Hibiki Tokai é um cidadão de terceira classe que é mecânico de peças. Quando ele se gaba para seus colegas de trabalho de que pode e iria roubar um Vanguard, que é um dos veículos de combate de elite do Império usado para se defender dos Mejale, ele se vê preso em suas próprias palavras. Para silenciar seus duvidosos colegas de trabalho, ele tem que entrar furtivamente no navio de guerra Ikazuchi e encontrar o Vanguard com a parte marcada que o torna seu. Porém, nem tudo sai como planejado, pois o Ikazuchi sai em órbita 2 horas antes com Hibiki preso a bordo. Como se as coisas não pudessem piorar, os Ikazuchi também são atacados por um grupo de mulheres temíveis de Mejale - e não apenas mulheres Mejale, mas piratas!

Hibiki é capturado por um navio cheio de mulheres após ser abandonado por seus concidadãos, com exceção de outros dois homens azarados - Bart Garsus, um covarde e autoproclamado "timoneiro" e Duero, um estudante altamente educado que tinha torne-se um médico por capricho para permanecer vivo. As coisas parecem terríveis para os homens - mas enquanto os piratas decidem sobre o destino de seus novos prisioneiros, um inimigo misterioso começa a atacá-los.

A ameaça já passou, mas o novo navio está instável, deixando a tripulação perplexa sobre como operá-lo. Um por um, os homens são retirados de suas celas para tentar ajudar nos reparos do navio. No entanto, pode não haver tempo para relaxar, pois Dita e Gascogne desaparecem em uma missão de abastecimento e coleta de informações, e a nave mergulha em uma nebulosa e um campo de asteróides que ameaça despedaçá-la. Resta à tripulação trabalhar mais uma vez em conjunto para superar suas dificuldades. Na sequência, a tripulação descobre que levará 270 dias para voltar para casa, pois foram jogados em uma parte remota do espaço. Com este novo conhecimento, os homens e as mulheres percebem que trabalhar juntos é uma necessidade para voltarem para casa.

O navio tem um novo nome graças a Parfet… Nirvana, nome que simboliza Harmonia, Estabilidade e Alegria. Dita ainda tem interesse no "alienígena" Hibiki, que acha a garota altamente enérgica irritante e prefere perder tempo tentando descobrir mais sobre sua Vanguarda. Enquanto isso, Jura planeja encontrar uma maneira de se unir à Vanguarda de Hibiki. O Nirvana então se depara com um planeta árido e desértico, onde encontram uma estrutura artificial parcialmente enterrada na areia. Hibiki não fica feliz quando as pilotos começam a treinar nas outras Vanguardas que sobram para descer à superfície do planeta - especialmente quando decidem pintá-las com todos os tipos de cores ridículas. Apesar da infelicidade de Hibiki, os Vanguardas descem à superfície e se encontram em apuros – mas sair da situação pode ser a única maneira de descobrir qual é exatamente a motivação do misterioso inimigo.

Meia está em apuros! Gravemente ferida em uma batalha e, como resultado, tendo alguns “problemas pessoais”, ela está enfrentando uma grande luta por sua vida. Os demais pilotos não aceitam bem a ideia de que talvez tenham que substituir Meia, e Jura não consegue comandar os Dreads em seu lugar. Duero, Parfait e Paiway lutam para salvar a vida de Meia enquanto Meia tem flashbacks de seu passado turbulento e conturbado. O último ataque inimigo pode impedir sua capacidade de trazê-la de volta da beira da morte, entretanto, e cabe a Hibiki, entre todas as pessoas, bolar um plano que possa salvá-los a todos.

Agora que as coisas se acalmaram relativamente, Hibiki descobre que ainda tem um grande problema - Dita, que ainda está muito interessada nele, e cujas ações altamente curiosas estão começando a irritá-lo. Hibiki, sem experiência em lidar com mulheres, não sabe o que fazer a respeito da situação e acaba inadvertidamente ferindo os sentimentos de Dita. Num raro momento de depressão, Dita chega ao ponto de não falar com Hibiki e afirmar que na batalha ela nem se combinará com seu Vandread. A divisão pode parecer impossível de superar, mas Hibiki até vai à Gasconha para obter conselhos sobre o que fazer. Dita começa a perceber que seus sentimentos por Hibiki podem ir além da simples curiosidade, mas espero que não seja tarde demais para perdoar e esquecer...

