妮魯凡娜艦持續在歸程上航行，距離母星美潔爾還有90天的行程。這一天，阿響、狄達、美雅、朱娜四人居然做了同樣的夢，夢見全艦毀滅於一道怪異的紅色光芒，嚇得紛紛在半夜中驚醒。翌日，阿響等四人出動救援一艘來歷不明的逃生船時，全新的敵軍突然蜂擁來襲，在激烈的纏鬥中，那道紅色光芒竟然真的出現了，難道惡夢真的就要實現了……

從逃生船裏順利救出的女孩蜜絲蒂終於甦醒了，誰知道她第一眼見到阿響便喜歡上了他，搞得狄達因此醋勁大發。爾舒拉終於快要生小寶寶了，全艦的人都非常興奮，無不希望看到新生命順利的到來，偏偏這時候突然遇到敵襲，妮魯凡娜艦的電力系統也當掉了，導致爾舒拉、狄達與阿響三人被困在電梯裏，由於情況緊急，只好由狄達與阿響負責接生……

妮魯凡娜艦來到這個行星已經三天了，由於地球人所從事的生態實驗，使得整個行星受到嚴重污染，所有的居民打從出生便遭感染，只能隨時等著病死好讓地球人來回收遺體。儘管全艦總動員對這兒的居民進行治療，並試圖淨化這個星球的環境，但仍無法改善這個行星現有的狀況。此時，地球巨大的敵艦已抵達此行星之空域，開始發動攻擊……

為了從「使命號」太空站取得物資的補給，副艦長BC率領阿響、狄達等人登上了太空站。豈料在進入太空站後才發現，這裏根本是個難民收容所，而且還是個只講究實力的野蠻社會，這裏的老大是一個女人，人稱麗茲大姊。在麗茲大姊的刁難下，副艦長BC決定出面單挑麗茲以取得物資補給，正當這兩個女人打得難分難解之際，地球艦隊卻已悄然掩至，大舉攻擊太空站……

地球的「收割艦隊」始終不肯放過妮魯凡娜，一直盯著他們窮追猛打絲毫未曾放鬆。這次來襲的的敵軍母艦雖然非常巨大，但因為阿響等人之前曾打敗過同型的敵艦，因此對於此戰非常有信心。只是沒想到敵軍竟然複製出妮魯凡娜艦以及合體機械人，一下子就將阿響等人打得落花流水，全隊敗戰緊急撤退，朱娜也因此身受重傷……

葛思蔻紐為了拯救芭內特，不顧一切以機體衝撞敵艦因而喪命，妮魯凡娜艦全體組員頓時陷入一片愁雲慘霧之中，尤其芭內特更是哀慼不已。為了不讓葛思蔻紐白白犧牲，妮魯凡娜全員化悲憤為力量，決定要來個絕地大反攻，由阿響、美雅、狄達等人組隊強行侵入敵軍母艦，掩護標羅將病毒灌入敵艦主機系統……

自從來到妮魯凡娜艦之後，蜜絲蒂便一直積極追求阿響，由於蜜絲蒂自幼就在男女共處的環境下長大，對於男女之間的事自然是得心應手，而狄達相形之下就顯得笨拙釵h，根本不知道如何向阿響表自己的想法。眼看著蜜絲蒂向阿響發動的攻勢不斷得逞，狄達數度難過得暗自哭泣，這時候，再也看不下去的朱娜決定出手協助狄達，給他們兩人制造機會……

美雅的生日快到了，大夥正悄悄的為她準備生日派對，但由於美雅不喜歡這種熱鬧場面，所以她在去年生日那天選擇逃跑以避開派對。今年的情況依舊相同，美雅拼命找機會想逃跑，而大家則是通力合作想盡辦法防堵，最後採用了阿響所想出的點子，找藉口把小寶寶卡露亞丟給美雅照顧，好讓她沒地方跑。此時，偏偏不巧碰上敵軍來襲，美雅與卡露亞慌亂中受困於故障的救生艇裏，在宇宙中漂流……

阿響在一場混戰中與同伴們失散了，墜落到一個奇妙的星球上。這個星球上住著一種能與精靈對話的特殊人類，他們能以心電感應溝通卻無法開口説話，在他們的指引下，阿響在這裏通過試煉，找到了自己存在的意義，成為一個真正的戰士。另一方面，多洛在檢視阿響的醫療記錄時發現，阿響竟然是第一代的移民人類，是在冷凍艙里長期睡眠後才醒來的，具有人類最原始的旺盛生命力……

經過漫長而驚險的旅程，妮魯凡娜艦終於即將抵達母星美潔爾，全體組員為此欣喜若狂，開始在艦上開派對慶祝。好不容易終於通過了磁氣風暴區域，美潔爾星與達拉剋星皆已映入眼簾，沒想到前方空域竟佈滿了達拉克的浮游機雷，並要求妮魯凡娜艦出示識別暗號，否則將發動攻擊。就在千鈞一髮之際，副艦長BC突然報上識別暗號，這時大家才知道原來BC居然是個男人……

在達拉克艦隊與美潔爾艦隊的雙重包圍之下，為了避免不必要的自相殘殺，妮魯凡娜艦選擇了投降。女海盜們被帶回美潔爾後全數遭審判而入獄，而多洛和巴特因被認定思想有問題，在回到達拉克後隨即遭嚴刑拷問，至於長期男扮女裝的副艦長BC則是受到長官嘉獎贈勳。阿響在醒來之後才發現，整個妮魯凡娜艦上除了他自己和標羅之外，昔日一起奮戰的夥伴們全都不在了……

達拉克與美潔爾這兩個對立的國家，其實是由七位第一代移民元老在幕後共同統治，他們不但不相信「收割」這件事，更對外封鎖消息不讓達拉克與美潔爾的人民知道。在所有的夥伴都回到妮魯凡娜艦之後，全員隨即進入戰鬥位置，準備迎擊來犯的地球艦隊。此時，在阿響的感召之下，達拉克、美潔爾、美納斯等釵h星球的艦隊都自動前來助陣，一場捍衞人類生存自由的大戰即將開始……

突破了磁氣風暴區域與浮游機雷陣地後，為數龐大的地球艦隊赫然出現在眼前，原本黑暗的太空在戰火點燃的剎那，隨即炙亮得有如白晝一般，兩軍艦艇傾巢而出追逐纏鬥，殺得是眼花撩亂難分難解。經過一番血戰之後，地球艦隊幾乎已被消滅殆盡，然而地球的最後王牌母艦卻在此時突然出現，挾其紅色貝克西斯的強大威力，殲敵無數所向披靡，並抓住了阿響、狄達、美雅、朱娜等人，戰局就這樣在一轉眼間逆轉……