四大惡人進入大理城，闖入玉虛宮內，大肆擾亂，葉二娘趁機捉去段譽，要挾正明皇帝讓出皇位。

段譽被挾持至一廟內，虛竹路過，欲打掃廟宇，二娘詐稱段譽身患重病。段譽被點穴，無從辯白，剛巧大理衛士追至，二娘忙於對付，段譽乘機設計令虛竹帶其脫險。

虛竹與段譽同行，巧遇丐幫弟子及全冠清等人，全冠清替段譽解開穴道，段譽拜謝各人，趕往參觀蘇星河的觀棋大會。譽離去後，星宿老怪率眾弟子威脅丐幫眾人交出蕭峰，全冠清不敵，虛竹見機逃走，星宿弟子追殺虛竹，虛竹武功平庸，幸少林大師去難和尚到來相救，但去難與弟子亦遭星宿劇毒，虛竹立帶二人往觀棋會找薛神醫救治。

觀棋大會中，段譽、薛神醫與慕容復無法解開蘇星河的棋局，薛神醫因此氣極而死，慕容復卻被棋局弄至神志不清，虛竹見此情形，自動請纓上陣。

虛竹不懂棋藝，亂闖亂撞，將勝負拋諸腦後，無意間將棋局破解，蘇星河大喜過望，各人正在驚異之際，蘇星河立攜虛竹進入一個洞內，星宿老怪感事有蹊蹺，正欲闖洞，但被蘇星河攔截，無計可施。

原來逍遙派無涯子尚在人間，為避免星宿老怪丁春秋的追殺，隱居洞內三十年，今趟有幸棋局被虛竹破解，立刻將一生武功傳給虛竹，並教虛竹往無量洞再行修練，以便練得奇功對付丁春秋，無涯子說罷即與世長辭。

慕容復欲招攬星宿老怪替其進行復燕大計，但星宿老怪感慕容復力量細小，拒絕替他效力。虛竹途中遇見天山童姥，被童姥欺負，剛巧烏島主到來，知童姥乃靈鷲宮內人，欲捉童姥，此時慕容復亦到來，烏島主說出事情經過。

童姥被烏島主追捕，虛竹剛巧經過，用布袋揹負童姥飛奔而去。原來童姥為要練成「八荒六合唯我獨尊」的武功，以至走火入魔，須九十天恢復體力，各路仇人便藉機尋仇，童姥便叫虛竹保護，但見虛竹手上之八寶指環乃無涯子所有，追問之下，方知一切經過，童姥本乃無涯子之師姊，虛竹不願任逍遙派掌門，便將指環送予童姥。童姥亦將北冥神功傳給虛竹。

童姥師妹李秋水追殺到來，童姥與虛竹趁機逃脫。李秋水為西夏皇妃，童姥便帶虛竹潛入西夏皇宮冰庫內，利用虛則實之的詭計，騙過李秋水。虛竹不肯殺生吃肉，但西夏一帶並無蔬菜出產，童姥利用西夏公主，將虛竹與公主迷惑，虛竹破了淫誡，十分慚愧，便狂吃肉食以示懲罰。

童姥匿藏冰庫為秋水知悉，當童姥練功的最後一天，李秋水突闖進冰庫內，虛竹為保護童姥，使出天山六陽掌，令秋水大為震驚，方知虛竹乃無涯子關門弟子。

原來秋水與童姥當年深愛無涯子，二人為情愛大傷感情，至今仍耿耿於懷。童姥與秋水在冰庫內殺個日月無光，虛竹為免二人受傷，夾在兩人中間承受掌力，十分難耐，及後冰庫外之棉花包焚燒，冰塊溶解成水，水淹過三人身體，大火熄滅後，冰水立刻凝結成冰，虛竹立刻攜二人走出宮外浸於水中，童姥與秋水先後死去，童姥臨死前，迫虛竹任靈鷲宮主人，虛竹無奈答應。

慕容復聯合星宿老怪與七十二島三十六洞的主人攻上靈鷲宮，虛竹趕到時已死傷慘重，慕容復與星宿老怪一起發掌對付虛竹。

段譽見虛竹被夾攻，使用六脈神功替虛竹解圍，虛竹並向各人宣佈童姥已死，而靈鷲宮則由虛竹暫管，各島主為請虛竹解除童姥所施之生死符，立刻倒戈相向，歸順虛竹，慕容復唯有與丁春秋尷尬離去。

