Mary Jane se ha unido a un culto bajo el control del Barón Mordo, siendo llevada a creer que ella tiene una relación con su padre. Como Spider-Man investiga la verdad detrás de las intenciones del culto, tiene una reunión con el Dr. Strange y le ayuda en la prevención de Mordo de desatar a su amo temible Dormammu de la dimensión oscura.

En una batalla con el Dr. Octopus un edificio de investigación médica se destruye. Culpándose, Peter está considerando renunciar a ser Spider-Man, cuando se encuentra con un ser interdimensional llamado Madame Web y su mayor fan, una niña llamada Taina. Spider-Man comparte su origen con ella. Dr. Octopus ataca con su nueva invención, el Octobot.

Durante el desarrollo de un nuevo gas para Kingpin que se utiliza como un arma, un error provoca una explosión y Norman Osborn desaparece en el caos. Un nuevo villano, El Duende Verde aparece y secuestra a todos los enemigos de Osborn.

Spiderman y un nuevo vigilante conocido como el Patinador Vertiginoso se enteran que existe una rueda giroscópica gigante en la ciudad. Juntos, Spiderman y el Patinador Vertiginoso son capaces de detener a dicha rueda cuando Spiderman la inutiliza con dos cables eléctricos.

Peter cree que su suerte está cambiando para mejor, cuando Wilson Fisk lo contrata para un trabajo. Fisk lo envuelve en un delito federal, pero el abogado de Peter es Matt Murdock (Daredevil).

Spiderman se une a Daredevil para enfrentar a Kingpin, y Camaleón para limpiar así el nombre de Peter. Daredevil también revela a Spiderman el alter ego del señor del crimen.

Kingpin y Herbert Landon transforma a Alistair Smythe en un medio-cyborg, mitad criatura mutante mitad humano, para convertirse en el último Mata Arañas y así matar a Spiderman. Se revela que Spencer Smythe está vivo, pero en suspensión criogénica.

Una pandilla secuestra al hijo de Robbie Robertson, una pandilla que Robbie ya habían conocido. Tombstone promete liberar al hijo de Robbie si mata la historia de las noticias de Alicia Silvermane.

El simbionte de Venom regresa a la Tierra y se reúne con Eddie Brock. Dormammu le ordena a este robar el dispositivo interdimensional de Empresas Stark, capaz de liberar a Dormammu de su dimensión. Spiderman y Máquina de Guerra luchan contra Venom, que es derrotado. Pronto los villanos reciben ayuda de Cletus Kasady, que se ha unido a otro huésped.

Barón Mordo y Dormammu ayudan al compañero de Eddie Brock, Cletus Kasady, a transformarse en Carnage. Dormammu utiliza a Carnage para traerlo a esta dimensión. Iron Man y Spiderman trabajan juntos para derrotar a los simbiontes.

Un ex-empleado de Industrias Stark, el Dr. Jonathan Ohn, inventa una tecnología interdimencional portátil que accidentalmente lo convierte en personificación de una portal. Haciendose llamar "La Mancha" intenta robar dinero para costear su investigación. Pero su inestable invento ha creado un vortice que amenaza con deborar Nueva York. ¿Como podrá Spider-Man combatir eso?

Accidentalmente, el acelerador de Dilatación del Tiempo del Dr. Ohn cae en la dimensión de Spiderman cae en las manos equivocadas todas las mentes criminales de la ciudad compiten por la tecnologia de portales. Peter y Mary Jane estan celebrando el compromiso de Felicia Hardy con Jason Macendale cuando escuchan el plan para un golpe mayor.

Peter Parker y Mary Jane al fin son novios, pero su felicidad dura poco cuando el Duende Verde, armado con un distorsionador del tiempo y la verdadera identidad de Spider-Man busca destruirlo a cualquier costo.