Kanata Hoshijima und acht Schüler der Caird-Oberschule brechen auf zu einem interplanetaren Ferienlager. Kurz nach der Ankunft auf Planet McPa werden sie von einer mysteriösen Kugel eingesogen und in den Weltraum geschleudert. Beim anschließenden Versuch, mit dem Raumschiff in die Heimat zurückzukehren, müssen sie feststellen, dass sie 5012 Lichtjahre entfernt sind.

Es kommt in der Gruppe zu ersten Spannungen zwischen den Stiefschwestern Quitterie und Funicia. Als Funicia schließlich auch ihre Beweggründe für ihre Erkundungstour im Alleingang offenbart, ist nicht zuletzt Quitterie von ihrem Mut berührt und die Gruppe wächst wieder zusammen.

Kanata beobachtet seine Teammitglieder misstrauisch, kann aber keinen eindeutigen Beweis für die Sabotage des Kommunikationssystems finden. Funicia erzählt, dass angeblich ein Plan existiert, der die Eliminierung der ganzen Gruppe zum Ziel hat. Die Wand des Raumschiffs zerbricht plötzlich durch den Aufprall eines Meteoriten. Eine Echse ist im Raumschiff und die Gravitation gerät außer Kontrolle.

Kanata beschließt, die Suche nach dem Verdächtigen aufzugeben und sich auf das Wohl der Gruppe zu konzentrieren. Auch in der Gruppe drohen neue Spannungen: als unfähig abgestempelt und von Schuldgefühlen geplagt, verlässt YunHua das Raumschiff. Während Kanata sich auf die Suche nach den Heilpilzen begibt, fängt YunHua an zu singen und spendet ihren Kameraden damit Hoffnung.

YunHua hat die Mitglieder der Gruppe B5 gerettet und deren Vertrauen gewonnen. Im Weltraum sind Kanata und die Anderen inzwischen auf dem dritten Planeten Arispade angekommen: Als Ulgar erfährt, dass Lucas Vater der Politiker Marco ist, richtet er, ohne Vorwarnung, seine Pistole auf Luca.

Es stellt sich heraus, das Lucas Vater, der Politiker Marco Esposito, der Todfeind von Ulgar ist. Denn er ist schuld am Tod seines geliebten Bruders und deshalb brachte sich Ulgar selbst das Schießen bei, um irgendwann seinen Bruder zu rächen. Im Angesicht des Todes behält Luca die Fassung und erklärt, dass sein Vater auch ihn aufgegeben hat und sein Tod damit nicht für Trauer sorgen würde.

Ergriffen von den wahren Beweggründen akzeptiert die Gruppe Charce wieder in ihrer Mitte. Das überraschende Ende ihrer Rückkehrmission stürzt die Gruppe in Verzweiflung, aber sie wollen nicht aufgeben und stoßen bei Erkundungen auf ein weiteres Raumschiff, auf dem es eine Überlebende zu geben scheint …

Sie stellt sich ihnen als Paulina Levinskaya, Ingenieurin des Schiffes Arc VI, vor und hat gute Nachrichten: Da die Astra und die Arc VI baugleich sind, kann die Lichtgeschwindigkeitsnavigation der Astra problemlos instandgesetzt werden. Interessehalber scannen sie ihre DNA und es stellt sich heraus, dass ihre genetischen Informationen übereinstimmen – sie also ein und dieselbe Person sind.

Es ist nicht die Erde, sondern ein Planet namens Astra. Paulina berichtet den anderen, dass im Jahr 2057 ein riesiger Meteorit auf der Erde aufschlagen sollte, weshalb sie mit ihrer Forschungsgruppe auf der Suche nach neuen Planeten zur Umsiedlung der Menschheit war. Sie vermutet, dass die Menschheit während ihres Kälteschlafs auf Planet Astra umgesiedelt wurde.

Der wahre Attentäter ist Charce, er erzählt von seiner geheimen Geburt als Klon des Vixia-Königs Noah. Aries ist der Klon von Seira, der einzigen Tochter des Königs, und es ist Charces Aufgabe, sie zum König zurückzubringen. Aber der in die Ecke gedrängte Charce ruft das künstliche Wurmloch hervor, mit der Absicht, sich selbst zu vernichten …

Bevor die Gruppe jedoch auf ihren Heimatplaneten zurückkehrt, erfahren die Mitglieder die ganze Wahrheit: Um die Menschheit vor dem Untergang durch den Meteoriteneinschlag zu bewahren, sollte die Menschheit auf den Planeten Astra umgesiedelt werden. Trotz aller großen Hindernisse gelingt es der Gruppe, schlussendlich auf ihren Heimatplaneten zurückzukehren.