虛竹與段譽同為情困，一起借酒銷愁，並結為兄弟。翌日，段譽即下山找尋段正淳，而虛竹則暫居於宮內，由眾宮女服侍一切。虛竹將靈鷲宮要務安排妥當，辭別宮主之位，立返少林寺向高僧請罪，卻慘被戒律院眾僧欺負，受盡皮肉之苦，幸得寺內一老僧暗中幫助，眾僧不敢再犯虛竹。

蕭峰與阿紫居於遼國宮內。一日，兩人外出狩獵，見遼兵正押著一群宋室子民，蕭峰大為不忍，命士兵釋放各人，卻被其中一人暗算。

游坦之刺殺蕭峰，被蕭峰制服，原來游坦之為當日聚賢莊自刎的游氏雙雄的子姪，蕭峰不忍殺游坦之，命令手下釋放眾人，但游坦之卻被阿紫暗中捉去，阿紫為練成毒掌，不斷折磨游坦之，游坦之被阿紫的美色所迷，甘心做她的奴隸。阿紫向遼兵試掌，殺死兩名兵士，蕭峰見阿紫心狠手辣，嚴詞斥責，阿紫受辱，一怒而去。

阿紫離開南院王府，一路上遇見星宿弟子天狼子和無塵子，兩人迫令阿紫交出黃木神鼎，阿紫卻用反間計，令二人大打出手，乘機逃脫。

段正淳見阮星竹終日惦念女兒，到處訪尋阿紫的下落，卻見阿紫落在星宿老怪手中，老怪不肯交出阿紫，兩人比拚內力，老怪使用化功大法吸去正淳武功，正淳一時脫身不得，此時游坦之突出現，將阿紫救走。

原來當日蕭峰遺失了的易筋經，為游坦之拾去，修練一番，武功大進，游坦之將阿紫救走後，又怕阿紫知其真面目，遂化名為莊聚賢，當時阿紫為沙塵傷及眼部，亦看不到游的真面目。游坦之對阿紫關懷備至，沿途照顧阿紫的傷勢。一日，遇見慕容復，慕容復見游坦之武功甚高，便招攬他替其效力。

丐幫再選幫主，全冠清恐怕失去大權，向慕容復求助，慕容復利用游坦之殺死白長老及傳功長老兩個勁敵，使全冠清得幫主之位。慕容復為復燕大業，不惜利用游坦之召開武林大會，欲使游坦之成為武林盟主，號令天下。

鳩摩智闖入少林，並使出少林七十二技藝，聲言進入藏經閣參看經書，玄空大師為保經書，被擊倒重傷，虛竹看破鳩摩智所用非少林正式武功，與之交手，鳩摩智反敗於虛竹手下，氣憤而去，此時少室山下已聚集大批武林人士。

各派武林人士闖上少林，星宿老怪與慕容復欲藉機除去蕭峰，二人合力對付蕭峰，虛竹利用逍遙派武功對付星宿老怪，老怪大驚，並指責少林混入旁門左道功夫，方丈立命戒律院撕去虛竹衣服，痛打一頓，此時葉二娘發覺虛竹身上之記號，方知虛竹乃其親生兒子，而虛竹正是玄慈與葉二娘所生之子，玄慈犯淫誡，自願受重刑而死，二娘亦因而自刎。

此時慕容博及蕭遠山突出現，蕭遠山與蕭峰父子相認，恍如隔世，原來蕭遠山匿藏少林寺內數十年，學習少林功夫，以報血海深仇，而玄慈正為當日帶頭大哥，慕容博則是誤傳遼人度關奪經之人，使宋遼兵戎相見，坐享漁人之利。

蕭遠山誓與慕容博一決雌雄，以報亡妻慘死之恨。慕容博與蕭遠山大戰於少林藏經閣，得閣內大師點化，皈依我佛，從此不再理世俗之事。

游坦之修練易筋經，被鳩摩智發現，於是挾持阿紫，迫游坦之交出經書，事為慕容復所知，加入爭奪經書，混亂中，經書被鳩摩智搶去。

西夏公主招駙馬，正淳為加強國家兵力，帶同段譽出發，而慕容復亦望借助西夏兵力，復興大業，於是欺騙語嫣，令語嫣先返娘家，及後語嫣知悉真相，傷心欲絕，欲跳崖自盡，幸遇木婉清及段譽等人相救，倖免一死。

段譽見語嫣深愛慕容復，誓要爭得駙馬之位，使語嫣與慕容復重修舊好，但慕容復心狠手辣，誓置段譽於死地，段譽不知復的詭計，被復推下井中。

語嫣見慕容復將段譽推下井中，傷心流淚，慕容復用甜言蜜語欺騙語嫣，語嫣大為感動，勸慕容復不要前往選駙馬，但慕容復堅拒，語嫣見慕容復甚為堅決，縱身跳下井中，以報段譽對己之一往情深。

