獨孤無敵與雲飛揚決鬥，無敵因為服用過量藥物催谷身體力量，最終身體爆炸而亡。陸遷一家慘遭劉瑾陷害而滅門，唯一殘存的陸丹亦被發配到邊疆。小子為歛財，假意向邊城客棧掌櫃提親，豈料遇上東廠錦衣衛到來大開殺戒。

小子為報酬，協助柳先秋、紫衫龍王和吳將軍營救陸丹，可惜眾人不敵錦衣衛，幸雲飛揚出手相救。丹感命途坎坷欲尋死，被揚教訓，丹決意報仇欲拜揚為師遭拒。白蓮教的天地雙尊捉了傅香君，要脅揚自斷雙掌，卻被揚打退。

苗人貝貝救了身中瘴毒的陸丹，二人成為朋友。小子欲偷薩高孟都的寶石，結果失敗被擒。丹得貝相助往拯救子，卻被都發現，並向二人下蠱。雲飛揚帶傅香君往求唐百川救君遭拒，揚助川對付金花鬼母後，川改變初衷救治君。

傅香君解毒後，向雲飛揚表白愛意，但揚表明一生只愛獨孤鳳。小子和陸丹被苗人當成奴隸，二人的感情也漸變深厚。貝貝患上麻疹，被薩高孟都送到山上等死，丹逃獄醫治她。都認定族人的災難由漢人帶來，決要燒死子和丹。

貝貝赤裸身體在寒潭中替陸丹解除蠱毒後，二人私訂終生，惜貝被薩高孟都捉回家。小子偷取苗族寶石被發現，避走至聖洞內，他突然被一巨型蠶蟲襲擊，子將牠咬死，並得雲飛揚助逃。子醒來，發現全身長出蠶絲，大驚不已。

武當與白蓮教的十年一戰，枯木道長不敵不老神仙而喪命，白石道長接任武當掌門之職。陸丹在武當學武未成，跟小子學「著草步法」又被石斥責，子為助丹打好根基，二人決定潛入藏經閣偷取武林秘笈，丹欲逃離時誤墮機關。

小子的師父南偷救出被困藏經閣的子和陸丹。徐憶蘭不滿傅香君搶去其父徐廷封對她的關心，君解釋不獲接納，時蘭失足墮崖，君奮不顧身救回她一命。子險被郡主朱菁照的馬匹撞倒，又被她阻撓買酒，子遂偷走其包袱及馬匹。

小子偷了郡主的令牌，與南偷混入驛站偷竊，被郡主等人發現追捕，子被擒獲。皇上送給唐百川的賀禮不翼而飛，郡主認定是子所為，氣得子脫掉衣服以示清白。原來錦盒暗格內藏著皇上的密函，川奉召上京商討對策對付劉瑾。

唐百川不肯歸順白蓮教，地尊在唐家堡外放毒火脅迫川，又斷絕唐家的水源。川決定獨闖地尊的妖陣，卻失敗受傷而回。北盜乘紙鳶來到向川賀壽，並請纓潛入白蓮教內下毒，南偷不欲讓北盜獨領功勞，也提出同往進行任務。

南偷、北盜在白蓮教的飯菜下毒，又破了地尊對唐家堡所施的妖陣，唐百川遂率眾殺入白蓮教，打退地尊。小子當眾辱罵川是武林敗類，並憤然離去。白石道長發現陸丹偷學武當武功，欲廢其武功時，柳先秋和紫衫龍王來找丹。

柳先秋和紫衫龍王救出陸丹，並要求他主持殺龍大會。正德拒立劉瑾的侄女劉月嬋為后。劉義漢和徐廷封出使苗疆議和，漢趁封與薩高孟都和談時，竟派軍隊攻入苗區。都率兵夜襲明軍欲殺漢、封、傅香君時，都突然頭痛昏倒。

正德秘密與唐百川會面，卻被不老神仙追殺，德失足墮海。徐廷封欲向德告發劉義漢，反被劉瑾誣告，將他收監及查封家產。德被漁民救起卻失憶，其後他因吃霸王餐而認識了小子、陸丹；小子偷了德的玉佩，更將德販賣圖利。

小子見正德被當成奴隸來拉車，於心不忍替他贖身。子、陸丹、德結拜為異姓兄弟。徐憶蘭闖天牢被發現，幸得潛入宮中的雲飛揚出手相救。蘭帶揚往見唐百川、唐寧和傅香君，眾人商討營救徐廷封。另一邊廂，劉瑾佈陣防備。

雲飛揚難忘獨孤鳳，傅香君感傷心。君得悉揚獨闖天牢營救徐廷封，尾隨而至相助，但封拒絕逃獄。小子、陸丹和正德來到梅龍鎮，德在龍鳳店遇到他口中的仙女李鳳。德向鳳示愛，又為她做紙鳶，更表示願意照顧她一生一世。

千總之子周時裕因追求李鳳不遂，害正德和陸丹被收監，更欲對二人不利，幸小子及各路群雄趕往救人。郡主偷偷探得劉瑾找人假冒皇帝一事；瑾擔心事情敗露，決定處斬徐廷封。郡主、唐百川等人得悉後，均計劃往劫法場。

