פיטר מגלה כי מרי ג'יין היא חלק מכת מסתורית שמנסה לשחרר את השד דורמאמו מהמימד בו הוא כלוא. כאשר הכת מתקרבת למטרתה, ספיידרמן חייב לחבור לדוקטור סטריינג' כדי לעצור אותם!

לאחר שלספיידרמן נמאס שג'יימסון מאשים אותו בכל הפשיעה שבניו-יורק, הוא מחליט לוותר על תפקיד הגיבור אחת ולתמיד, לפחות עד שהוא פוגש את המעריץ הגדול ביותר שלו, ילדה קטנה בשם טאינה.

אביו של הארי, נורמן אוסבורן, נעלם לאחר פיצוץ במפעל הכימי שלו. החיפוש של ספיידי אחר אביו של חברו, נתקל בסיבוכים - שודד רכוב על כלי ריחוף הקורא לעצמו הגובלין הירוק!

ספיידרמן מוצא את עצמו מתחרה על פלישיה. בינתיים, נער שמנסה לעזור לאמו החולה באמצעות הטכנולוגיה של כנופיית גנבים המשתמשים בטכנולוגיית סילון, מחמש את עצמו בתור "רוקט רייסר".

פיטר מופלל בפשע שהוא לא ביצע. כעת הכל תלוי בעורך דינו העיוור, מאט מרדוק, שיוכיח את חפותו, אלא שגם למאט מורדוק יש זהות סודית - האיש ללא פחד, "דרדוויל" הנועז.

ספיידרמן חובר ל-"דרדוויל" בניסיון לזכות את שמו של פארקר מהאישומים. מרדוק חושף את זהותו האמיתית של הקינגפין. ובזמן שספיידרמן נלחם בזיקית, ניטש קרב איתנים בין דרדוויל לפיסק.

ספיידרמן מגלה שסמיית הפך לקיבורג - חלקו אדם, חלקו מכונה והוא כעת קוטל העכבישים המושלם! אך כאשר עולה תקלה בתכנות שלו, סמיית רודף אחר האיש שאחראי למותו של אביו... נורמן אוסבורן!

בנו של רובי רוברטסון מצטרף לחבורת בריונים בראשות טומבסטון. אך כאשר ראש-האבן מנסה להשתמש בעברו עם רובי כדי לגנוז כתבה על הבוס החדש שלו, הוא נתקל בספיידרמן.

הסימביוט חוזר לכדוה"א ומתאחד עם אדי ברוק. הוא מצווה על-ידי דורמאמו, שבזכותו הסימביוט חזר ארצה, לגנוב מכונה מהמפעלים של סטארק המסוגלת לשחרר אותו מהמימד בו הוא כלוא.

לאחר שאדי מסרב לעבוד עבור דורמאמו, קטל אוסף כוח חיים עבור כניסתו של דורמאמו לכדוה"א וחוטף את ד"ר אשלי קפקא, ואדי שהתאהב בה, חייב לחבור לספיידרמן ואיירון מן כדי להציל אותה.

עובד לשעבר של תעשיות סטארק ממציא טכנולוגיה בין-ממדית ניידת שבטעות הופכת אותו ל-"ספוט", התגלמות חיה של השער. אך המצאתו הבלתי-יציבה יצרה מערבולת המאיימת לבלוע את ניו-יורק.

כאשר מאיץ התרחבות הזמן נופל לידיים הלא נכונות, כל הפושעים בעיר מתחרים על הטכנולוגיה. פיטר ומרי ג'יין חוגגים את האירוסין של פלישיה הארדי לג'ייסון מקנדייל כשהם שומעים תוכניות לשוד גדול!

פיטר פארקר ומרי ג'יין סוף-סוף ביחד, אבל השמחה היא קצרת מועד כאשר גובלין הירוק, חמוש במשבש הזמן וזהותו האמיתית של ספיידרמן, מבקש להרוס את ספיידי בכל אמצעי אפשרי.