізично зливатися з EVA-00 і погрожує зробити те саме з EVA-01, спонукаючи Рей пожертвувати собою, щоб врятувати Сіндзі.

Надто наляканий, щоб побачитися з Місато чи Рей, Сіндзі знову втікає і зустрічає Каору Нагісу, заміну пілота EVA-02. Відкритість і доброзичливість Кавору забезпечують так необхідний комфорт для збентеженого Сіндзі. Однак в оточуючих виникають підозри щодо неймовірних здібностей Каору до синхронізації.

Проект комплементації людства розпочався і нам демонструють його внутрішній процес об'єднання всіх душ в одну.

Процес комплементації людства триває. Головна увага в епізоді зосереджена на Сіндзі, який вчиться приймати здатність людини формувати свій світ і те, як людина не може існувати без інших.