Peter e Mary Jane sono pronti a fare il nodo. I loro piani vengono interrotti, tuttavia, quando lo Scorpione rapisce la zia May. Spider-Man dà la caccia e salva la zia May, ma si chiede se i destini stiano cercando di dirgli qualcosa. Nel frattempo, Wilson Fisk sta pagando per il matrimonio di Peter e Mary Jane. Quando il matrimonio ha finalmente luogo, Goblin (un Harry Osborn ancora mentalmente addolorato) si presenta nel mezzo della cerimonia, afferra Mary Jane e minaccia di far saltare in aria la chiesa se il prete non sposa lui e Mary Jane.

Keane Marlow visita sorprendentemente May, che lo presenta a suo nipote, Peter, spiegando che Keane era un vecchio amico di suo zio Ben. Peter trova i vecchi passaporti dei suoi genitori. Successivamente li mostra a zia May, che ordina a Peter di sostituirli. Peter, tuttavia, cambia il suo costume da Spider-Man e origlia sulla zia e sulla conversazione di Keane. Scopre che prima o poi sua zia era stata costretta a rivelargli qualcosa. Spider-Man poi se ne va, chiedendosi come sia continuata la conversazione. Decide di lasciare la patria con Robbie Robertson per Mosca (Russia), in modo da poter conoscere meglio il passato dei suoi genitori. Sfortunatamente per lui, Kingpin ha riunito gli Sinistri Sei, con Vulture in sostituzione di Mysterio, per rintracciare un'arma del giorno del giudizio che potrebbe benissimo essere collegata alla situazione.

Il secondo capitolo si apre direttamente dopo il primo. Spider-Man salva Robbie insieme al quale sfugge all'esplosione. Il giorno seguente, Peter e e lo stesso Robbie incontrano un ufficiale della polizia russa chiamato Boris Pushkin, il quale afferma di aver conosciuto i genitori di Peter. Quando chiedono a sua moglie di lui, l'ufficiale, Rhienholdt Kragov, minaccia di far arrestare entrambi se non se ne vanno. Spider-Man è successivamente sospettoso di Kragov e lo spia, scoprendo che il Camaleonte lo aveva legato e impersonato. Spider-Man viene quindi sconfitto, reso incosciente e portato al cospetto di Kingpin per mano dei Sinistri Sei. Lo zar del crimine rivela quindi il suo intento di usare il dispositivo Doomsday dopodiché lui insieme a Spider-Man, i Sei e Landon vengono rapiti da Wildpack che conducono tutti loro alla centrale nucleare di Cernobyl in Ucraina.

Peter e Robbie vengono informati dei Sei guerrieri dimenticati da un amico di Robbie.

Come ex assistente di Black Marvel, Omar ne aveva nascosto le chiavi dopo la sua morte. Ora consapevole del furto da parte dei Sinistri Sei della maggior parte delle chiavi, era sicuro che li avrebbero cercati. Arriva quindi Robbie, consapevole che le ultime chiavi sarebbero state rubate. Omar mostra a Robbie dove sono nascoste le chiavi. Tuttavia, Robbie si rivela essere in realtà il camaleonte che ruba le chiavi in questione intanto che arrivano il vero Robbie, Kingpin, i Sinistri Sei, Spider-Man e il Distruttore. Black Marvel appare anche quando Omar se ne va. Spider-Man e i cinque membri dei Sei guerrieri dimenticati combattono contro i Sinistri Sei e Kingpin per l'ultimo ring. Kingpin ottiene la custodia delle chiavi e scappa con loro. Spider-Man e gli altri cinque eroi si incontrano in un edificio e Black Marvel si rivela essere Omar.

Mary Jane e Peter arrivano alle Cascate del Niagara per la loro luna di miele posposta, ma viene presto interrotta quando l'Uomo Acqua ritorna e rapisce Mary Jane. Con l'aiuto del Gatto Nero, Spider-Man si mette alla ricerca.

A Mary Jane è stato rivelato di avere nuovi poteri basati sull'acqua come l'Uomo Acqua. Spider-Man segue l'Uomo Acqua in un laboratorio subacqueo, dove scopre che uno scienziato, Miles Warren, ha usato la sua controversa tecnologia di clonazione per creare questo nuovo Uomo Acqua. È ancora più scioccato nell'apprendere che Warren ha usato una goccia dell'Uomo Acqua per clonare Mary Jane. Si scopre che entrambi i cloni sono instabili e periscono. Appare Madame Web e prende Spider-Man per affrontare un test.