郡主、唐百川等人分別往劫法場救徐廷封，卻不敵劉瑾，幸雲飛揚出現擊退瑾。群雄潛入皇宮屠龍不成，正德遇上劉瑾，頭痛不已。李鳳被迫嫁給周時裕，德趕往帶走鳳，並向她提親。陸丹苦練六絕劍法的同時，德漸恢復記憶。

郡主認出正德，德卻拒絕回宮，並與李鳳成婚。地尊奉命往殺德等人，幸唐百川等及時相救。陸丹得悉德的皇帝身份，欲殺德時，小子以身阻止，丹殺德不遂，揚言與子割袍斷義，恩斷義絕。德決定借助武當等人之力重掌朝政。

陸丹欲殺李鳳洩忿，小子及時阻止；丹拒看德的信，並與子反目。子為逃避薩高孟都的追殺而跳海，被白蓮教弟子救走。德等人到達武當商討計謀，白石道人原來背後勾結劉瑾。子得知不老神仙要殺上武當，施計逃往通風報信。

薩高孟都為吸取真氣，偷走小子的蠶繭，雲飛揚阻止卻不敵，時子突破繭而出並打退都。劉瑾拿著龍袍到武當，請正德回京。都為得到天蠶神功口訣，再向揚下手，反中了毒針，後得陸丹相救。德提議子與劉義漢決鬥解決私怨。

小子和劉義漢比武，漢被打得落花流水，正德把內庭侍衛統領一職交由子接任，劉瑾不忿。太后命瑾阻止李鳳入宮，他卻把鳳毒死，令德和太后反目。陸丹陪著受傷的薩高孟都回苗區，他為了貝貝，表示願意成為苗人，都答允。

陸丹正式成為苗人後，偷偷走入聖洞，並發現配合武當心法，便能練成天蠶魔功。小子因目不識丁，遭劉瑾留難而險被太后斬首；他又被郡主和徐憶蘭玩弄，於是子裝瘋反戲弄二人。正德派子到苗疆，會合王守仁進行議和招安。

薩高孟都要貝貝入宮成為正德的妃子，伺機殺德，貝無奈答應；都訛騙陸丹貝被小子等人捉走，丹找子算帳卻不敵。雲飛揚和唐寧偷襲白蓮教，地尊身亡，不老神仙和天尊也告受傷。揚得悉白石道長勾結白蓮教，決意清理門戶。

唐百川自覺虧待了二夫人和小兒子，讓小子憶起往事，淚留滿面。川和子奉命保護王守仁，川發現刺客是其胞弟常勝，終大義滅親。柳先秋和紫衫龍王替陸丹運功療傷，反被他用吸星大法吸去武功而死，不老神仙得悉後捉走丹。

唐百川遭劉瑾設局暗算，臨終前雲飛揚答應他照顧唐寧，川並與小子父子相認，還把玉鎖交給子。子找劉瑾報殺父之仇失敗，正德斥他衝動魯莽，子憤然離宮。德打算到西山祭天之時誅殺劉瑾，另一方面，劉瑾亦決定起兵謀反。

正德和劉瑾的人馬在西山展開對戰，瑾不敵小子和唐寧而受傷，後得知奸計全盤失敗欲逃走時，遭子打得粉身碎骨。不老神仙受傷逃回魔宮，卻被自行鬆綁的陸丹吸光武功而死。薩高孟都利用貝貝向德下蠱，圖謀奪取大明江山。

正德中了蠱毒，受薩高孟都控制，冊封貝貝和都為賢妃和國師，其後更賜毒酒予徐廷封。傅香君攜封的屍首在德面前刎頸自盡。陸丹潛入皇宮欲殺德不果，都安排他和貝見面。貝為丹戴起都所給的玉佩，其後丹感到胸口劇痛。

陸丹發現玉佩有毒，認定貝背叛他；丹逃往山洞療傷，身體竟長出黑色的蠶絲。小子得知正德性情大變是薩高孟都所為，於是聯同郡主和二皇爺設計對付他，不料雲飛揚中了都的蠱毒，唐寧捨命相救，時都來襲，揚將他殺掉。

陸丹往武當取天蠶功口訣不果，大開殺戒，更控制武當弟子，雲飛揚和小子往了解。揚遭丹暗算而斷了一臂，自知命不久矣的他把功力傳給子，希望他恢復天蠶神功後對付丹；揚發現天蠶再變的銅片，著子把他和銅片長埋黃土。

貝貝照顧受傷的陸丹，二人和好並結成夫婦。小子拒絕正德將郡主賜婚給他，不明因由的郡主難過得向子發脾氣。丹為了懷有身孕的貝，放棄找德報仇及修練天蠶魔功，可是張翠霖來找丹算帳，讓貝誤墮山崖，重燃丹報仇之念。

（大結局）陸丹找正德報仇，郡主被脅並打至重傷，丹約小子在父親忌辰當天決戰。子因救治郡主後，只剩兩成功力，故武當新掌門子虛助子修練天蠶再變武功。德獨自往見丹，丹欲殺德時，子出現阻止，並與丹展開生死鬥……