Dwóch mechaników metra zostaje zaatakowanych przez przerośniętego jaszczura, a jeden z nich zostaje porwany. Raporty Daily Bugle wykazują tajemnicze zniknięcia na całym Manhattanie i pogłoski o gigantycznej jaszczurce. Wydawca J. Jonah Jameson oferuje więc premię w wysokości 1000 USD każdemu fotografowi, który uchwyci bestię na zdjęciu. Reporter Peter Parker planuje zdobyć nagrodę, aby pomóc spłacić część sporych długów cioci May. Peter udaje się na rozmowę ze swoim nauczycielem, doktorem Curtem Connorsem, naukowcem pracującym z gadami. Podczas składania mu wizyty, on i jego koleżanka z nauk ścisłych, Debra Whitman, są świadkami, jak jaszczur wychodzi z toalety ich nauczyciela.

Niebezpieczny przestępca znany jako Kingpin przekupuje Normana Osborna, szefa Oscorp, by ten zniszczył Spider-Mana. Norman zatrudnia Spencera Smythe'a, mistrza robotyki, do stworzenia robotów Spider-Slayer, które miałyby zwalczyć chodzącego po ścianach bohatera, w zamian za zapewnienie Spencerowi wystarczających funduszy na zakup synowi, Alistairowi, poduszkowego wózka inwalidzkiego. Co więcej, reporter Daily Bugle, Eddie Brock, ma nadzieję uchwycić obrazy porażki Spider-Mana, próbując zaimponować swojemu szefowi, J. Jonahowi Jamesonowi.

Kingpin oferuje Alistairowi fundusze, których potrzebuje, aby zbudować więcej robotów Spider-Slayer, twierdząc, że Spider-Man jest odpowiedzialny za śmierć jego ojca. Alistair z powodzeniem odbudowuje Czarną Wdowę i tworzy innego, większego robota, którego nazywa „Tarantulą”. Po tym, jak dwa roboty Spider-Slayer pojmują Spider-Mana, Alistair używa go jako przynęty, by zwabić J. Jonaha Jamesona, którego również uważa obwinia za śmierć Spencera.

Kiedy Peter przyjeżdża na randkę z Felicją, ta zostaje porwana przez skorumpowanego naukowca, Doctora Octopusa, który chce zmusić jej matkę do zapłacenia, za pomocą którego obiecała finansować jego eksperymenty. Peter następnie wspomina spotkanie z Octaviusem, kiedy wujek Ben zabrał go na obóz naukowy, gdy miał 10 lat. Obrażony przez J. Jonah Jamesona Octopus nalega, żeby to on dostarczył okup, jednak zdradza go i bierze jako drugiego zakładnika, żądając podwójnego okupu. Peter nie jest w stanie przekonać szalonego naukowca do uwolnienia porwanych, nawet po dostarczeniu pieniędzy. Spider-Manowi udaje się go jednak pokonać i posłać za kratki.

J. Jonah Jameson próbuje przekonać wszystkich, że Spider-Man jest przestępcą, gdy ten dokonuje rzekomego napadu na muzeum. Peter postanawia więc szukać wskazówek, aby udowodnić, że te napady są sprawką oszusta podszywającego się pod Spider-Mana. Na przykład sieci, których używał fałszywy Spider-Man, nie rozpuszczały się po godzinie, jak to zwykle jest w przypadku sieci bohatera. Peter łączy siły z detektywem Terrym Lee w poszukiwaniu wskazówek. Znajduje sieć pozostawioną na miejscu zbrodni i sugeruje Terry'emu, że jest podrobiona, ponieważ oryginalna sieć Spider-Mana rozpuściłaby się do tego czasu.

Mac Gargan, drobny oszust, którego prześladuje pech, zawiera układ z J. Jonah Jamesonem, aby wyeliminować Spider-Mana. Gargan zostaje zabrany do laboratorium dr. Farley’a Stillwella, gdzie zostaje przekształcony w superzłoczyńcę, Scorpiona. Inspiracją do tego był fakt, że skorpiony są naturalnym zagrożeniem dla pająków. Spider-Man walczy ze Scorpionem, ale nie jest w stanie mu się wymknąć. Jednak gdy Jameson rozkazuje Scorpionowi zdemaskować Spider-Mana, Gargan uświadamia sobie, że wydawca zamienił go w potwora. Nadal mutuje i zaczyna tracić coraz więcej swojego człowieczeństwa. W furii porywa Jamesona.