Madame Web porta Spider-Man in un'altra dimensione dove un essere noto come Arcano, ha scelto Spider-Man per un esperimento volto a dimostrare se il bene è più potente del male. Il tutto si svolge su un pianeta paradisiaco dove sono riuniti alcuni criminali (Doctor Octopus, Doctor Destino, Alistair Smythe, Lizard e Teschio Rosso), per prenderne il controllo e spetta a Spider-Man guidare una squadra di supereroi per salvare il pianeta. Spider-Man convoca i Fantastici Quattro, Iron Man, Captain America e Tempesta dagli X-Men. Prima che possa spiegarsi, la Cosa e Torcia Umana lo attaccano, ma gli altri lo difendono. Lizard appare e attacca Spider-Man, ma lo fanno cadere privo di sensi. Riescono a formare una squadra e usano la tecnologia aliena per riattivare la parte della mente della Lucertola in cui si trova la coscienza del Dr. Conner; ora in controllo di se stesso, Conners si schiera dalla parte della squadra di Spidey.

Il Dr. Octopus e Alistair Smythe uniscono le forze con Teschio Rosso. Spider-Man porta Black Cat sul pianeta per aiutarlo, anche se in un brutto momento mentre lei, Morbius e Blade stavano combattendo contro Mirium e i suoi vampiri. Insieme a Captain America, Iron-Man e The Lizard (che ha cambiato parte), attraversano una terra desolata per lanciare un assalto all'impero del teschio rosso.

Dopo aver sconfitto il Red Skull, Spider-Man e il team tentano di incontrarsi con i Fantastici Quattro, solo per scoprire che sono stati fatti un'imboscata e che il Dr. Destino ha rapito la Cosa. Tutti gli eroi vanno a salvarlo, entrando nell'impero del Dr. Destino, che scoprono che è un paradiso pacifico. Destino ha usato la tecnologia del pianeta non solo per detronizzare Doc Ock, ma per rendere la sua New Latverria un luogo di bene; ha persino dato a Thing un orologio per riportarlo al suo io normale. Dopo aver appreso dei poteri di Beyonder, Doom decide di assorbirlo per garantire la pace eterna bandendo gli altri cattivi; tuttavia, i demoni escono dai suoi sogni. Spidey è in grado di invertire il processo, dimostrando che Good è superiore. L'Arcano cancella i ricordi degli altri e li rimanda a dove e quando sono stati portati. Rivela quindi a Spidey che questo era un test per dimostrare se era degno della vera sfida.

Spider-Man viene portato in una dimensione alternativa dove, a causa di una serie di eventi, il suo nativo Peter Parker si è unito al simbiote Carnage per diventare il maniaco Spider-Carnage, che ha devastato e demolito New York City con l'aiuto di Kingpin, Alistair Smythe, Hobgoblin e di Goblin. L'Arcano dice a Spider-Man che la sua controparte squilibrata prevede di usare una bomba disintegratrice alimentata dal Time-Dilation Accelerator per distruggere l'intero multiverso, e l'unico modo per fermarlo è che Spidey guidi un gruppo di Spider-Men da dimensioni diverse per evitare l'esplosione. Sfortunatamente, uno degli Spider-Men soffre della mutazione a sei braccia; si trasforma nella ferrea metà missione di Man-Spider.

Gli Spider-Men fermano Spider-Carnage nella sua dimensione domestica, ma scappa in un'altra dimensione, quella in cui Spider-Man è un miliardario. Con una potenza limitata, Madame Web manda l'Uomo Ragno originale in questa dimensione, dove si ritrova fidanzato con Gwen Stacy e trova Mary Jane viva. Anche se sembra che Spider-Carnage non possa essere fermato, questa realtà è dove Peter Parker ha preso le giuste decisioni; uno zio Ben ancora vivo riesce a far uscire la vera personalità di Peter da Spider-Carnage, ma il simbionte è troppo forte. Spider-Carnage salta in un portale instabile che lo distrugge.