段譽與語嫣昏倒井中，兩人醒後，大喜過望，語嫣終為段譽真情所動，遂與段譽訂下三生之約。不久，慕容復與鳩摩智在井附近大打出手，慕容復不敵跌下井中，並被鳩摩智點去穴道，動彈不得，鳩摩智並用大石堵塞井口，不意易筋經跌下井中，為段譽拾得，慕容復要段譽交出經書，段譽不肯，並用計逃出井口。

西夏公主選駙馬之日，各人被詢以問答，公主則隱藏在房內，靜聽各人說話，及後聞得虛竹的聲音，立刻與之相見，二人重逢，不禁喜極而泣。

虛竹與夢姑成親之日，吐蕃王子聯合鳩摩智欲挾持西夏國王簽下不平等條約，幸蕭峰、段譽及虛竹聯手相救，把鳩摩智打敗，救出西夏王。慕容復見有機可乘，施展調虎離山之計，把蕭峰等人引開，乘機迫西夏王讓位，幸鍾靈及時相救，西夏王倖免於難。

風波平息後，段譽等人返回大理，途中遇鳩摩智，鳩摩智以王語嫣的性命威脅段譽交出易筋經，但為鍾靈用計搗破，鳩摩智老羞成怒，揭發出鍾靈之身世秘密。鍾靈聞訊後，恍如晴天霹靂，悲痛之餘，欲跳崖自盡，幸為蕭峰所救。蕭峰見鍾靈貌似阿朱，頓生好感，更帶鍾靈返回遼國。段延慶為逼段正淳讓位，設計使段譽與語嫣拜堂成親，欲以兄妹亂倫之藉口挾持段正淳。

段譽與語嫣成親之日，婉清把正淳救出。正淳對段譽與語嫣說出二人之關係，語嫣悲痛欲絕，黯然離去。段譽極怒之下，施展六脈神劍把段延慶打傷後，獨自離去。

慕容復巧遇受重傷的段延慶，欲乘機招攬，便把段延慶醫好，二人並同意聯手謀取大理皇位。

慕容復利用王夫人，把段正淳引至蔓陀山莊，將之擒拿。刀白鳳見正淳多日音訊全無，四出尋找，遇上星竹、紅棉及寶寶三人，四女糾纏之時，婉清帶來正淳被困於蔓陀山莊之消息，眾人便闖入蔓陀山莊，欲救走正淳，但反為延慶所擒。

婉清負傷找段譽往救正淳，但段譽不敵，延慶正欲痛下殺手之際，刀白鳳說出段譽乃延慶親生之子秘密。延慶聞得自己有子，高興之餘，中了慕容復之毒藥，慕容復更欲殺段譽，剷除後患。

慕容復欲殺段譽，為延慶所阻，唯有以眾女之性命威脅正淳，正淳不屈，慕容復痛下殺手，段譽見母親慘死，神威頓生，以六脈神劍打傷慕容復，慕容復見形勢不利，落荒而逃。正淳見心愛之人為了自己而一一慘死，心灰意冷，立意削髮為僧。段譽得悉自己身世後，亦往找語嫣，重修舊好。

慕容博匿居於少林寺，偷學少林寺武功，欲興復大燕。事為掃地僧發覺，慕容博乘機發難，聯同鳩摩智殺死掃地僧，更推舉緣根為少林寺住持。少林僧武功不敵二人，唯有強忍。慕容博控制少林後，再計劃控制丐幫。

虛竹帶同夢姑回少林寺拜祭父母之墓，緣根恐防事敗，欲殺虛竹，不敵。虛竹返回少林寺，發覺事有蹺蹊，偵查之下，終發現真相，把緣根殺死，救出少林眾高僧。

慕容復自被段譽打敗後，心情煩躁，暫住於丐幫中。由於慕容復氣燄囂張，丐幫中人看不過眼，全冠清更欲乘機殺死慕容復，但事敗，為慕容復逃去。慕容復遇上慕容博，父子重逢，躊躇滿志，父子二人把全冠清殺死，奪去打狗棒，欲藉此統領丐幫。丐幫諸長老為保存實力，勉強屈服於慕容父子，另一方面則派人向蕭峰求助。

