独孤无敌与云飞扬决斗，无敌因为服用过量药物催谷身体力量，最终身体爆炸而亡。陆迁一家惨遭刘瑾陷害而灭门，唯一残存的陆丹亦被发配到边疆。小子为歛财，假意向边城客栈掌柜提亲，岂料遇上东厂锦衣卫到来大开杀戒。

小子为报酬，协助柳先秋、紫衫龙王和吴将军营救陆丹，可惜众人不敌锦衣卫，幸云飞扬出手相救。丹感命途坎坷欲寻死，被扬教训，丹决意报仇欲拜扬为师遭拒。白莲教的天地双尊捉了傅香君，要胁扬自断双掌，却被扬打退。

苗人贝贝救了身中瘴毒的陆丹，二人成为朋友。小子欲偷萨高孟都的宝石，结果失败被擒。丹得贝相助往拯救子，却被都发现，并向二人下蛊。云飞扬带傅香君往求唐百川救君遭拒，扬助川对付金花鬼母后，川改变初衷救治君。

傅香君解毒后，向云飞扬表白爱意，但扬表明一生只爱独孤凤。小子和陆丹被苗人当成奴隶，二人的感情也渐变深厚。贝贝患上麻疹，被萨高孟都送到山上等死，丹逃狱医治她。都认定族人的灾难由汉人带来，决要烧死子和丹。

贝贝赤裸身体在寒潭中替陆丹解除蛊毒后，二人私订终生，惜贝被萨高孟都捉回家。小子偷取苗族宝石被发现，避走至圣洞内，他突然被一巨型蚕虫袭击，子将它咬死，并得云飞扬助逃。子醒来，发现全身长出蚕丝，大惊不已。

武当与白莲教的十年一战，枯木道长不敌不老神仙而丧命，白石道长接任武当掌门之职。陆丹在武当学武未成，跟小子学「着草步法」又被石斥责，子为助丹打好根基，二人决定潜入藏经阁偷取武林秘笈，丹欲逃离时误堕机关。

小子偷了郡主的令牌，与南偷混入驿站偷窃，被郡主等人发现追捕，子被擒获。皇上送给唐百川的贺礼不翼而飞，郡主认定是子所为，气得子脱掉衣服以示清白。原来锦盒暗格内藏着皇上的密函，川奉召上京商讨对策对付刘瑾。

唐百川不肯归顺白莲教，地尊在唐家堡外放毒火胁迫川，又断绝唐家的水源。川决定独闯地尊的妖阵，却失败受伤而回。北盗乘纸鸢来到向川贺寿，并请缨潜入白莲教内下毒，南偷不欲让北盗独领功劳，也提出同往进行任务。

南偷、北盗在白莲教的饭菜下毒，又破了地尊对唐家堡所施的妖阵，唐百川遂率众杀入白莲教，打退地尊。小子当众辱骂川是武林败类，并愤然离去。白石道长发现陆丹偷学武当武功，欲废其武功时，柳先秋和紫衫龙王来找丹。

柳先秋和紫衫龙王救出陆丹，并要求他主持杀龙大会。正德拒立刘瑾的侄女刘月婵为后。刘义汉和徐廷封出使苗疆议和，汉趁封与萨高孟都和谈时，竟派军队攻入苗区。都率兵夜袭明军欲杀汉、封、傅香君时，都突然头痛昏倒。

正德秘密与唐百川会面，却被不老神仙追杀，德失足堕海。徐廷封欲向德告发刘义汉，反被刘瑾诬告，将他收监及查封家产。德被渔民救起却失忆，其后他因吃霸王餐而认识了小子、陆丹；小子偷了德的玉佩，更将德贩卖图利。

小子见正德被当成奴隶来拉车，于心不忍替他赎身。子、陆丹、德结拜为异姓兄弟。徐忆兰闯天牢被发现，幸得潜入宫中的云飞扬出手相救。兰带扬往见唐百川、唐宁和傅香君，众人商讨营救徐廷封。另一边厢，刘瑾布阵防备。

云飞扬难忘独孤凤，傅香君感伤心。君得悉扬独闯天牢营救徐廷封，尾随而至相助，但封拒绝逃狱。小子、陆丹和正德来到梅龙镇，德在龙凤店遇到他口中的仙女李凤。德向凤示爱，又为她做纸鸢，更表示愿意照顾她一生一世。

千总之子周时裕因追求李凤不遂，害正德和陆丹被收监，更欲对二人不利，幸小子及各路群雄赶往救人。郡主偷偷探得刘瑾找人假冒皇帝一事；瑾担心事情败露，决定处斩徐廷封。郡主、唐百川等人得悉后，均计划往劫法场。

郡主、唐百川等人分别往劫法场救徐廷封，却不敌刘瑾，幸云飞扬出现击退瑾。群雄潜入皇宫屠龙不成，正德遇上刘瑾，头痛不已。李凤被迫嫁给周时裕，德赶往带走凤，并向她提亲。陆丹苦练六绝剑法的同时，德渐恢复记忆。

