【北部パトリアユニオン】と【南部パトリア連合】。永きに渡る内戦に終止符を打つべく、【北軍】は禁忌の力を用いる。【擬神兵】、その神にも喩えられる力により、戦局は一気に覆ることとなる。【擬神兵】は戦場に勝利をもたらし英雄として迎えられたが、人には過ぎるその力は諸刃の剣でもあり、輝かしい戦果の裏で【擬神兵】たちの運命は次第に狂っていく。そして、【擬神兵部隊】隊長【ハンク】はある誓いを立てる。

リヴレットウッド村の外れで、少女【シャール】は孤児院を営む父【ウィリアム】や孤児たちと慎ましく暮らしていた。しかし内戦により物資の値段は高騰、【シャール】たちは自給自足を余儀なくされてしまう。そんな或る日、【ウィリアム】の元に軍情報部が来訪。【特別な適性】があると告げられた【ウィリアム】は、【シャール】たちの未来の為に、戦地に赴く決心をする。やがて内戦が終わり、【ウィリアム】は村に戻ってきた。【擬神兵】ニーズヘッグとなって。

父の仇である獣狩りの男【ハンク】と共に旅をすることになった【シャール】。二人が向かった先は、巨大な要塞が聳え立つ街【ローグヒル】。化け物が住み着き、今なお戦争が終わらない街。そこで待っていたのは【ハンク】をサポートする軍人【ライザ】。彼女の話によると要塞を作ったのは【擬神兵】ミノタウロスであるという。

【ハンク】は自身が立てた誓いを胸に要塞へと向かう。歪な形に肥大した“完璧”な要塞を前に、彼は呟く「あいつを獣にしたのは俺なんだ」と。

蒸気機関車で国境へと向かう【ハンク】と【シャール】。国境の谷に架かる大陸一の鉄橋は、【北部】と【南部】の境界に位置しており、平和の架け橋と呼ばれ、戦後を生きる者たちの生活を支えている。その鉄橋に迫るように前進を続ける【擬神兵ベヒモス】＝【アーサー・オールストン】を止める為、【ハンク】はこの地に呼ばれていた。無数の砲弾を浴びて尚前進する【擬神兵ベヒモス】を、【ハンク】は止めることができるのか!?

【蒸気都市ホワイトチャーチ】。世に擬神兵を解き放った男【ケイン・マッドハウス】を求め、この地へ来た【ハンク】達。【ライザ】の情報によると、彼は貧民街の一角で夜毎、街の住人を殺して回っているという。その目的に迫る為、調査を始めた【ハンク】達に更なる犠牲者が出たとの情報が飛び込んでくる。死体に残された爪痕から【ハンク】はケインの仕業では無いと断定する。そこに目撃者が現れ、証言する。「悪魔の石像がやった」のだと。【ハンク】はその言葉に敵の正体を知るのだった。

ついにその姿を現した宿敵の男【ケイン・マッドハウス】。不意を突かれ、身動きの取れない【ハンク】は、【シャール】を捕らえられてしまう。奪われた【シャール】を取り戻すため、【ハンク】は【ケイン】の招きに応じ、罠を覚悟で夜会へと単身向かう。そこは、正装の人々で賑わう富裕層のパーティーだった。やがて、どよめきと拍手に迎えられ姿を現す宿敵【ケイン】。眼下に【ハンク】を認めると妖しい笑みを投げる。その真意とは何か?

【ケイン・マッドハウス】の仕掛けたホワイトチャーチ事件後、【ハンク】は姿を消した。そして、夜会で【ケイン】が発した宣言は、やがて【パトリア】全土を揺るがす大きな動乱となり、パトリアに再び戦争の足音が近づきつつあるのだった。

それから約ひと月後、故郷リヴレットウッド村に【シャール】の姿があった。

来るべき戦争に備え、擬神兵掃討を急ぐ【北部パトリアユニオン】。港町ポートガルフには、補給船を待つ擬神兵討伐部隊【クーデグラース】隊長【クロード】の姿があった。時を同じくして、独り波打ち際を歩く【シャール】は、儚くも美しい歌声を聴く。その歌に誘われ向かった海祠で【シャール】は、【擬神兵セイレーン】＝【ベアトリス】と【チャールズ】に出会うのだった。

内戦時代は共に背を預けて戦いながら、今は意志の違いから敵対する【ハンク】と【ロイ】。擬神兵【ウェアウルフ】と【ガルム】として激しい肉弾戦を繰り広げる二人だったが、擬神兵討伐部隊【クーデグラース】の乱入によって、ハンクは崖から深い谷底へと落ちてしまった。かつての仲間を手にかけてることに苦悩していた【ハンク】が、混濁する意識の中で出会った者は･･･。

要衝【ボルドクリーク】に建てられた【新パトリア】の巨大要塞。総力を挙げ、要塞を落とすべく編成される【北軍】の攻略部隊。そこに合流する【クロード】率いる擬神兵討伐部隊【クーデグラース】。その中には制服に身を包んだ【ハンク】の姿があった。攻略部隊指揮官【マーティン・ウォール大佐】の言葉に、敵は【擬神兵ケンタウロス】＝【マイルズ・バロン】だと察する【ハンク】。戦場でまみえた昔と変わらぬ【マイルズ】を前に【ハンク】の取った行動は……。

対峙する二人の擬神兵【ハンク】と【マイルズ】。互いを確かめる様に言葉を、その力を交わす。だが…激しい攻防を繰り広げた二人の決着は、思いもよらぬ形で訪れる。そしてハンクの前に仇敵【ケイン】が姿を見せる。【エレイン】を撃ち、擬神兵を解き放った男がハンクに対し明かす、野望とは…？