새롭게 카오리를 동료로 맞이해 오르크스 대미궁을 떠난 하지메 일행은 다음 목적지를 향해서 끝없이 이어지는 그류엔 대사막 속을 나아가고 있었다. 그러던 도중, 일행은 다수의 흉악한 마물의 습격을 받게 되는데.

사막에 쓰러져있던 비즈에게서 마력 폭주로 사람들이 쓰러지고 있다는 이야기를 들은 하지메 일행. 원인은 앙카지 공국에 있는 오아시스의 오염이었다. 하지메 일행은 깨끗한 물을 확보하고, 쓰러진 사람들에게 응급 처치를 해준다. 그리고 대미궁 공략 겸 마력의 폭주을 막을 수 있는 정인석을 구하기 위해 그류엔 대화산으로 향하는데.

작열하는 그류엔 대화산의 미궁에서 순조롭게 공략을 진행하던 하지메 일행이었지만, 상공에서 갑자기 쏟아져 내린 극광에 하지메가 삼켜져버린다. 빈사 상태의 하지메를 안은 유에 일행에게도 추가 공격이 멈추지 않는다. 하지메 일행을 위협하는 최강의 적은.

마인족 프리드의 맹공격을 견뎌낸 하지메에게서 티오는 정인석이 들어있는 반지를 넘겨받는다. 마을 사람들을 치료하던 카오리와 합류하기 위해 앙카지 공국을 향해 날아가는 티오. 한편, 분화하는 대화산 속에 남겨진 하지메는 그곳에서 탈출하기 위해 자신의 숨겨진 계책을 밝히는데.

그류엔 대화산의 신대 마법을 손에 넣고 무사히 카오리, 티오와 합류한 하지메 일행. 해인족의 마을인 에리센에 도착해서 뮤는 드디어 어머니인 레미아와 재회한다. 하지메 일행은 뮤에게 잠시 이별을 고하고 다음 신대 마법을 손에 넣기 위해 메르지네 해저 유적으로 향하는데.

메르지네 해저 유적을 공략하던 중 다른 멤버들과 떨어지게 된 하지메와 카오리. 자신의 힘이 부족한 것과 하지메에 대한 마음에 자신을 잃어가고 있던 카오리는 하지메에게 앞으로도 계속 같이 행동할 것인지를 질문받는다. 한편, 왕도에서는 불온한 분위기가 움직이기 시작했는데.

메르지네 해저 유적을 공략한 하지메 일행은 뮤와의 이별이 아쉬워 좀처럼 다음 목적지를 향해 출발하지 못하고 있었다. 다른 멤버들이 지켜보는 가운데 하지메는 뮤에게 이제는 떠나야 한다고 말한다. 한편, 왕도에 있던 릴리아나는 왕궁 사람들의 이변을 눈치채는데.

아이코는 신산의 탑에 갇혔고 프리드가 이끄는 마인족도 크게 움직이기 시작했다. 그리고 경비가 허술해진 왕도에서는 멜드가 허무에 당한 호세와 배신한 히야마에게 습격당해 깊은 상처를 입는다. 조용히 다가오는 수수께끼의 그림자를 하지메 일행은 눈치챌 수 있을 것인가.

릴리아나에게서 왕도에서 벌어진 일들을 전해 들은 하지메는 신산에 갇혀있는 아이코를 구하기 위해 서두른다. 그곳에 나타난 것은 신의 사도 노인트였다. 릴리아나와 함께 유에 일행이 향한 왕도에서는 대결계를 부서지고 마인족과 마족의 대군이 왕도를 향해 진군을 시작하고 있었는데.

하지메와 노인트의 전투가 시작되었고 노인트로부터 신, 에히트의 의도가 전해진다. 사람들을 게임판의 말로만 여기는 에히트는 게임판을 어지럽히는 이레귤러인 하지메의 죽음을 원하고 있었다. 절대적인 힘을 가진 위대한 존재에게 하지메는 대항할 수 있을 것인가?

신산에서 노인트와의 전투를 끝내고 대미궁을 공략한 하지메는 마인족의 침공을 받고 있는 왕도로 향한다. 그곳에서는 이미 에리의 강령술에 의해 조종당하는 사람들에게 반 친구들이 포위당해 있었다. 에리가 배신한 그 진상은.

왕도에서 일어난 일련의 소동은 코우키를 손에 넣기 위해 마인족과 손잡은 에리의 소행이었다. 왕도를 침공했던 마인족을 물리친 하지메는 카오리를 되살리기 위해 신산으로 향하는데.