郡主认出正德，德却拒绝回宫，并与李凤成婚。地尊奉命往杀德等人，幸唐百川等及时相救。陆丹得悉德的皇帝身份，欲杀德时，小子以身阻止，丹杀德不遂，扬言与子割袍断义，恩断义绝。德决定借助武当等人之力重掌朝政。

陆丹欲杀李凤泄忿，小子及时阻止；丹拒看德的信，并与子反目。子为逃避萨高孟都的追杀而跳海，被白莲教弟子救走。德等人到达武当商讨计谋，白石道人原来背后勾结刘瑾。子得知不老神仙要杀上武当，施计逃往通风报信。

云飞扬误服化功散不敌不老神仙，幸得小子相助击退她。事后子因经脉尽断而死，其遗体安放于寒潭内。刘瑾杀了假皇帝，并嫁祸成王谋反。郡主伴着子的尸体，一觉醒来发现其尸首长出蚕丝，扬表示子将破蚕而出，得以复生。

萨高孟都为吸取真气，偷走小子的蚕茧，云飞扬阻止却不敌，时子突破茧而出并打退都。刘瑾拿着龙袍到武当，请正德回京。都为得到天蚕神功口诀，再向扬下手，反中了毒针，后得陆丹相救。德提议子与刘义汉决斗解决私怨。

小子和刘义汉比武，汉被打得落花流水，正德把内庭侍卫统领一职交由子接任，刘瑾不忿。太后命瑾阻止李凤入宫，他却把凤毒死，令德和太后反目。陆丹陪着受伤的萨高孟都回苗区，他为了贝贝，表示愿意成为苗人，都答允。

陆丹正式成为苗人后，偷偷走入圣洞，并发现配合武当心法，便能练成天蚕魔功。小子因目不识丁，遭刘瑾留难而险被太后斩首；他又被郡主和徐忆兰玩弄，于是子装疯反戏弄二人。正德派子到苗疆，会合王守仁进行议和招安。

萨高孟都要贝贝入宫成为正德的妃子，伺机杀德，贝无奈答应；都讹骗陆丹贝被小子等人捉走，丹找子算帐却不敌。云飞扬和唐宁偷袭白莲教，地尊身亡，不老神仙和天尊也告受伤。扬得悉白石道长勾结白莲教，决意清理门户。

唐百川自觉亏待了二夫人和小儿子，让小子忆起往事，泪留满面。川和子奉命保护王守仁，川发现刺客是其胞弟常胜，终大义灭亲。柳先秋和紫衫龙王替陆丹运功疗伤，反被他用吸星大法吸去武功而死，不老神仙得悉后捉走丹。

唐百川遭刘瑾设局暗算，临终前云飞扬答应他照顾唐宁，川并与小子父子相认，还把玉锁交给子。子找刘瑾报杀父之仇失败，正德斥他冲动鲁莽，子愤然离宫。德打算到西山祭天之时诛杀刘瑾，另一方面，刘瑾亦决定起兵谋反。

正德和刘瑾的人马在西山展开对战，瑾不敌小子和唐宁而受伤，后得知奸计全盘失败欲逃走时，遭子打得粉身碎骨。不老神仙受伤逃回魔宫，却被自行松绑的陆丹吸光武功而死。萨高孟都利用贝贝向德下蛊，图谋夺取大明江山。

正德中了蛊毒，受萨高孟都控制，册封贝贝和都为贤妃和国师，其后更赐毒酒予徐廷封。傅香君携封的尸首在德面前刎颈自尽。陆丹潜入皇宫欲杀德不果，都安排他和贝见面。贝为丹戴起都所给的玉佩，其后丹感到胸口剧痛。

陆丹发现玉佩有毒，认定贝背叛他；丹逃往山洞疗伤，身体竟长出黑色的蚕丝。小子得知正德性情大变是萨高孟都所为，于是联同郡主和二皇爷设计对付他，不料云飞扬中了都的蛊毒，唐宁舍命相救，时都来袭，扬将他杀掉。

陆丹往武当取天蚕功口诀不果，大开杀戒，更控制武当弟子，云飞扬和小子往了解。扬遭丹暗算而断了一臂，自知命不久矣的他把功力传给子，希望他恢复天蚕神功后对付丹；扬发现天蚕再变的铜片，着子把他和铜片长埋黄土。

贝贝照顾受伤的陆丹，二人和好并结成夫妇。小子拒绝正德将郡主赐婚给他，不明因由的郡主难过得向子发脾气。丹为了怀有身孕的贝，放弃找德报仇及修练天蚕魔功，可是张翠霖来找丹算帐，让贝误堕山崖，重燃丹报仇之念。

（大结局）陆丹找正德报仇，郡主被胁并打至重伤，丹约小子在父亲忌辰当天决战。子因救治郡主后，只剩两成功力，故武当新掌门子虚助子修练天蚕再变武功。德独自往见丹，丹欲杀德时，子出现阻止，并与丹展开生死斗……