江田島平八塾長の下、全国のハミ出し物が男を磨く男塾に入学した剣桃太郎。入学早々から始まった鬼教官の猛烈なしごきの中、同じ一号星の富樫源次や松尾鯛雄らと友情を深めていくが、思わぬ誤解が生じてしまい…。

教官から男塾名物の直進行軍を命じられた桃太郎たち一号生。途中にあるさまざまな障害を乗り越えたのもつかの間、直進行軍により事務所を壊滅させられた極悪組が男塾に乱入。突然の報復に桃太郎たちはどう立ち向かうのか!?

打倒桃太郎に執念を燃やす、極悪組の後継者・極小路秀麻呂。極悪組を恐れる教官を脅し、男塾名物の油風呂で桃太郎を屈服させようとするが、その身代わりを富樫が名乗り出る。秀麻呂は富樫のド根性を思い知る羽目に！

教官鬼ヒゲは六本木でナンパに精を出すも連戦連敗。その腹いせに一号生たちに六本木の風紀取締りを命令する。はじめは乗り気でなかった桃太郎だが、Ｊ・Ｊ・ジョージと名乗る不良外国人に静かな怒りが爆発する！

風紀取締りのため楽亨大学に乗り込んだ教官・鬼ヒゲと一号生たちだが、応援団員に捕まり人質となってしまう。応援団員に捕まり人質となってしまう。浅からぬ因縁にある相手に自ら立ち上がる江田島。ベールに包まれていた塾長の実力がついに明らかに！

ある夜、椿山は男塾から逃げ出そうとするが、二号生の鬼横綱に見つかってしまう。鬼横綱から竹林剣相撲の果たし状を受け取る椿山。それは勝てば望みがひとつ叶うが、負ければ命の保証はない恐るべき荒相撲だった！

桃太郎たち一号生に二号生から御対面式の知らせが届く。下級生は上級生に絶対服従。もしも手を上げれば即刻退学が男塾の掟。桃太郎たちは二号生筆頭代理・江戸川が仕掛ける恐怖のイビリを耐え抜くことができるのか!?

二号生の引率でサファリパークへ遠足に向かう一号生の面々。しかしこの遠足は、御対面式で恥をかかされた江戸川からの仕返しだった。サファリパークに放たれた野生の猛獣が桃太郎たち一号生に牙をむく。恐怖の夜が始まった!!

江田島から一号生全員に丸坊主の命令が下された。逃れるためには江田島相手に頭墨印を成功させるしかない。あの手、この手で江田島を狙う松尾、田沢、秀麻呂だったが、全員あえなく失敗。無敵の塾長には何も通用しないのか!?

男塾から永久追放されていた二号生筆頭・赤石剛次が復帰した。赤石は筆頭代理だった江戸川に制裁を加えると、すぐさま一号生に宣戦布告。仲間であろうと容赦せず、強者が弱者の上に立つという赤石の考え方に、桃太郎は刃を向ける！

桃太郎と赤石の筆頭対決は、男塾名物の巌流島で行われることになった。しかし、男の喧嘩を見世物にされることを嫌った桃太郎は、対決を拒否。桃太郎の代わりに赤石に挑む富樫だが、赤石の斬岩剣に斬られて重傷を負ってしまう！

ある日、町で襲われているばあさんを助けた富樫は、彼女に身寄りがなく、一億円もの金を貯めていることを知る。亡き息子の代わりとして親孝行に励む富樫だが、このばあさんの話を真っ赤な嘘だった。果たしてその理由とは…。

男塾300年の禁を破り、アメリカのスーパーポリスアカデミーから30人の留学生がやってきた。しかし留学とは名ばかりの身勝手な態度に一号生たちの怒りが爆発。一触即発の状況で江田島が提案した決着方法とは…。

撲針愚による日米決戦は桃太郎とＪの大将戦へ。音速を突き破るＪの恐るべきマッハパンチとテクニックの前に、さすがの桃太郎も大苦戦。桃太郎は、Ｊのパンチを見切るため心眼拳に挑み、闘いの中で奥義を開眼する！

江田島の留守中にボーナスを蓄えようと、鬼ヒゲたち教官は愕怨祭を開催。しかし大騒ぎに浮かれるその裏で、関東豪学連が襲来！　男塾壊滅を狙う親衛隊長の森田に、鬼ヒゲは男塾名物・羅倶美偉での勝負を提案するが…。

男塾と関東豪学連の羅倶美偉対決。富樫やＪが倒れる中、勝負は桃太郎と森田の一騎打ちに託された。負けた方は全員死亡の過酷なルールに生き残るのは、果たしてどちらか!?　そして関東豪学連総長とは何者なのか!?

