L'histoire se déroule sur Terre en l'an 2025, bien après « Eureka Seven ».

Ao Fukai est un jeune garçon de 13 ans qui vit sur l'île d'Iwato Jima dans l'état indépendant d'Okinawa avec le docteur Toshio Fukai.

Alors qu'une société militaire privé nommée « Génération Blue » attaque un Scub Coral apparu sur l'île, il se retrouve mêlé au combat et est contraint d'activer un étrange robot géant transporté par l'Armée japonaise, baptisé « Nirvash ». En même temps, Ao part à la recherche de sa mère et de ses mystérieuses origines…

История разворачивается на изолированном острове Ивадо, расположенном недалеко от Окинавы, где растет массовое движение по возврату автономного правительства. На острове проживает старый доктор Тошио вместе с 13-летним парнишкой по имени Ао Фукаи, потерявший своего отца. Мать Ао была похищена неизвестными около 10 лет назад. Так же недалеко проживает Нару Арата – Давняя подруга детства Ао и по совместительству героиня истории, живущая со своим отцом, сестрой и бабушкой. Она обладает мистической силой "Юта”, пробудившейся во время несчастного случая в далеком детстве. Вскоре в пределах острова появляется таинственная организация под названием "Secret” и тут же начинает атаковать, расположенные там залежи Скаб Корала. Стараясь во что бы то ни стало защитить родной остров, Ао пробирается на борт японского военного транспортника и запускает там ЛФО, более известный, как Нирваш.

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。

女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。

本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

2025年4月，一場不堪的災難降臨在沖繩的小島上。而這個本來看似十分和平的島嶼，亦已經在若干年前宣告名義上的獨立，伴隨而來就是與美日中三大強權，以致整個國際之間的多重摩擦。原本和青梅竹馬荒田・奈留輕鬆地駕乘飛行平臺的少年——深井・蒼，就在這個環境下遇上啟動兵器IFO的契機。登上曾辨識其母親的駕駛艙後，等待著他的包括保護世界的任務、充滿迷團的敵人Secrets和隨之相關的珊瑚岩、國際政治上的糾葛，以及一段既是過去又是未來的故事。

주인공 아오는 오키나와 이와토 섬에서 노의사와 함께 살고 있었다. 행방불명된 어머니를 찾는 여행을 떠나기 위해 불법 어업으로 돈을 버는 나날을 지내는 아오. 그곳에 어느 날 한 대의 FP(Flying Platform, 소형 공중 이동체)가 불시착한다. FP를 운전하던 건 일본군의 의뢰를 받은 짐꾼, 가젤. 아오는 가젤이 짐을 싣는 과정에서 팔찌를 얻는다. 그 순간 섬에 스카브 코랄이 나타나, 이를 노리고 나타난 수수께끼의 몬스터 "시크릿"의 공격이 시작되었다. 이와토는 오키나와 제도 연합과 중국, 일본이 영유권 분쟁 중인 정치적 쟁점. 시크릿을 배제하기 위해 민간기업 "게네라시온 블루"의 IFO부대 "팀 파이드파이퍼"에 출동 의뢰가 전달된다. 아오는 팔찌에 이끌리듯이 일본군 소재의 IFO, 니르바슈에 타버린다. 이제껏 누구도 기동시키지 못 했던 니르바슈가 가동된 건 10년 전의 "그 사건" 이후 처음이었다. 니르바슈와 만난 아오는 팀 파이드파이퍼의 IFO와 함께 시크릿과 싸우게 된다. "후회하긴 싫단 말야"라는 각오를 다짐한 아오. 이것이 과거를 깨닫고 미래를 여는 아오의 여행의 시작이다ㅡ.

On the island of Iwado, 13 year-old Ao Fukai lives with an aging doctor after the disappearance of his parents. When Iwado is attacked by an organization known as Secret, Ao unexpectedly finds himself at the controls of the Nirvash, a robotic fighting machine. Alongside his childhood friend Naru Arata, a teen girl with psychic powers, Ao heads into battle, determined to protect his island home.