丐幫派人向蕭峰求助，但卻為耶律洪基所殺，更把事件隱瞞。丐幫與慕容博展開決鬥，不敵。虛竹路過，義助丐幫，但亦為慕容博所敗，負傷而逃。

慕容博奪得少林及丐幫之控制權後，往找耶律洪基，說服他聯手攻打大宋。蕭峰從中阻攔，與慕容博決鬥，不敵，幸耶律洪基出言相救，才得保性命，但耶律洪基卻要蕭峰帶兵攻打大理，蕭峰無奈，唯有漏夜帶鍾靈及阿紫逃離皇府，但阿紫誤信耶律洪基奸計，下毒使蕭峰全身乏力，逃至邊城時，體力不支，蕭峰臨急命阿紫及鍾靈二人向段譽求助。

蕭峰被耶律洪基囚禁於天牢，阿紫和鍾靈引開遼兵注意，趕返大理向段譽求助。語嫣因母親慘死，而正淳又往天龍寺出家之事，一直耿耿於懷，終日茶飯不思，段譽見語嫣日漸消瘦，勸語嫣忘記舊事，但嫣始終不能開懷。

木婉清知段譽非其兄，立刻闖進宮內，要與段譽同諧白首，但段譽對語嫣一往情深，不肯答應，正明有見及此，遂叫段譽同娶二人為妻，但婉清與語嫣勢不兩立，段譽左右為難，遂將正明所交之珮玉贈予語嫣，立語嫣為皇后，但婉清仍死纏不放。

段譽接得蕭峰被囚消息，立刻往找虛竹，一起闖進天牢救蕭峰，但天牢內守衛森嚴，難於下手。

耶律洪基欲殺蕭峰，幸阿紫及鍾靈掘一地道，在虛竹與段譽接應之下，冒險救蕭峰離去，耶律洪基知悉蕭峰已逃走，亦不忍再追殺之，但慕容博不知蕭峰已逃脫，向耶律洪基施壓力，要耶律洪基將蕭峰早日處決，耶律洪基詐稱蕭峰仍囚於天牢，慕容博心知事有蹺蹊，囑咐慕容復小心應付。

慕容博與慕容復恐怕蕭峰等三兄弟聯手對付二人，遂設計令三人分散力量。慕容博命手下假扮少林和尚，向虛竹詐稱少林寺已遭火劫，虛竹急往少林查察，遂與蕭峰等分手。

一方面，慕容復則召開丐幫清算大會，處置八袋弟子，蕭峰接得消息，連忙趕往會場，卻中了調虎離山之計。原來慕容復於當晚潛入語嫣房中，將語嫣劫走，段譽四處找尋語嫣蹤影，婉清尾隨而至，知慕容復佈下重重陷阱，對段譽甚為不利，勸段譽回去，但段譽深愛語嫣，令婉清十分激動，為要使段譽長記於心，遂奮身與慕容復搏鬥。

婉清被慕容復所傷，不支死去。段譽深感婉清對己一番情意，決追封婉清為皇后，使婉清得以瞑目。而慕容復亦因婉清死纏不放，被萬箭穿心而死，臨死前留下一竹筒。

蕭峰等三兄弟再度會合，為找尋綠玉杖及打狗棒，四出追尋，並在慕容復的竹筒裡，探得線索，終在一客棧內得兩件寶物，交由虛竹保管。鍾靈被毒蛇所傷，蕭峰誤會阿紫下毒，阿紫懷恨在心，偷去打狗棒和綠玉杖，虛竹卻不知情。

耶律洪基為要控制大宋，一方面答應蕭峰不攻打宋，但要蕭峰交出兩件寶物號令中原兩大幫派，蕭峰答允要求，豈料寶物被調換，耶律洪基以為蕭峰有心作弄，遂與慕容博合力對付眾人，眾人被慕容博咄咄追迫，跌下死洞。

蕭峰等人想出逃出死洞之法，由段譽施展六脈神劍，雙掌齊發，打破出口。虛竹細想之下，方知阿紫偷去兩件寶物，各人十分焦急。蕭峰等人暫住舊屬室裡家中，阿紫查出蕭峰的住所，立刻趕往相見，但阿紫不肯交出寶物，並再次逃出，令蕭峰十分憤怒。

慕容博查知蕭峰住所，帶同手下圍攻各人，但蕭峰三兄弟已找出對付慕容博的方法，慕容博知不敵，立刻離去，並慫恿耶律洪基立刻出兵攻宋，耶律洪基早有消滅大宋野心，決於數日內大舉進攻。

阿紫迫蕭峰娶其為妻，蕭峰勉強答應，阿紫立刻往取寶物，而蕭峰則趕往雁門關勸耶律停止出兵，耶律不允，蕭峰決死於耶律面前，以示決心。