Mary Jane se ha unido a un culto bajo el control del Barón Mordo, siendo llevada a creer que ella tiene una relación con su padre. Como Spider-Man investiga la verdad detrás de las intenciones del culto, tiene una reunión con el Dr. Strange y le ayuda en la prevención de Mordo de desatar a su amo temible Dormammu de la dimensión oscura.

En una batalla con el Dr. Octopus un edificio de investigación médica se destruye. Culpándose, Peter está considerando renunciar a ser Spider-Man, cuando se encuentra con un ser interdimensional llamada Madame Web y su mayor fan, una niña llamada Taina. Spider-Man comparte su origen con ella. Dr. Octopus ataca con su nueva invención, el Octobot.

Durante la batalla de Spider-Man con Octobot, éste usa un gas adormecedor que lo adormece y le borra la memoria. Dr. Octopus se aprovecha de esto y convence a Spider-Man que es su asistente personal y lo lleva en una cadena de crímenes. Taina se las arregla para conseguir que Spider-Man recuerde su verdadero yo; Luego, regresa de nuevo a su habitación, donde incluso se revela su verdadera identidad a ella.

Durante el desarrollo de un nuevo gas para Kingpin que se utiliza como un arma, un error provoca una explosión y Norman Osborn desaparece en el caos. Un nuevo villano, El Duende Verde aparece y secuestra a todos los enemigos de Osborn.

Spider-Man y un nuevo vigilante conocido como el Patinador Vertiginoso se enteran que existe una rueda giroscópica gigante en la ciudad. Juntos, Spider-Man y el Patinador Vertiginoso son capaces de detener a dicha rueda cuando Spiderman la inutiliza con dos cables eléctricos.

Peter cree que su suerte está cambiando para mejor, cuando Wilson Fisk lo contrata para un trabajo. Fisk lo envuelve en un delito federal, pero el abogado de Peter es Matt Murdock (Daredevil).

Spider-Man se une a Daredevil para enfrentar a Kingpin, y Camaleón para limpiar así el nombre de Peter. Daredevil también revela a Spiderman el alter ego del señor del crimen.

Kingpin y Herbert Landon transforma a Alistair Smythe en un medio-cyborg, mitad criatura mutante mitad humano, para convertirse en el último Mata Arañas y así matar a Spiderman. Se revela que Spencer Smythe está vivo, pero en suspensión criogénica.

El simbionte de Venom regresa a la Tierra y se reúne con Eddie Brock. Dormammu le ordena a este robar el dispositivo interdimensional de Empresas Stark, capaz de liberar a Dormammu de su dimensión. Spiderman y Máquina de Guerra luchan contra Venom, que es derrotado. Pronto los villanos reciben ayuda de Cletus Kasady, que se ha unido a otro huésped.

Barón Mordo y Dormammu ayudan al compañero de Eddie Brock, Cletus Kasady, a transformarse en Carnage. Dormammu utiliza a Carnage para traerlo a esta dimensión. Iron Man y Spiderman trabajan juntos para derrotar a los simbiontes.

El Dr. Jonathon Ohnn fue un brillante científico que creó el acelerador que tiene la capacidad de crear portales de aceleración de dilatación de tiempo a Tony Stark, alias Iron Man. Pero después de Iron Man y Spiderman derrotaran a Venom y a Carnage, cuando trataron de liberar a Dormammu de otra dimensión con el dispositivo, Iron Man destruyó al acelerador. Ohnn fue despedido y Kingpin contrató a Ohnn, que financió la investigación de este para que él continuara con el proyecto de un nuevo, más pequeño y potente acelerador y Ohnn se enamoró de su compañera, la Dra. Silvia López, que quería buscar una mayor recompensa para sus esfuerzos.

Accidentalmente, el acelerador de Dilatación del Tiempo de Dr. Ohn cae en la dimensión de Spiderman. Paseando por el parque, un individuo lo encuentra y lo lleva a una casa de antigüedades para venderlo y así obtener dinero de el. Al manipularlo sin saber lo que es para enseñárselo al comprador de la casa de antigüedades, abre un portal que alerta a Peter Parker y al Hobgoblin que dicho acelerador se encuentra allí. Hobgobin percatado de este hecho, hace su aparición, le arrebata el acelerador a Spider-Man y escapa con él.

Con el acelerador de dilatación tiempo mejorado de Onh el duende verde al tele transportarse descubre la identidad secreta de Spider-Man, secuestra a Mary Jane y la lleva al Puente de Brooklyn, desafiando a Spider-Man. En medio de la pelea, Mary Jane cae del puente y el acelerador que pierde el Duende Verde con el movimiento abre un portal que transporta a Mary Jane Watson a otra dimensión antes que Spider-Man la pueda atrapar con sus redes, en un fallido intento de salvarla. Es uno de los momentos más dramáticos en toda la trayectoria del Spider-Man. Peter se enfurece en tal extremo que se termina peleando con el Duende Verde.