時值太空旅行已司空見慣的時代。凱亞德高中的學生愛莉耶斯·史普林，因為即將啟程參加第一次行星露營而激動不已。和她同屬一個小組的是，包括在太空港有過一面之緣的彼方·星島在內的9名成員。一行人順利抵達了行星馬庫帕……但是很快就發生了出人意料的事態。

為了獲得20天量的食物和水，彼方等人降落到了行星維拉瓦斯上。隊員們一邊被特異的生態系統捉弄，一邊為了生存而齊心協力，並逐漸開始習慣上面的環境。但是，在他們剛剛獲得足夠的食物和水之後，神秘的球體又再一次出現了！

破壞了通信器的犯人就在這些人當中——彼方向每一名隊員投去了懷疑的眼神，但是卻沒能找到任何證據。遭受著猜忌心折磨的彼方，終於向隊員們道出了真相。就在每個人都陷入混亂之中，開始疑神疑鬼的時候，阿斯特拉號的牆壁突然爆炸了！

克服墜落危機之後，阿斯特拉號抵達了第2顆行星夏穆亞。彼方放棄了尋找犯人，把讓所有人存活下去列為優先事項。行星探索進展得很順利，並且也有望獲得食物和飲用水。彼方等人為此都開始興奮了起來，但唯獨溫琺一個人，似乎有些怏怏不樂……

盧卡的父親馬爾科・艾斯伯基特，是烏魯克的仇人。為了向奪走自己珍視的兄長的馬爾科報仇，烏魯克不斷磨練自己的射擊技術，並耐心等候著機會。只要殺掉盧卡，就能給予馬爾科同樣的痛苦。面對扳機上所包藏的憎惡，盧卡她……

在抵達行星伊克里斯之前，一件事震撼了整個B5班。原來謝魯斯原本並不是凱亞德高中的學生，而是在舉辦行星露營前才剛剛轉校過來的。為什麼謝魯斯一直很不自然地隱瞞著自己是轉學生的事實呢？此刻謝魯斯的出身被揭曉，彼方等人會作何反應呢……

彼方等人發現了一艘和阿斯特拉號同型號的太空飛船，並在船艙內發現了一名處於人工冬眠狀態的倖存者。她的名字叫作波麗娜・里維斯卡亞。她自稱是這艘飛船方舟6號上的船員。另外，方舟6號的發現也給阿斯特拉號的修理工作帶來了一絲曙光。

凱特麗和芙尼西亞並非親姐妹，而是擁有相同DNA的克隆人。根據這一事實進行推測，B5班的成員有可能都是以父母為原型的克隆人。不可思議的是，札克的父親的研究方向是記憶移植，據說要想成功移植，就必須有一具擁有相同基因的身體。

彼方等人的故鄉並非「地球」，而是「行星阿斯特拉」。它們雖然長得相似，但卻是完全不同的兩顆星球，從某一個時點開始它們各自的歷史便走向了迥然不同的方向。另一邊，在抵達行星伽雷姆之前，彼方帶著一臉毅然的表情造訪了愛莉耶斯的居室。面對慌張的愛莉耶斯，彼方將……

刺客是謝魯斯。一直在一起旅行的同伴，為何會背負著殺害所有成員的使命呢？其中的理由，與謝魯斯的出生地維克西亞王政地區所隱藏的某個秘密有關。那個秘密，和愛莉耶斯也多少有些關聯……

彼方犧牲自己的右手，成功阻止了謝魯斯的計畫。發誓要為自己而活的謝魯斯，開始講述被封印在維克西亞王政地區的世界的秘密。長達5012光年的旅途即將結束。彼方等人接納了這個真相，準備在行星阿斯特拉上降落。