男塾と関東豪学連の闘いは男塾最大名物・驚邏大四凶殺で雌雄を決することになった。双方四人の代表が集う決戦の地は霊峰富士。桃太郎は富樫、Ｊに続く代表にある男を選ぶことを決意し、獄悔房へと向かうのだった。

四人目の代表に虎丸龍次を加え、桃太郎たちは霊峰富士へと出発。驚邏大四驚殺・第一の凶に挑んだＪは三面拳・雷電の繰り出す大往生流憲法に苦しむ。渾身の力を込めたＪの最期のマッハパンチが雷電に炸裂するが…。

第二の凶で富樫が闘う相手は三面拳・飛燕。空中戦に絶対の自信を持つ飛燕は、鳥人拳を駆使し、富樫を絶体絶命の窮地に追い込む。もはや勝負ありと誰もが確信したその時、一号生全員の想いが富樫に奇跡を呼び起こす!!

Ｊ、富樫を失った男塾。水から決着をつけようとする桃太郎を制し、虎丸は第三の凶へ挑む。三面拳最強と称される月光を相手に、虎丸は猛虎流の技と策で応戦。激しい攻防の末、月光を倒したかに思えた時、闘場に異変が起こる。

伊達の覇極流体術の前に防戦一方の桃太郎。しかし勝負をあきらめない桃太郎の執念に、伊達は男塾全員の想いと力を感じ取る。全身全霊を込めた最期の一太刀に、勝負を賭ける両雄。驚邏大四驚殺がついに決着する！

男塾の勝利に終わった驚邏大四驚殺。しかし桃太郎は、この戦いの一部始終が、三号生の手の内にあったことを知る。死闘の傷も癒えた頃、一号生の教室に衝撃が走る。ついに三号生から桃太郎たちに招集状が届いたのだ。

立ちふさがる鎮守直廊の番人をくぐり抜け、三号生筆頭・大豪院邪鬼の待つ奥の院を目指す桃太郎たち。富樫は邪鬼に対する執念の理由を告白。兄の仇を討つため、桃太郎たちを置いて単身邪鬼のもとへ突入するが…。

富樫の救出に駆けつけた桃太郎は邪鬼と対面。三年に一度行われる男塾最大の業行・大威震八連制覇の対戦相手として、邪鬼は一号生の八名を指名。その中には驚邏大四驚殺で死闘を繰りひろげた豪学連の四人の名前が！

伊達臣人と三面拳を加えた一号生代表。決戦の地・八竜長城でコンビを決める組み分けが行われ、第一戦はＪと雷電組が選ばれる。対戦相手は卍丸と蝙翔鬼。遂に大威震八連制覇の戦いの火ぶたが切って落とされた！

足場が悪く実力を発揮できないＪは、蝙翔鬼に苦戦。闘いで大切なのはお互いを信じることだと諭されたＪは、蝙翔鬼の相手を雷電に任せる。段違いの実力を見せつける雷電だが、蝙翔鬼の卑劣な罠で重傷を負ってしまう！

蝙翔鬼を破ったＪは、魍魎拳の使い手・死天王の卍丸と対決。石柱をも砕く手刀を武器に、Ｊを攻め続ける卍丸。左拳を破壊され、もはや後のないＪは、ボクサー生命を賭けたフラッシュ・ピストン・マッハパンチで勝負に出る！

第二闘場へ向かう途中の足場が裂けているため、桃太郎たちは立ち往生を余儀なくされる。田沢と松尾以下、一号生の面々は自分の体をつなげた命の架け橋を作り、桃太郎たちを対岸に渡らせる。しかし、全てがうまくいったかに思えたその時…。

第二闘場で富樫と飛燕が闘う三号生とは、三年前に富樫の兄を殺した者たちだった。真実を知り、冷静さを失う富樫。飛燕は危険を察知し、富樫に先んじて独眼鉄との勝負に挑む。得意の鶴嘴千本が独眼鉄の神経節を貫くが…。

飛燕の死をその胸に受け止めた富樫は、死天王・センクウとの弔い合戦に勝利。続く第三闘場でも伊達が圧倒的な強さを見せつけ、男爵ディーノと死天王・羅刹を寄せ付けずに勝利を決める。闘いはついに邪鬼の待つ第四闘場へと進む！

桃太郎と邪鬼の大将戦は、江田島が提案した宙秤攣殺闘で決着をつけることになる。負ければ仲間全員が死亡という過酷なルールの下、嵐のような邪鬼の攻撃に、桃太郎は氣功闘法で立ち向かう。壮絶な死闘に勝利するのは果たしてどちらか!?

体力も気力も尽きた桃太郎。しかし今回の闘いで散っていった仲間への想いが、彼を突き動かし、邪鬼に奇跡の一撃が炸裂した！　そうして大威震八連制覇は、一号生の勝利で幕を閉じた。しかし桃太郎たちが失ったものはあまりにも大きく…。

桃太郎たち一号生が大威震八連制覇に勝利し、男塾は邪鬼たち三号生による支配体制から新しい歴史を歩み始めた。桃太郎、富樫、Ｊ、虎丸…それぞれの胸には、入塾と出会い、闘いと友情といった、さまざまな想いが去来していた。