A tripulação na jornada de volta para casa se depara com uma colônia espacial, onde encontram um macaco que mais tarde descobririam se chamar Utan. Eles também encontram o proprietário de Utan, Rabat, que está mais do que feliz em conhecer a tripulação. Ele consegue embarcar no navio e tenta vender coisas para eles, como qualquer bom vendedor faria. No entanto, Hibiki, BC, e alguns do resto da tripulação suspeitam que ele pode estar escondendo seus verdadeiros motivos, e quando Rabat tenta forçar sua entrada na Vanguarda de Hibiki para descobrir o segredo dos Vandreads, seus medos se concretizam. Dita é a única coisa que fica entre Rabat e a Vanguarda, mas um furioso Hibiki pode chegar a tempo de defendê-la e à Vanguarda com as próprias mãos, se for necessário.

A tripulação do Nirvana se depara com um planeta quase totalmente coberto de água. Existe uma ilha no planeta, mas antes que tenham tempo de investigar, eles devem enfrentar oponentes em forma de cubo. Jura está determinada como sempre a se unir a Hibiki, e esta é a oportunidade perfeita para ela fazer isso - embora o resultado possa não ser o que ela necessariamente esperava. Enquanto Hibiki e Jura caem na superfície do planeta, o Capitão e BC descem para investigar e encontram os habitantes locais, que parecem estar dispostos a serem colhidos pela frota Harvest. Meia e Dita tentam desesperadamente adiar a nova nave da frota Harvest que está se aproximando do planeta, mas pode ser que Hibiki motive Jura extremamente deprimida a lutar no novo Vandread a fim de salvar a todos.

É época de Natal no Nirvana, o que resulta em confusão para os rapazes e emoção para as mulheres - até mesmo para Magno. BC é o único que permanece em sua estação, e ela pode encontrar algo estranho no cometa que está passando. Enquanto isso, quando Hibiki e os outros rapazes encontram um vídeo antigo que mostra uma família comemorando o Natal junta, eles ficam surpresos ao ver que mostra um homem e uma mulher vivendo sob o mesmo teto! A fonte dos problemas dos homens não é o conteúdo do vídeo - eles acabaram de descobrir que dar presentes faz parte do costume de Natal e todos têm apenas algumas escassas horas antes de fazê-lo!

Se há uma coisa em que Hibiki é bom, é bancar o mula de carga para os esquemas estúpidos de Dita. Desta vez, os dois estão roubando o navio, coletando alimentos para algum propósito não especificado. Eles estão surpreendendo o navio com um jantar ou apenas sendo gananciosos? Suas ações suspeitas acabam despertando a curiosidade de Paiway, mas ela só fica magoada depois de ser aparentemente rejeitada por Dita. Enquanto isso, Bart não se sente confortável. Não importa o que aconteça, ele reclama, a tripulação simplesmente não parece estar gostando dele. Felizmente, Duero preparou alguns conselhos que podem ajudar - embora Bart tenda a interpretar as coisas literalmente...

As coisas estão ficando ainda mais hostis a bordo do Nirvana, à medida que as mulheres juram nunca mais depender da ajuda dos homens. Rabat ajuda Hibiki de volta após sua provação lutando contra os alienígenas, mas é imediatamente preso com os outros homens por seu problema. Apesar das objeções de Meia e Magno, Barnette e o resto das mulheres ainda estão determinados a lutar contra a nave-mãe da frota Harvest sem Hibiki ou os outros homens. Sem nenhuma navegação possível para o Nirvana, e sem Vandreads, as mulheres enfrentam o que parecem ser probabilidades impossíveis, mas sentem que a sua própria força de vontade as tornará vitoriosas...

A tripulação do Nirvana, sem os homens, encontra-se num momento absolutamente crucial. Eles estão enfrentando uma nave alienígena e, ao mesmo tempo, aprendem alguns detalhes muito perturbadores sobre as origens dos alienígenas. Os próprios alienígenas possuem algumas armas secretas, o que se revela uma surpresa muito desagradável para Meia e seus esquadrões Dread. Entretanto, os homens libertam-se graças a Rabat, embora as razões de Rabat possam estar longe de ser virtuosas. Apesar da ajuda tardia dos homens, os Dreads são espancados e em menor número, e o Nirvana recua para a segurança temporária de um gigante gasoso. Uma vez lá, Hibiki começa a trabalhar em seu plano de ataque. Tudo o que ele precisa fazer é destruir a enorme força inimiga, sozinho, se necessário. Mas com a confiança de todos, exceto a sinalização de Dita, ele conseguirá sobreviver?