Peter Parker przeprowadza wywiad z naukowcem, Mariah Crawford. Kiedy Peter dociera do jej biura, zostaje zaatakowana przez złoczyńcę, Kravena Łowcę, po tym, gdy Spider-Manowi udaje się mu wymknąć. Dr Crawford wyjaśnia, że Kraven i ona kiedyś byli zakochani, ale kiedy został poważnie poraniony przez lwy, nie miała wyboru i podała mu cudowny lek, który mógł uleczyć wszystkie rany. Przy tym rozwijał jednak zwierzęce zmysły i zdolności, które także zmieniły jego osobowość. Spider-Man podrzuca Mariah do mieszkania Robbiego, myśląc, że jest poza miastem, ale kiedy Robbie wraca wcześniej, Kraven porywa go myśląc, że ten jest partnerem Crawford.

John Jameson i jego kolega astronauta, Paul Stevens, odkrywają skałę znaną jako „Promethium X”. Jednak nieznany im Promethium X zawiera również tajemniczy pierwiastek, który uwalnia się i próbuje pochłonąć dwóch astronautów. Prom kosmiczny rozbija się na Manhattan Bridge, w pobliżu rzeki Hudson, gdzie Kingpin wysyła Rhino, aby ukradł Promethium X. Spider-Man przybywa na miejsce i udaje mu się uratować Jamesona oraz nieznanego mu wtedy kolegę. Kiedy Peter kładzie się spać, substancja ogarnia jego ciało i zaczyna wywoływać koszmar… po przebudzeniu, Peter wisi na budynku w kostiumie, którego nigdy wcześniej nie widział.

Zauważając kolejną niepokojącą zmianę w swoim zachowaniu, Spider-Man szuka pomocy u doktora Curta Connorsa, który bada kombinezon i uświadamia sobie, że ma do czynienia z symbiontem. Spider-Man następnie używa mocy symbionta, aby znaleźć wskazówkę w mieszkaniu Eddiego. Wpada tam na Shockera, wysłanego przez Kingpina, który miał zniszczyć dowody, jakie Brock zgromadził na miejscu katastrofy. Spider-Man, pamiętając, jak symbiont został mocno osłabiony po wcześniejszym ataku Sonic Blasterem, uświadamia sobie, że jest on szczególnie wrażliwy na głośne dźwięki. Spider-Man następnie używa dzwonów kościelnych, a hałas osłabia symbionta, który powoli opuszcza Petera.

Norman Osborn wynajmuje Hobgoblina do zabicia Wilsona Fiska, znanego również jako Kingpin, z powodu nieustających gróźb króla przestępczości. Peter Parker ratuje Fiska w chwili, gdy Hobgoblin próbuje go zaatakować. Po wymknięciu się Spider-Manowi, goblin zostaje zwolniony przez Normana przez nieudany zamach na Kingpina. Kingpin, po odkryciu zamachu Normana na jego życie, także wynajmuje goblina do przeprowadzenia ataku. Aby zadręczyć Osborna, Hobgoblin porywa Harry'ego i dostarcza go Kingpinowi. Gdy Fisk odmawia zapłacenia Hobgoblinowi, ten rezygnuje. Norman odkrywszy to, ponownie angażuje Hobgoblina, gdy uświadamia sobie, że nie ma wyboru, jeśli chce, by Kingpin został pokonany.

Hobgoblin pokonuje Kingpina i ogłasza się nowym królem zbrodni. Fisk, któremu udało się uciec przed goblinem, prosi Normana Osborna o pomoc w odzyskaniu pozycji. Normanowi udaje się przekonać Spider-Mana, by im pomógł, twierdząc, że musi uratować swojego syna, Harry'ego, który pozostaje uwięziony przez Hobgoblina. Po konfrontacji z goblinem, Spider-Man pokonuje go, mszcząc się za utratę przytomności ciotki i porwanie Harry’ego. Po klęsce Hobgoblina Peter czuje ulgę, odkrywając, że ciocia May całkowicie wyzdrowiała.

Chameleon, międzynarodowy szpieg, próbuje zamordować dwóch dyplomatów, aby podpisać wycofanie traktatu pokojowego. J. Jonah Jameson asystuje T.A.R.C.Z.Y., by temu zapobiec. Spider-Man także pomaga przywódcy T.A.R.C.Z.Y., Nickowi Fury’emu, w powstrzymaniu przestępcy.