Nella Caprica City di qualche anno prima dello scoppio della guerra che portarà alla caduta delle Dodici Colonie, il magnate e genio della cibernetica Daniel Graystone viene colpito da un grave lutto. Nello stesso attentato periscono anche la moglie e la figlia di Joseph Adama, prominente avvocato proveniente da Tauron.

In seguito all'attentato in cui ha perso la vita la figlia, Daniel Graystone si immerge nel lavoro, cercando di capire come mai riesce a creare un solo robot intelligente, senza comprendere che la risposta dipende dal fatto che parte della figlia è sopravvissuta all'esplosione e gli è più vicina di quanto si aspetti. Tormentata dal dolore, Amanda Graystone è ossessionata dalla scoperta di quello che la figlia era in realtà e lentamente comincia a mettere insieme i pezzi della vita di Zoe.

In seguito alla dichiarazione pubblica di Amanda riguardo il coinvolgimento della figlia nella tragedia, i Graystone devono affrontare la rabbia dei concittadini. Per Daniel questo comprende un confronto con Sam e Joseph Adama, in cui Joseph chiede di potere reincontrare l'avatar della figlia. Daniel si rende conto di non poter affrontare la sua sofferenza in privato.

I Graystone devono occuparsi di gestire la situazione mentre la vendetta nei loro confronti inizia a prendere forma.

Joseph Adama cerca di dimostrarsi disponibile nei confronti del figlio, mentre la figlia Tamara scopre un nuovo aspetto del mondo virtuale. Danile propone un nuovo prodotto alla Graystone Industries.

Danile Graystone deve affrontare un suo rivale, mentre Suor Clarice si avvicina sempre di più all'avatar di Zoe.

Amanda teme per la propria sanità mentale, mentre Daniel e Joseph si avvicinano sempre di più alle proprie figlie.

Daniel inizia a sospettare che l'avatar di Zoe sia nel robot, ma le sue richieste alla figlia di uscire allo scoperto restano senza risposta. Nel tentativo di forzarla, lancia una campagna di torture psicologiche, che la forzano a prendere una decisione da cui non può tornare indietro.

Quando Daniel stabilisce una scadenza per il reset del Cylone U-87, interrompendo l'esistenza di Zoe, lei fa un disperato tentativo per salvarsi. Quando il suo piano le si ritorce contro, si ritrova senza più tempo e senza opzioni. Daniel fa una confessione ad Amanda, spingendola oltre il limite.

Daniel fa un accordo con i Ha'la'tha per riguadagnare il controllo delle Graystone Industries. Clarice suggerisce la creazione di una nuova religione basata sull'invenzione di Zoe.

Daniel ricatta membri della commissione per ottenere il numero sufficiente di voti per occupare nuovamente una posizione di controllo delle Graystone Industries. Intanto un attentato pianificato va storto, portando Clarice e Barnabas allo scontro finale. Amanda inizia a sospettare di Clarice, ritenendola coinvolta nella morte di Zoe.

Zoe, ritenendo che Tamara possegga la chiave per un obiettivo più alto, cerca la ragazza nei luoghi più pericolosi.

Amanda si è appena trasferita in casa di Clarice, ma ha difficoltà a legare con gli altri membri della famiglia. Daniel è frustrato della superficialità dell'avatar della moglie e perde di vista le cose più importanti. Sam usa l'invenzione di Daniel per sistemare una faccenda personale con un altro Tauron.

Lucy arriva a Gemenon ma sulla strada per il ritiro spirituale, le e le nuove reclute vengono rapiti da un'altra nave che si dichiara essere devota agli Dei. Daniel scopre che Guatrau sta usando le Graystone Industries per dare sostegno ai terroristi. Clarice riesce a mettere le mani sulla password di Zoe.

Attraverso dei flashbacks assistiamo a cosa è successo ai genitori di Joseph e Samuel su Tauron e come gli altri fratelli sono giunti a un'importante decisione. Daniel si rende conto di essere sulla lista dei bersagli di Guatrau e cerca di scampare al tentato assassinio. Intanto Zoe e Tamara si stanno facendo conoscere a Caprica City come gli Angeli Vendicatori.

Attraverso uno stratagemma, l'Agente Duram viene scacciato dal GDD, ma continua a lavorare con Amanda e le cheide di rubare l'holoband di Clarice come prova. Allo stesso tempo Clarice e la sua famiglia scoprono di aver ucciso la persona sbagliata.

Amanda e Daniel si recano nel mondo virtuale per fare pace con Zoe, ma lei non è pronta a perdonarli. Mentre i Graystones sono impegnati nel viaggio virtuale, Clarice e la gang irrompono nella loro casa e intendono ucciderli e recuperare l'holoband rubato. Nel frattempo Guatrau scopre il tradimento degli Adama e istruisce un killer per ucciderli.

La battaglia finale vede i Cylons contro i terroristi, Daniel scoperto dal GDD e gli appartenenti all STO portare avanti il loro piano di far saltare l'arena alla fine dell'inno di Caprica. I Cylons riescono ad eliminare tutti i terroristi e a salvare l'arena diventando così degli eroi e parti integranti della società, facendosi carico di lavori che gli esseri umani trovano indesiderabili. Gli Adama hanno un figlio, che chiamano Bill in onore del defunto William. Nonostante abbiamo fallito, gli STO decidono di cambiare tattica e invece di reclutare nuovi adepti cominciano a contattare e plagiare i Cylons.