메이세이의 준결승전이 매스컴에 떠들썩하게 실린 뒤 많아진 야구부 입부 희망자. 하지만, 쓸만한 인재가 없던 와중에 중2 때 야구부를 나갔던 니시키가 입부를 원한다. 그러나 야구부 주장이 그를 완강히 반대한다.

야구부 입부를 거절당한 니시키가 맘에 걸리는 타치바나 형제. 강가에서 뛰고 있는 니시키를 보며 키득거리는 불량 패거리 앞에 니카이도가 나타나 니시키를 괴롭히지 말라고 경고한다.

중등부를 졸업한 오토미는 친구들과 꽃구경을 갔다가 강도를 만난다. 아카이의 형은 고시엔에서의 홈런으로 신문에 실리고, 야구부 주장이 허리를 다치는 등 사건 사고가 끊이지 않는 봄방학을 보낸다.

아카이의 형은 토우마를 만나 아카이가 야구부에 들어가도록 부탁한다. 메이세이 야구부 오오야마 감독은 신입 부원들의 실력을 시험하며 켄죠 고교보다 부족한 부분을 확인한다.

수상한 사람이라고 소문난 남자가 오토미를 구하면서 그를 집으로 데리고 온다. 그 사람이 자기 이름도 기억하지 못하는 기억상실에 걸렸기 때문이다.

여름 고시엔 이후 메이세이 학원 대 카이오니시 고교의 연습시합. 작년, 토우마를 아끼고 있던 것이 불만이었던 카이오니시 고교의 감독은 정정당당히 숨김 없는 진검승부를 요청한다. 메이세이 학원은 에이스인 토우마가 계속 던지며 리드하고 있는 한편, 카이오니시 고교 야구부원들은 감독의 압박이 있어서인지 제대로 플레이가 안 되는 모양이다. 그 시합을 타치바나의 집에서 바라보고 있던 것은, 오토미의 생명의 은인인 기억상실의 남자. 그 남자는 어떤 것을 확인하려고 하는데……。

켄죠 고교와의 연습 시합 전 로드워크 중, 날치기범을 붙잡는 바람에 경찰서에 가게 된 토우마는 마운드에 올라갈 수가 없었다. 토우마 없이 시작된 연습 시합은 나츠노가 마운드에 올라갔다.

경찰차를 타고 돌아온 토우마가 도착하자마자 나츠노가 3점을 내주자, 바로 교체 투수로 마운드에 선다. 두 명의 타자를 연속으로 삼진 아웃되자, 켄죠는 물론 몰래 정찰 온 니시무라 감독까지 깜짝 놀란다.

아침부터 티격태격한 타치바나 형제가 상처 난 얼굴로 등교하자 친구들이 싸웠냐고 물어본다. 야구부에서 홍백전을 해서 진 팀이 이긴 팀에게 라면을 사기로 하는데 타치바나 형제는 각각 다른 팀이 되어 겨루게 된다.

라면 내기 홍백전을 하게 된 메이세이 야구부. 백팀 투수 토우마의 투구를 받아내지 못하는 포수 때문에 투구 속도를 조절해서 던진다. 한편 홍팀 투수 나츠노의 부상으로 대신 마운드에 오르게 된 소우이치로.

산책 중이던 토우마와 오토미에게 소설가이자 하루카의 엄마 츠키카게 나기사가 찾아와 조언을 구하고자 한다. 이동하는 차 안에서 우연히 하루카가 소우이치로의 뺨을 때리는 모습을 보고 놀라지만 일단 모른 척하기로 한다.

센본기 선생님은 토우마와 우연히 마주치자, 소우이치로라고 착각하고 자기가 사와이 케이치를 다치게 했다고 털어놓는다. 다시 소우이치로를 만나 이야기를 나누며 그때의 일을 회상한다. 한편, 미타는 오토미를 갑자기 집으로 초대한다.

전국 고교야구 선수권 동도쿄 대회가 개막했다. 메이세이는 시드를 배정받아 1, 2회 경기가 면제되었다. 첫 상대로 맞붙게 된 하쿠비 고교는 5점 차로 지다가 끝내기 승리로 올라와 메이세이와 첫 경기를 하게 된다.

메이세이 학원의 다음 상대는 히류키타 고등학교다. 불량스러운 모습의 히류키타를 상대로 나츠노가 선발 투수로 나선다. 8회까지 던지고 9회에 토우마와 교체된다.

메이세이 학원 야구부는 27년 전 소우이치로의 친아버지를 다치게 한 센본기 선생님의 모교인 에이신 고교와 맞붙게 되었다. 상대 팀의 이름을 들은 어른들은 옛 기억이 떠오르며 왠지 모를 불안함이 밀려든다.

시합 당일 아침에 사와이 케이치의 꿈을 꾼 오오먀마 감독은 걱정되는 마음에 토우마에게 몸을 사리라고 지시한다. 하지만 그건 야구나 상대 팀에 대한 예의가 아니라며 다치더라도 최선을 다하라고 말을 바꾼다.

전국 고교 야구 선수권 동도쿄 대회 8강 진출 학교가 정해지고 준결승을 위한 경기가 시작된다. 니시무라는 메이세이가 꼭 이겨서 세이난과 겨루기 바란다며 나츠노에게 투구법을 알려주기까지 한다.

4강에 진출한 네 학교의 준결승전이 시작됐다. 제1시합에서 켄죠 대 토슈, 제2시합은 세이난 대 메이세이 학원이 겨루게 된다. 모레 있을 결승전을 향해 마운드에 서게 된 양 팀은 고시엔 출전을 코앞에 두고 있다.

메이세이와 세이난은 양 팀 에이스 투수의 삼진으로 시합 시작 30분도 채 안 되어 3회까지 끝내고 단 한 명의 주자도 허락하지 않는다. 이례적이라고 할 수 있는 투수전으로 구장 내 열기가 후끈 달아올랐다.

토우마와 니시무라의 숨 막히는 투수전이 이어지는 가운데 드디어 메이세이 학원 중견수 아카이 료가 첫 안타가 기록한다. 시합의 흐름이 조금씩 바뀌기 시작하면서 경기는 더욱 흥미진진해진다.

세이난과의 대결에서 이기고 돌아가는 메이세이 야구부 버스 안은 축제 분위기다. 기억상실이었던 하라다는 가족을 찾았지만, 아직 기억이 돌아오지 않았다. 길에서 우연히 만난 토우마를 자기 집으로 데리고 간다.

아버지와 갑자기 이별하게 된 타치바나 토우마는 켄죠와의 결승전 마운드에 서지 못했다. 예전처럼 지내는 듯 보이지만 토우마를 가장 잘 아는 소우이치로는 뭔가 다르다는 걸 알아챈다.

하라다는 모교나 친구를 찾아다니며 기억을 찾기 위해 노력하고, 하루카의 엄마이자 작가인 츠키카게 나시사는 남편을 떠나보낸 마유미를 위로하기 위해 함께 온천 여행을 떠난다.

토우마와 오토미는 단둘이 집에서 차를 마시며 옛날이야기를 나누다 창밖에 이상한 인기척이 느껴져 야구방망이를 들고 나가보니 다름 아닌 하라다가 술에 취해 온 것이었다.